每年6月舉行第一階段免試入學，可選填3個志願，可報名高中職、五專免試入學、特色招生甄選入學，擇一校報到。第一階段免試入學未錄取者，可參加7月第二階段免試入學；參加特色招生學科測驗者，可於7月填寫特色招生分發入學和免試入學餘額志願卡。
澎湖縣每年國中畢業生約900人，高中（馬公高中）、高職（澎湖海事水產職業學校）各一所，共招1000名新生，100％就學不成問題。目前未規劃特色招生，實施十二年國教後，免試入學比例也可望達到100％。
馬公高中目前一年級普通科約9班，並有資料處理、觀光事業、商業經營等3個職業類科，以及綜合高中部。
澎湖海事水產職業學校則全為職業類科，包括餐飲管理、資訊、水產食品、航運管理等11個類科。
澎湖縣教育處學務管理科科長林長安透露，近兩年馬公高中的普通科開始出現缺額，並未招滿學生，最主要是因為就業市場和家長觀念的改變，就讀職業類科，考上大學的機會並不亞於普通科。 參加澎湖就學區免試入學的學生，九年級下學期（6月）上網選填志願，可填寫3個志願，註名校別和科別。
若報名人數少於該校或該科的招生員額，全數錄取；反之，就要進行超額比序。例如，觀光、資訊處理等科別較熱門，進行比序的機會就較高。
澎湖區共規劃志願序、品德服務、績優表現與其他等四大項、九個子項的超額比序條件（附表），最高積分達78分。
志願序∕最高可拿到5分
填寫第一志願拿5分、第二志願3分、第三志願1分。例如，若馬公高中觀光事業科報名人數超額，將之填寫為第一志願者可拿5分。
品德服務∕擔任幹部、記功，合計最高可得18分
①幹部任期：擔任班級、學校幹部，經學校認定績優者，每滿一學期可得0.5分，採計6個學期，最高可得3分。
②獎勵紀錄：大功每支4.5分、小功每支1.5分、嘉獎每支0.5分，最高可得5分。
③無記過紀錄：3年內無任何記過紀錄5分、銷過後無任何記過紀錄3分、銷過後無累積至小過(含)以上者2分。例如，某生有2支警告，但無小過以上記錄，仍可得2分。
績優表現∕總分51分，比重最高的項目
①均衡學習：健康與體育、藝術與人文、綜合活動等三領域，七年級至九年級上學期等五個學期平均達60分以上，各得1分，未達標準0分，最高得3分。
②競賽成績：全國第1至第6名獲得13至7分不等，佳作（優選）及領有獎狀者也可得到3分；全縣第1至第3名獲6分至2分，第3名之後的得獎者、佳作（優選）及領有獎狀者，也有分數可拿。
同年度同類比賽擇優採計，團體賽則積分折半。澎湖縣在競賽成績子項，可謂大放送，最高分數可累積15分。
值得注意的是，競賽成績已於品德服務項目獲獎勵者，不可重複採計。例如，某生獲得全國音樂比賽鋼琴獨奏第2名，記了一支大功，則算11分，大功的4.5分則不予採計。
③體適能：柔軟度、肌力、肌耐力、心肺適能4項採3項申請，綜合成績金質者得8分、銀質7分、銅質6分、中等5分、待加強4分。
林長安解釋，四項皆採計不盡公平，有些學生天生柔軟度不好，因此由學生擇優3項認證，是比較理想的作法。
至於有些家長質疑，為了在體適能比序拿高分，孩子是否得補習體育，增加負擔？
林長安表示，體適能的認證並非要學生在體育競賽奪牌，更非補習可以補得來，而是達到自己身體質量的基本標準即可。
④教育會考：國中畢業生國、英、數、自、社五科會考成積，每科得到「精熟」者得5分，「基礎」者得3分，「待加強」者每科得2分，最高累計25分，約占全部比序項目積分32％，也是比重最高的項目。
另外，澎湖給與各校擇定3科加權計分的空間，但會考最高分數仍不得超過總積分比率1∕3。林長安坦言，事實上，各校加權空間也不大，大概只有1、2分的空間。
其他∕最高4分
各校可視需求自訂比序條件，例如社團、志工、證照檢定等特殊表現，但最高分不得超過總積分的5％。
積分相同，先與學生溝通是否更改志願，不樂見抽籤 如果積分相同該怎麼辦？各校自訂優先比序項目逐項比較，最後仍同分才抽籤。林長安建議，由老師和學生詳談，分析哪條路適合學生，是否有更改志願的可能，若真的無法溝通，最後才會用抽籤，「但我們不樂見。」
若參加第一次免試入學未申請上的學生，以及參加其他縣市特色招生未錄取的學生，則可以參加第二次免試入學。
若最後錄取學校或類科還是不盡理想，林長安建議，多數國中生性向模糊，不如先嘗試看看，若實在不喜歡，再考慮校內轉科，並不建議學生浪費一年時間，等待隔年的免試入學與特招。
為了幫助國中生在選擇高中職時，選擇適合自己興趣的決定，澎湖縣每個國中都開設技藝班，每週開三到六節課，學生可修習商管、設計、餐飲等課程，目前已連續四年舉辦國中技藝教育競賽。林長安得意地說：「我們學生端出的酸辣湯，可是有職業水準喔！」
澎湖縣教育處處長鄭嘉薇鼓勵澎湖學生，課業成績並不是唯一，行行出狀元，不要為了念書而念書。家長和老師則要扮演引導的重要角色，幫助孩子勇敢實現夢想。
