「大學聲望評價調查」與「教育部大學評鑑報告」兩者間有什麼關連？哪一個比較有參考價值？「看你從哪個角度看，」專攻教育評鑑、本身也是教育部評鑑委員的台北市立師院初等教育系教授楊龍立說。
如果以「長期」與「短期」努力表現來看，聲望評價所反映的是一所大學長期辦學的努力成果受到肯定的程度，以最簡單的字來形容就是「口碑」。受訪的各大學行政主管透過個人長期的具體經驗或印象來評價其他學校的表現，有點類似民意調查中民眾評價行政院各部會表現的好壞，評價的基礎也是建立在個人經驗與感受上。
教育部的評鑑報告則是從「監督」的角度來協助各大學做短期的自我改進。監督的基礎建立在各校所提出的「中程校務發展計畫」，也就是說各大學對自己所提的三至五年發展或改進計畫，是不是每年確實執行。各校比較的對象其實是「自己」，今年進步的績效是不是比去年多？例如研究計畫有沒有增加、師資結構、師生比有無改善、圖書設備擴增多少等等。
對考生來說，如果想看一所大學長期辦學的口碑，「聲望評價」是一個重要的參考；若想瞭解一個學校最近一年進步或成長的情形，教育部評鑑小組每年對各校的訪評與成效審查報告，就有重要的參考意義。
每一所大學都希望建立好的聲望口碑，聲望調查結果恰可以刺激學校進步的動力。清大校長劉炯朗以一貫開放的態度說：「如果人家說你是第一名，你要先想自己是不是deserve it（名副其實），繼續不斷努力；若人家說你是第二名，你就不能這樣想，而是要更加努力。」
長庚大學校長張昭雄也認為，時代已經改變，每一所大學不僅要知道其他學校的表現，見賢思齊，同時也要讓別人知道自己的特色、優點。如果自己覺得好，卻得不到肯定，這時學校也可以自我反省再努力。
在教育部的評鑑報告中，由於結果牽涉到教育部對各大學的補助款，因此也提供了類似的訊息給各大學做為追求進步的參考。
從不同的角度審視，恰可以看出各大學不同的進步表現，長期口碑與短期績效可能各擅勝場。儘管如此，評價與評鑑兩者間卻有著互為因果的關係——聲望是建立在一點一滴的改進與努力上，短期的進步逐年累積下來，一定可以建立更好的口碑；好的口碑則可激勵學校不斷保持衝勁。
因此，在今年的聲望調查外，《遠見》首度嘗試邀請教育部八十六學年度綜合評鑑委員，根據他們深入各校實地訪評的結果，來為各校的「教學」「研究」「服務」「行政」打分數，然後得出各校近期的「辦學績效」。
由於評鑑委員是以分組到各校訪評的方式進行，因此在調查上我們將所有受訪大學分為「國立」「早期私立」「新興私立」「師範院校」「醫學院校」五類，暨南、玄奘、南華與淡水工商由於當時未參與評鑑；長榮則單獨參加「其他類」之評鑑，所以不在此次調查範圍內。
在各類大學的績效評比中，國立大學以成大表現最優，台大則平平。有兩位評鑑委員不約而同地從「握有的資源經費」來分析成大：「資源稍少，但呈現的績效和資源成正比。」
私立大學以淡江和元智獲得較多的肯定，淡江以「資訊化、國際化、未來化」做清楚定位；元智則以「培育資訊社會人才」為目標。師範類以近三年研究大幅成長的彰師大與屏師院出線，醫學類則以在研究、教學投入較多心血的長庚大學、陽明大學表現突出。（有關各校概況，請參見「全台五十二所大學特色資源普查」）
