由於陳總統為稅改背書並親臨火線，成為推動稅改是否順暢及成敗的關鍵，行政院隨即呼應，成立稅改小組，由謝院長親任召集人，預定2006年底完成稅改目標。
在報稅截止日前，陳總統聽取總統經濟顧問小組的稅改建言，做出六點重要裁示：
1、三年內將國民租稅負擔率提升至15％，中長期目標達18％的水準；
2、研擬短期內調整營業稅率一至二個百分點；
3、逐步建立所得稅最低稅負制，待政府財政改善後，檢討現行保留盈餘加徵10％營所稅的必要性；
4、研議遺產及贈與稅最高邊際稅率調整為40％；
5、研究對未上市、未上櫃股票交易所得課稅的可行性；
6、以及檢討產業發展獎勵、補助與稅賦優惠政策。
總統的稅改指示，雖然並未超脫三年前財改會所提「財政改革方案」的內容，以及社會各界對最低稅負制的殷殷期盼；然而稅改消息在繳稅截止日前一經披露，四面八方的撻伐聲紛至沓來。
而當民眾對稅制不公極度不滿，繳稅又如剜肉之際，改革內容若無法具體展現追求稅制公平的理念，就易於引起民眾對加稅的疑慮。由於陳總統為稅改背書並親臨火線，已成為推動稅改是否順暢及成敗的關鍵，故而稅改裁示的內容、配套與時機實有檢討的必要。
加稅與稅負分配應說明白
