芬普尼雞蛋事件傳出雞蛋產業以蛋易蛋的交易型態，業者之間交換雞蛋，很難掌握雞蛋去向，容易成為食安死角。這是雞蛋產界存在4、50年的商業行為，該如何改善？
食藥署署長吳秀梅認為，政府建立管理規則，要求蛋雞場在出貨之前，在蛋殼上面註記生產單位和食用期限，方便外界追溯，當衛生稽查人員查核，業者不致交代不清，即便再度發生雞蛋食安事件，可以快速掌握雞蛋去向，及時防堵影響層面擴大。
自從發生芬普尼雞蛋事件，農委會、食藥署、環保署展開跨部會討論。熟悉雞蛋產業的人士認為，國內的蛋雞飼養方式多年沒有改變，衛生水準遠遠落後世界，連東南亞國家都比不上，農委會應該趁機輔導，淘汰無法改善的業者。
由於消費習慣使然，蛋雞場會同時飼養老中青不同年齡的雞，以便生產大小不同的蛋，因此，當老齡雞淘汰之後，蛋雞場裡仍然有年齡較小的雞，無法全面進行大消毒，因此，衛生堪慮。
業者依照雞蛋大小，送往不同地方，例如，早餐店、自助餐店、小吃店偏好小型蛋，中型、較大的蛋送進賣場。
嘉義縣衛生局從這次事件發現，雞蛋業者設有中小型交換中心，雞蛋在這裡交換行之有年，但是，沒有交易記錄，不僅缺乏法令管理，業者也不知道交換的雞蛋賣到那裡。
芬普尼蛋事件發生至今，外界詬病食藥署主動檢查時，沒有發現，就發布國內雞蛋沒有芬普尼的消息，但是，四天之後，農委會防檢局卻宣布國產雞蛋發現芬普尼，引起軒然大波。
吳秀梅解釋，八月中旬，食藥署主動在北中南三地購買來自10個不同生產者、可以溯源、貼有QR碼的雞蛋，檢驗之後，並沒有發現芬普尼。
然而，市面上仍有洗選蛋沒有QR碼，難以追溯來源，為什麼食藥署不抽驗這些蛋？吳秀梅表示，如果當時他們抽驗這樣的蛋，一旦發現芬普尼，卻又找不到生產來源，勢將造成社會恐慌，對雞蛋產業打擊更大。
吳秀梅說，目前有些業者在蛋殼上註明食用期限，未來可以寫明生產者，即便雞蛋經過交換，賣到那裡，仍可以追查，萬一發生問題，也能加快下架動作。
經過芬普尼事件，食藥署已將這個已經禁用的環境用藥列為檢驗項目。吳秀梅說，禁藥是否要每一項都要檢驗？得視人力和成本決定，不是都要檢查。
目前農委會有意加強輔導蛋雞產業，汰弱留強之後，配合食安政策的業者才能存留。
