2010年，時任中研院生物醫學科學所所長陳垣崇，涉利益衝突遭檢調約談，最後在中研院前院長李遠哲「促進研究發展，增進社會、國家、世界福祉」背書下，不予起訴。當時中研院院長翁啟惠對全院發出這封信：
「身為全國最高學術研究機構，我們決定利用這個機會徹底檢討有關利益衝突的規範……希望能儘快制訂出一個更完善、可行的規範，好讓學界對其研究成果的推廣、授權及產學合作能更符合社會的期待。」
諷刺的是，六年後，當初說要做好規範的翁啟惠，自己變成了風暴主角。短短三個月，他從呼聲最高的諾貝爾獎候選人，淪為中華民國史上第一位辦公室遭搜索、被限制出境、被起訴的中研院院長。
事發後，每年預算超過台幣150億元的國家最高學術單位，卻集體默不作聲。
有研究員不甘被譏「麻木不仁」，發動連署要求院方說明，但900多位研究員中，僅區區24位簽名。
跌一次跤，有問題的或許是少數個人；同一個地方跌兩次，出狀況的便可能是制度。中研院這座本該最能展現知識分子風骨、最該有反省力的學術巨塔，為何集體矮了身？
問題1〉金字塔組織
需服從上層 升等才有希望
外界以為，中研院專注學術研究，可以與世無爭，其實不然。
「學術是一個江湖，」中研院社會所研究員張茂桂比喻。他分析，中研院是個有許多層級的大金字塔，裡面有各分組、各所、各中心，形成各自的小金字塔。在金字塔裡，舉凡研究人員的升等、聘任，都是由比自己高一級的研究人員投票決定。
例如，每個所的所長，是小金字塔的頭，但所長將來能否成為特聘研究員、甚至院士，也需要層層晉升。「大家都身陷自己的金字塔，不得不非常在意比自己上一層、特別是金字塔頂端的研究員對他的看法，」張茂桂說，因此，「最好的生存策略，就是支持領導。」
中研院的組織架構，基層有900多位研究員；頂端是進行資源及地位分配的院長及院本部263位院士。院士們近半長居海外，有些人甚至不回台開會，但因學術地位崇高，得以主導審查、諮議等案件等，影響力很大。也不免有人會濫用這種崇高的身分，而被批評為「學閥」。
出了中研院，院士影響力仍無所不在，大學五年500億計畫及大學教授研究案，多有院士參與審查，更使院士影響範圍擴及大學與國家科研機構；這也使有心人士會刻意透過院士選舉，排除異己。
中研院前副院長羅銅壁在回憶錄《羅銅壁院士一生回顧》中提到，有院士在投票時，一口咬定某院士候選人誣指他的同事涉嫌抄襲。由於當事人不在場，許多院士聽了這番一面之詞，便在投票時改變心意。
「無論是故意指控，還是隨意說說，殺傷力都非常大，」羅銅壁寫道。
問題2〉院長大權在握
掌人事、經費 缺乏監督
而中研院院長因擁有資源與聲望，自然成為學脈核心、中研院權力中樞，擁有特聘研究員、行政主管、所長等人事決定權。
「全院行政主管，全部由上而下、院長派任，沒有一個是內部民主推舉產生的，」張茂桂說，社會所過去的傳統是，研究員共同推舉出所長人選後，由院長核定。但翁啟惠擔任院長後，不接受這個方式，社會所便繞一個彎，請院士呈上名單，請翁核定，算是較能傳達基層人員聲音的做法。
但也有研究所，研究人員推舉的人選，與院方高層屬意人選不同，最後只得依高層意見換人。
院長能左右所長選舉，便能將影響力延伸進評議會。而位居中研院權力核心的評議會，最重要的任務便是選舉院長。
本屆評議委員70人，當然成員包括31位所長、中心主任，加上行政主管，便占半數以上。在這種機制下，「無論怎麼投票，下任院長一定是現在院長屬意的人選，」東吳大學前校長劉源俊直指。
相較於今日獨尊一家，1935年選出的第一任評議委員，可謂百花齊放，除了11位中研院所長，還有30位大學校長、教研單位主管與部會首長與會。目標是使中研究評議會成為國家各個研究機關的合作樞紐。
今日的中研院，院長不僅掌握人事大權，還能掌握研究經費。
根據「中央研究院研究人員新聘、續聘、升等及特聘審議作業要點」，每一位研究員的研究獎助費等級評定，包括最高薪資達50萬元的特聘研究員，研究獎助費都由院長核定，其中有78位特聘研究員，每月研究經費高達12萬元至41萬元，超過月奉本薪，而被立法院105年度預算評估報告指為無法源依據，「誠有欠妥」。
反觀國立大學，系主任、院長是教授票選；教授們各憑本事向國科會申請計畫，薪資則照教育部規定，透明度高，行政高層操作的空間小。
翁啟惠事件發生之後，院士、台大醫學院臨床醫學研究所教授陳培哲屢對媒體針砭中研院積弊。有院士私下表示，因為計畫經費是中研院給的，薪水也是院方核定的，雖贊同他的論點，但無法公開支持。
「學者被豢養了！」陳培哲提高聲量批判，中研院最大的問題，就是院長權力太大，沒有監督制衡力量；但在國外，學術成就並無法彌補道德瑕疵。
2015年，諾貝爾醫學獎得主亨特（Tim Hunt）在國際會議中口不擇言，指女性在實驗室會製造麻煩，實驗室應該性別隔離，最後被迫辭去倫敦大學教職。
另一位諾貝爾醫學獎得主、DNA之父華生（James Watson），也因「黑人不如白人聰明」的言論，被工作35年的實驗室停職。
「台灣學界的弱點就是迷信大牌，」國民黨不分區立委、高雄醫學大學前副校長陳宜民認為，當一個人被塑造成了「下一個諾貝爾獎得主」的時候，往往能所向披靡，但這卻是系統崩壞的開始。
他大膽建言，下任院長不一定要是院士，但一定要有行政能力，能夠跟社會溝通，讓大眾理解中研院存在的必要性。但對於《遠見》的採訪邀請與資料確認，中研院都不願回應。
問題3〉氣氛保守如公務機關
有未婚聯誼社 無學術社團
首長中心，加上研究員無法參與院士、院長選舉，對院內的公共事務切身感低，使中研院的氣氛，弱化成「學術公務機關」。
曾與中研院合作的政大法律系副教授劉宏恩發現，同為學術單位，中研院與大學的運作邏輯大不相同。
第一，大學系務、院務、校務會議，是教授大鳴大放的場合，即使最資淺的助理教授，也有發言管道；校務會議更規定，教授代表不得少於行政主管，以確保多數人權益不被犧牲。
反觀中研院院務會議，僅有15位研究員代表，另外30多位全是行政主管。這15席，還是張茂桂等人發起「中研院研究人員聯合會」，才爭來的權益。
「所長坐前面，代表坐後面。所長講話時，代表不要插嘴。評議會時，院士坐前面，所長坐後面，院士講話，所長最好不要有意見。如果有所長想坐前面，就要開始準備給院士們留下一個好印象。」張茂桂在臉書寫下與會的觀察。
組織氣氛保守，使得全國最高學術機構有瑜珈社、熱舞社、未婚聯誼會等各式康樂社團活動，唯獨學術社團，付之闕如。
中研院歷史語言研究所研究員祝平一回憶，數年前，幾位研究員想借場地播放疆獨領袖熱比婭的紀錄片《愛的十個條件》，不料行政單位卻要求「先成立社團」，他們便成立「自由學社」；最後，行政單位仍以「非康樂性社團」為由，拒絕出借場地。
在這樣的組織結構當中，很難產生革新，從翁啟惠事件連署便能看出：24位參與者多是40歲以下、人文領域的副研究員。
參與聯署的中研院法律所副研究員邱文聰推測，資深人員多有行政職，難免有來自上層的壓力；而有利益關係者，例如生醫領域學者，或正在提升等計畫、研究審查的人，更怕被視為「不合群」，擔心影響升等，而不敢發聲。「大家的利益都綁在一起，」邱文聰認為，「組織架構使得最該學術自省的地方，反而失去自省能力。」
十年前，張茂桂曾問院長遴選委員，下一任院長的人文社會素養應該如何？「到現在，還是沒人回答我，」他苦笑。
或許，中研院近年的風風雨雨，已回答了他的疑問。
