儘管不少人文社會領域學者對於教育部評鑑偏重SCI與SSCI出現批判聲浪，但其實並非人人都持反對意見。
台大文學院院長黃慕萱針對此次爭議表示，「採用SCI和SSCI，人社領域因為先天語文關係，會比較吃虧，」「但很現實的，在國際競爭上，你就是無法只用中文寫。」
她認為，評鑑一所好的大學不可能排除研究；而研究，如果有人能用英文寫，花費的功夫一定更大，國際傳播的能見度也一定較高，「對於這樣做的人，你該不該給予獎勵？」
她進一步指出，教育部此次的經費申請條件列出：102年至104年全校每年於WOS資料庫總論文發表數達到200篇以上，且曾於該領域之西文論文發表至少30篇以上、影響係數前25％之西文期刊比例高於50％。
已納入人文藝術、跨學科申請
「你有沒有想過，為什麼是30篇？」黃慕萱反問，教育部對一個學校只要求三年200篇、一個領域只要求30篇，可見絕對不是只要求論文數，而是要求論文具有影響力，只要學校在這個領域表現得好，就能出來申請研究中心。
此外，目前教育部在研究中心的申請表，已經額外加上「人文藝術」和「跨學科」兩個原本只用SCI和SSCI會沒辦法被納入的部分，並不能說教育部完全沒看見指標上的問題。
「指標不是問題，關鍵是你能不能做出研究的品質和高度，」她總結。
