近十年來，環境保護與公民意識抬頭，民眾為監督環評審查，也讓法院意外成為戰場。不含地方政府，目前光是控告環保署的環評訴訟案就達56件。
在中央與地方的眾多環評訴訟中，又以美麗灣渡假村的訴訟案最受矚目。由於台東縣政府四次官司均以敗訴收場，讓外界直覺審查必有瑕疵。
現在判決理由不僅成為法界正反激辯的焦點，甚至被奉為必讀案例。「美麗灣的訴訟，環保署頻頻被法官打臉，也凸顯政府執法的無奈與困境，」一位不具名律師表示。
回顧2004年，台灣剛經歷SARS洗禮，市場萎靡不振，台東縣長徐慶元為發展觀光產業，決定將委外經營不善的杉原海水浴場改成BOT案，主動引進美麗灣渡假村，簽下5.9公頃設定地上權50年的合約。
申請開發面積 環保署首次解釋
為加速開發時程，2005年3月業主書面申請開發面積審理，縣府審理後，同意依實際開發面積0.9997公頃「分割」方式開發。
根據環評法，因申請開發面積未達1公頃，可不必環評，因此啟人疑竇，為何是0.9997公頃，而不是1.0001公頃？當環團發現「分割」的事情後，開始關注。即便事後美麗灣決定擴大投資，因實際開發面積超過1公頃，並於2006年9月主動向台東縣提送環評，已難扭轉民眾的印象。
2007年5月，環保團體對美麗灣有所疑慮，向法院提起停工假處分，從此訴訟不斷。「美麗灣涉及環評審查、建築、使用執照、停工等訴訟，創下台東縣的紀錄，」台東縣副縣長陳金虎無奈地說。
由於社會關注度不斷提升，環保署於2007年6月27日現場探勘後，發函表示此案「位於山坡地……整體開發面積約5.9公頃，應實施環境影響評估……活動範圍不可分離，面積應合併計算」，否決台東縣認定得以分割投資而不實施環評的意見，並要求罰款、停工。
環保署解釋函明示將來業主申請許可開發面積，是指「用地總面積」，非「設施基地」面積。等於打了台東縣一記悶棍。
據陳金虎了解，以前環保署從未對「申請開發面積」進行解釋，美麗灣完成五層樓主結構體後兩年多，環保署才明確解釋，日後業主如提出求償，台東縣要如何因應？
但環保署綜合計畫處長劉宗勇強調，BOT簽約面積是5.9公頃，就應整體面積進行環評，不應切割規避環評，應以向台東縣申請許可的用地總面積認定，而非僅旅館主體設施面積。
再爆爭議 最高法院確定環評無效
除了對「申請開發面積」的見解不同外，美麗灣另一項爭議是環評審查無效爭議。
2006年美麗灣因擴大開發面積超過1公頃後，依法進行環評，台東縣經五次審查後，於2008年6月15日有條件通過5.9公頃環境說明書審查。當天即有民眾委請律師向環保署提起訴願，以台東縣環評委員組成不符法令等原因，要求撤銷該環評案。
12月19日環保署駁回訴願。陳金虎認為，「這表示當時環保署認同委員組成是合法的」。
四天後的12月23日，民眾又委託律師、現任環保署副署長詹順貴向高雄高等行政法院提起告訴，聲明撤銷訴願決定及原處分。
2009年8月10日，高雄高等行政法院以三項理由判台東縣政府敗訴，其一為美麗灣所提環說書並未納入黃金海開發計畫，台東縣審查時，疏忽未將該背景值併入考量。
對此，美麗灣渡假村副總經理朱膺州表示，他們委託工程顧問公司撰寫環說書，將附近五至十公里的各種相關開發計畫都列入背景調查，但黃金海的開發計劃，因環境影響差異分析報告未經環保署審查通過前不得開發，遂未納入調查。
環評委員組成問題 來回訴訟近十年
其他敗訴理由還包括環評委員問題。法院認為台東縣與美麗灣簽訂BOT契約，彼此為共同開發單位，縣府委員均需迴避，扣除應迴避而未迴避委員後，出席委員不足全數一半，依法不能做決議，故環評無效。
由於先前環保署認定環評有效，台東縣不服向最高行政法院提起上訴。2012年1月19日，最高法院再度判決敗訴，不過並不認同高雄高等行政法院對委員迴避的判決，只採納黃金海計畫的原因。
最高行政法院判決後，美麗灣為降低疑慮，將所有已開發、未開發案全併入背景調查，並重做所有的海洋生態項目調查。
台東縣則因委員組成爭議，2012年6月20日行文環保署確認哪些人才能當委員？環保署明確回覆，代表開發案的主辦單位委員要迴避，至於督導開發的委員（含縣長、副縣長、祕書長三長）無須迴避。
但環團仍緊咬委員迴避問題。2012年11月26日台東縣再度函詢環保署，這一次環保署的解釋改變了，函復指出：主管機關為開發單位時，代表開發案件主辦單位的委員（如主辦單位局長、處長）及督導開發案主辦單位的委員（如縣市長、副縣市長、祕書長等）均須迴避。
收到回函後，台東縣召開美麗灣第七次環評會議時，就遵照環保署的解釋函迴避，最後由出席委員做出通過環評的決議。
第二次環評通過後，所有訴願與訴訟過程再來一遍。
原告又提出撤銷環評案的訴願，被環保署駁回，再度向高雄高等行政法院提起訴訟。
2014年10月28日，高雄高等行政法院再度撤銷環評結論及訴願結果，理由是美麗灣的主辦單位就是台東縣政府，非所屬的觀光旅遊處，不僅觀光旅遊處長要迴避，所有委員都要迴避，扣除應迴避委員後，僅五名委員出席，不足全部的半數，依規定不得決議，所以環評無效。
收到判決書的台東縣府完全無法置信，每次都是根據環保署的回覆組成委員，且民眾二次訴願，環保署均駁回。「法院否定環保署的行政裁量權，以後地方政府該如何組成委員？」陳金虎說。
台東縣因此不服再提上訴，2016年3月31日，最高行政法院雖不認同高雄高等行政法院的理由，依舊做出敗訴判決，理由是全體委員即便扣除四位縣府內成員，分母變成11位，當天出席五位外聘委員，仍不到出席委員一半規定。
歷經近十年的美麗灣環評訴訟，最後還是以敗訴定讞，主要爭點都集中在委員組成。
在訴訟過程當中，環保署「無能為力」捍衛行政裁量權，最後也只能尊重法院判決，修改法令。2015年7月3日新增環評法施行細則第五條之一：促參案件縣市政府機關委員應全數迴避出席會議及表決。
但美麗灣第七次環評審查會早於2012年12月22日召開。陳金虎嘆口氣說：「環保署先前告訴我們是合法的，卻因法院判決而重新解釋法令，導致我們現在可能變成違法，真的是天下奇觀了。」
一位看過判決書的律師指出，最高行政法院兩次都不採納高雄高等行政法院的見解，顯見每位法官對委員應否迴避的看法都不同，難怪台東縣政府會無所適從。
學界質疑「法官比委員還專業？」
美麗灣的原告之一，同時也是台東大學生命科學系教授劉烱錫強調，我們在意的是美麗灣「分割」開發，認為環評審查有違法之處，訴訟目的是告訴業者不能投機，希望其他人不要效法。
朱膺州解釋，美麗灣依法辦理環評，台東縣、環保署認定合法，環團、法官卻有不同解釋。已投入12億元，使用最先進汙水三級薄膜系統處理廢水，也全部回收用來澆灌區內防風林，維護海底珊瑚、不做動力機械的海上活動，所有對環保的努力卻因程序的「委員組成」問題而被抹滅。
參與美麗灣環評訴訟的人也想問：到底，誰說了才算數？
擔任環評委員達10幾年的台大環工所名譽教授鄭福田表示，法官應尊重主管機關的行政裁量權，環評委員講話可受公評，還要負責任，但法官不受公評，卻能判生死。訴訟輸了，代表一個法官比21個委員還專業，可以否定環評委員的多數決。
環保署因美麗灣的判決，重新解釋或修正法令，被工程界喻為美麗灣條款。不少有意投資的業者擔心會不會再有第二個美麗灣條款，對投資帶來不確定性？
