立法院103年度決算評估報告，就對中研院的財務管理提出多項嚴厲批評。
首先，研發成果、收入與投入經費差距懸殊。
根據「政府科學研究發展成果歸屬及運用辦法」第10條，執行研究發展的公私立單位，應將研發成果20％繳交資助機關。近年來，中研院研發經費均超過百億，成果收入卻在台幣8000多萬元至3000萬元間震盪，收入甚至不到投入經費的1％。
第二，中研院網站的公開資訊上，技術創作人、專利金額、可能應用範圍等項目，均未載明具體數據，使技轉績效無從查考。立委陳宜民曾對此去函中研院，被以「業務機密」為由，婉拒提供。
第三，臨時人員增加，預算管控欠佳。
民國100年度，中研院「臨時人員酬金」近24億元，隔年增至26億元；但增加兩億，臨時人員卻只從2947人增至2955人，僅增八人，引人好奇。
103年度，中研院臨時人員來到3000多人，酬金26.3億元。根據「中央各主管機關編製103年度概算應行注意辦理事項」，「臨時人員酬金編列以不超過96年度實支數額為原則」；但相較96年度，中研院已大幅超過六億元。
另外，中研院自訂「科學技術研究發展採購作業要點」，與多項政府採購法規衝突；國庫撥給中研院科學研究基金的執行剩餘款，共1億2000多萬元，也遲未繳回國庫。