腦（brain）、意識（consciousness）、思想（mind）應該連在一起看。腦、意識是範圍比較小的層次，更高的層次是思想。在討論意識的時候，醫學界通常認為有兩種，一種是廣義的意識，包括自我意識，談的是主觀性的東西，它和精神醫學、心理學有關；另一種是狹義的意識，談的是客觀的東西，和腦神經生理學有關。
當一個人狹義的意識產生障礙的時候，像是車禍昏迷、藥物昏迷，腦部運作產生問題，我們就說他意識昏迷，狹義意識障礙的特徵是昏迷。但如果說一個人自我意識有障礙，並不是說他陷入昏迷，他仍然醒著，腦部運作正常，只是人狂亂了，人格分裂，對自我意識失去控制，乃至有受迫性的行為產生。
腦是意識的必要條件
一般而言，我們強調自我意識是人類所特有，狹義的意識是人類與其他動物共通，因此科學家在做腦神經實驗時，也會拿動物的大腦做人腦的相關實驗。語言使用、自我認識和自我意識有關，與狹義的意識則較無關。
人類因為有廣義的意識，才進一步有思想。只要我們活著，大概就會有意識的活動，但是對於有特定目的、有方法的使用意識，則和思想、思考有關。