一九九六年十一月六日，家里接到母校生命科學院院長曾義雄的傳真，告以校中有人建議，請我回去競選校長。
分子生物學研究所所長許文輝被指派負責與我聯絡。在第一封傳真中，他告訴我校長的待遇是月薪新台幣十三萬多(大約是香港各大學校長月薪的六分之一，退休年齡為六十五歲，須具中華民國國籍。他在結尾時說：「到興大來，對您而言是一種犧牲，但對母校未來的發展，則是一種指望，我們熱切期望您的投入。」
對我而言，當時薪水的確曾是重要的考慮因素之一，可是漸漸地這個「錢」的意識就淡化了。
另一個考慮是我對曾經勸我投入選舉的香港理工大學化學系主任陳新滋說：「我從未打算去台灣當大學校長，但對母校的召喚，我不能一口拒絕。」
參加競選，公開露面
我與內人、也是大學同班同學傅靜珍在一九九七年一月十七日赴台中，參加次日在生命科學大樓舉行的中華植物學會第二十屆第二次大會，並做大會演講。
講完之後，聽眾發問踴躍，圍繞在母校要物色新校長的話題，借題發揮，從而探討我參選的意向，考驗我辦學的方法，誘引我對母校的估價，試探我對處理難題的態度，以及確知我對兩岸交流的立場與看法等等，我毫不逃避地一一做答。
對於要我批評母校現狀，我說：「我做人的基本原則是不在客廳裡批評主人。」我再三強調人的素質的重要，並說：「香港科大能在短短五年之內，穩居亞洲十大名校的地位，是我們找對了人。事在人為，學校有了人才，就有了前途。」
許所長在三月十四日的傳真說：「外面有人故意放話說您不來參選……請您發一封簡短的公開信表達意願。」
從這時起，謠言與流言就變成了整個選舉的文化；不文明的文化、令人痛心的文化。
在三月中旬，公開表明競選意願的有現任校長黃東熊、前任農學院院長李承章、現任理學院院長陳昇明、前任訓導長李朝賢和李久先教授，加上前理學院院長林見昌，非常熱鬧。
在陳教授、許所長的催促下，我又在三月二十二日去台灣。由化學系的高漢課教授接我、他和我接觸到的其他年輕教授一樣，都很有作為。這次和大家見面與上次不同，許所長對大家宣布說：「我們十位同事發起推舉孔教授回來擔任校長，完全是為了學校的前途，不是為了個人的出路。假使孔教授回來，在他的任內，我們都不會擔任任何行政職務。」我欣賞他們的大公無私，但並不完全同意他們的做法，「能者」還是要「多勞」，我需要他們其中許多人的幫助。在校本部多位教授的連署信中，他們大聲呼籲：「為中興大學尋求可以實踐的理想」。他們幾位多半曾留學歐美，都是年輕的一流人材，但中興的行政與校風使之一籌莫展，非常失望。為此，他們出錢出力，謀求改革。
這次與會，我當眾宣讀了一封寫給大家的公開信，充份說明我當時的心境。我說 ：「身為中興大學校友，加上畢生從事高等教育事業，因而深受各位感召，爭取回母校服務。」又說出我深信不移的理「中興大學的前景，取決於大家的共識，中興大學為大家所共有，前途為大家所共創。」我特別說明：「現在任何一家大學的信譽，不僅是反映一位校長的信譽，而是反映一家大學全體同仁的信譽。」
到三月底，我已聽聞「所有競選的人，均以你為目標」。我在四月七、八日完成登記手續。
謠言四起，黑函恐嚇
在上一趟回台中校區之後，曾有一晚在台北兄弟飯店與台北校區法商學院的十多位同事見面談了一次。
他們要我表明，我回中興大學當校長是回來辦教育，不是回來搞統一的。這一切都是由於我的籍貫而起；我生在山東，但沒有人的出生地是可以自己選擇的，為什麼我要因此而受到差別待遇？
另一件使他們不能接受的是，我說：「你們既然選擇了我做為你們的候選人，能不能把我推銷出去，全看你們的能力、」我不會來台灣拜託、拉票，更不會做任何承諾與交易。
幾經商討之後，我訂於五月四至六日第三次去台北和台中。
在我啟程赴台前兩、三天的一個晚上，收到一封怪信，用中興大學公用英文信封打上地址，於四月二十四日下午從台中寄出。信上寫著：
「姓孔的：
回歸你的祖國去，
趕快退出興大校長選舉，
否則小心你的狗命不保，
中興大學不要外人來當校長！
來興大時小心一點！
北溝聯
X你XXX」
信看完，人也呆住了。我實在連做夢都沒有想到，會在大學校長選舉過程中，發生恐嚇信事件。
我照原計書去中興大學，不被這封信嚇住。我也不要張揚出去，以免踏進圈套或有損校譽。
五月四日下午乘國泰班機抵達桃園中正機場。次日，我與侯教授去法商學院與有關人員接觸，我的第一個感覺是大家對我「敬鬼神而遠之」。從這裡可以看到在位者的威力和侯教授推動革新之不易。
下午和經濟系的幾位老師熱烈討論，有位方振瑞老師問的問題開門見山、一針見血：「你靠什麼本事來領導中興大學？」我也很實在地回答：「靠學識、能力和經驗的總合。你們可以到加拿大的多倫多大學、美國的馬里蘭大學和香港的科技大學查看成果。在大學裡的系、院和校級的主管，我都做過。」他還問我：「你的任期只有三年，你三年之內能做些什麼？」「形成一股不可抗拒又不能回頭的潮流、改革前進的潮流，」是我的回答。他又接著問我：「對不做研究的老師，你會如何？」我說：「在原則上是人盡其才；不做研究的，應多教書，你不能不顧人的死活。」當天下午去台中，住在許所長的家裡。
五月六日，一位便衣刑警隨身保護我。中午，我們在化學系有個工作午餐，出席的人有三十多位，這和在法商學院受到的冷淡待遇成對比。有人問我：「你是典型的空降部隊，對中興大學，你知道些什麼？」我說：「台灣的空降部隊很多，貢獻很大，中央研究院的院長和教育部長都是很好的例子。」有人問我：「你將來用人，會不會包括你的競選者？」我說：「唯才是用。為主管者，心胸一定要大，像在軍中一樣，能容十人者是班長，能容萬人的才是元帥。」
這餐飯，在「槍林彈雨」中結束的。校園裡，充滿濃厚的政治氣息。
我在五月二十七日由美返港、次日就看到許所長的傳真。「今天下午六時三十分開完票，您是最高票，但和黃東熊校長只差五票，實在不滿意，……。」
教部拍板，進退兩難
我意識到將要出掌中興大學，有幾件我已決定要做的事，會馬上實行。第一是把有傑出貢獻的同事抬舉出來，加以包裝、鼓勵，為中興的名氣出力。第二是走國際路線，譬如說，我已計畫請每一屆獲得農業Wolf Prize的學者來中興大學演講，讓此成為慣例，把中興大學和Wolf Prize連在一起。這件事，我已和兩位農業系Wolf Prize的獲得者楊祥發和T. Diener談過，他們會大力支持。
我自信能把中興大學帶到另一個境地，對自己的能力也從來沒有懷疑過。
我在報名參選時，曾經承諾「本人若獲聘為國立中興大學校長，即公布本人、配偶及未成年子女之所有財產，並承諾於擔任校長期間、具中華民國國籍，且不具有雙重國籍，亦不兼任任何黨政職務。」
香港美國領事館負責移民的安得遜小姐說：「放棄國籍是一件非常嚴重的事，不可輕舉妄動。」這和我以前所知道的不大一致。我和主管馬里蘭大學外國留學生伍思頓女士聯絡，她很鄭重地對我說：「不要拿放棄國籍做兒戲。」她正在為馬大一位想恢復國籍的中國同事努力，看來不是件易事。她推薦一位在美國費城執業的移民律師給我。
與此同時，新竹的清華大學也在遴選校長。清華的遴選過程與操作合情合理、有板有眼且絲毫不亂，與中興大學的一筆亂帳，不可同日而語，令我感慨萬千。而且教育部長不只一次參與並關心清華的遴選工作，與入選者會面；可是對中興遴選的整個過程，從不曾出聲出面，令我覺得有如二等公民一樣不受重視，心裡十分不舒服。尤有甚者，清華大學集結工商界校友的力量，盡量滿足並附和應聘者的條件。而中興大學則是恰恰相反，有「來不來由你」的態度，這種態度只能請到想當校長的人，而請不到學校需要的人。
這些發展，在我心靈蒙上了第一道陰影，也是參選以來第一次由熱心而生疑慮。
七月十七日接到教育部的傳真，要我在二十一日下午三時二十分去台北市的教育部面試。這種召集令式的操作、不徵求我的意見的衙門作風，令我十分氣憤。不得已，我重新安排了其他的日程赴台面試，一肚子悶氣。
就在赴台的前一天，從友人處看到一份《富士比》雜誌刊載的一篇有關放棄美國國籍後果的消息，使我對放棄國籍第一次感到卻步：
「假如你的年薪超過十萬美元或者家產在五十萬美元以上，凡在這種情況下放棄美國國籍者，皆以逃稅論。」更不合理的是：「凡在上述條件下放棄國籍者，國稅局會公布其姓名，政府並將其姓名送到全世界的美國大使和領事館以及移民局，將不准入境。」
台中的朋友們知道了我的處境與顧慮之後，非常擔心，日夜函電交涉，令我難以招架。
我終於在七月二十日下午抵台。當時，我是想在教育部面試時，告訴他們我的處境。但大家一致反對，認為「你應該再盡最後一次努力，把校長的位子拿到再說。」
次日，下午三時抵達教育部，三時半面試。面談在和藹的氣氛下很快地結束了。他們接著約談了其他兩位候選人黃東熊和李承章。
晚上十點的鐘敲過、我剛人睡不久，電話響了，是楊朝祥次長：「恭喜你！」我當然知道他是什麼意思。「謝謝，」我說。「大家都覺得你最適合，」他又加了一句，接著就說：「能不能在十月一日到職，別的學校可以晚一點，中興大學問題太多。」我把放棄美國國籍的新問題向他提出，我說：「我要等待律師的回信，把問題搞清楚。」「需要多久？」「十天。」他說：「好，我們的談話不要外揚。」「一定，」我說。一夜難眠，只覺得進退兩難。
臨門機會，一去不返
日子一天天地過去了，國籍的問題在我心中也一天比一天嚴重。
內人傅靜珍也覺得奇怪，「為什麼你會有這樣的大轉彎，從熱心到卻步？」我說：「是老年醫藥保險影響了我的決定。」兩天後，收到費城移民律師的信，證實了以上的憂慮。
台灣《聯合報》的記者來電話和傳真問我很多有關放棄美國國籍的問題。我說：「放棄國籍是重大考慮因素之一。」
七月底，我用電話告知教育部楊次長我的決定：「謝絕對母校校長的任命。」他很失望，要我再考慮。我於八月四日寫了一封正式公函，除了闡述在目前情況下無法赴任之外，並希望當局起用興大的新秀，並防患秋後算帳的問題。
八月二日《聯合報》有相關報導，從報導上看，這項新法規已經引起台灣當局的注意。台灣學者說：「一位校長若不能以校長的身分赴美；對工作相當不利。」又說：「萬一太太、兒女生病都不能回去看看、難免對校長人選形成兩難。」
事實很明顯，就我個人福祉而言，不去中興大學是對的。但就母校的情結而言，我不該不去，對與我共同推動改革的同事而言，我辜負了他們。
一直到今天，我仍然耿耿於懷。十月二十五日刊登在香港《成報》上的一篇文章〈臨門一腳〉中，我說：想想一輩子都能知道做「應該」做的事，可是當最後一個機會應該去做「應該」做的事情的時候，卻沒有「臨門一腳」的本事了。
