辜汪會談落幕，兩岸之間的新局正待展開。國際間普遍認為，這是歷史性的一步。身負我方談判重任的海基會秘書長邱進益也認為，這是調整兩岸關係的一個開始。
就在國際間都樂觀預期，台海兩岸已突破敵對情勢、將邁入似友似敵新關係之際，反觀國內，負責與中共對招的兩個要角－－陸委會和海基會，成立兩年多來爭議始終不斷。海基會前任秘書長陳榮傑曾在立法院萬分痛苦地發表「輪椅、擔架說」；新任秘書長邱進益則在新加坡會談期間，公開抱怨陸委會授權不足……。雖然海基會秘書長從郝柏村院長的愛將，連番撤換成李登輝總統的重臣，在兩岸關係發展的歷史性時刻，兩會關係仍舊未能改善。
其實兩會的矛盾，早在成立之初，即已種下根苗。
形式偏離了原先設計
自民國七十九年九月國統會成立後，政府就積極籌設實際負責規畫、制訂、執行大陸政策的行政機構。根據數位當時參與規畫的決策官員透露，在原始的構想中，陸委會和海基會應組成部分類似外交部與北美事務協調會的形式獨立而實質從屬的關係。其中相當重要的一個做法，就是「兩塊招牌，一套人馬」，參考美國在台協會，自行政機構延攬離退的中壯級幹部到海基會任職，以便利兩會的運作。
誰知八十年初海基會成立時，將原先規畫的「組」改為「處」，不但提高了本身的組織位格，並向外大舉招募人馬。海基會絕大多數成員均無在政府機構任職的經驗，因而變成了「兩塊招牌，兩套人馬」。陸委會因此認為兩會平行對等的局面，在形式上已偏離了原先的設計。
海基會的高階主管則自始就認定本身是民間機構，有獨立的董事會，及人事任免和預算執行的自主權，只有在執行政府委託事項時，才須接受陸委會的監督。對於兩會「從屬關係」的構想，海基會高層人士表示「一無所知」，而郝院長又曾公開說過「兩會是一體兩面，沒有什麼主從關係」的話，因而更強化了其平行對等的自我定位。
這是兩會間的第一個心結，日後許多爭執，多由這既似從屬又似平行的組織架構延伸而來。
對於海基會的堅持自主性，陸委會極不以為然。陸委會副主委高孔廉指出，基於海基會的預算超過七０%來自政府、享有政府排他性的授權及海基會人員轉任公職時年資可轉換等三項獨特條件，海基會的地位絕不同於一般民間團體，理應受陸委會的節制。
高孔廉並且率直地表示，僅就經費無法獨立一點，海基會就沒有資格享有自主權。據陸委會內部人士透露，當初以政府出資五億，民間募集五億成立海基會的構想其實並未實現；民間承諾的五億，至今只收到二億多，而政府出資卻已追加到十一億。經費來源的比例雖不平衡，海基會仍堅持擁有支配預算的自主權，辦理委託事項的經費占預算比例至今只有百分之五十左右(在陳長文任秘書長時代只有百分之十幾)，是陸委會不能諒解的。陸委會內部因此批評海基會：「要錢時自稱準行政機關，花錢時想當民間機構」。
海基會堅持人事任免的自主權，也是兩會難解的心結。陸委會一位主管抱怨推薦至海基會的人選，只有一、兩人獲得任用。陳長文辭職時，推薦陳榮傑接任，未先知會陸委會即越級報告郝院長一事，更讓自居為主管機關的陸委會不是滋味。
「陸九條」激化兩會心結
陸委會亟思確立兩會的「從屬關係」，在八十一年三月曾自行制訂「兩會運作關係處理原則」，將海基會定位為準行政機關，陸委會對其有指示、監督之權，海基會處長以上人事任免須由陸委會核定或核備，海基會每年的預算、工作計畫、人員赴大陸，甚至發布新聞稿，也須先經陸委會核准。這份所謂的「陸九條」文件，在海基會內部激起強烈反彈，兩會關係反而更形惡化。
不但自我定位不同，兩會對兩岸關係發展的速度、幅度、政治效應等見解，都有相當程度的差異。
政治學者高英茂指出，民間交流和經濟交流的大陸熱，一定會升高為政治的大陸熱，如何照著國統綱領的進程，同時觀照台灣安全和民眾需要拿捏分寸，是極高度的政治難題。
陸委會是政府大陸政策的最高決策、協調、執行機構，對行政院、立法院、社會大眾負成敗責任，而面對目前國內複雜的政治生態環境，陸委會顯得格外戒慎戒懼。副主委焦仁和指出，國內對兩岸關係缺乏共識，是陸委會最大的壓力來源，在共識未建立之前，「寧可失之穩健，也不可失之躁進」。
反觀海基會是直接面對中共、面對民眾需求的執行單位，如何達成任務是它的優先考慮，因此對陸委會的瞻前顧後常感不耐。而陸委會則對海基會著重技術面的考慮，感到不能放心。兩會因此時生授權多寡之爭。
以去年三月海基會赴大陸就文書查證一事與中共的第一次談判為例，陸委會認為，海基會當時傾向同意在協議中加入中共提出的「一個中國」原則，有落入中共文字陷阱的危險，因而叫停。此事曾使當時本已因統獨爭議顯得氣氛詭譎的國內政壇再掀一波，並引發國統會對「一個中國」重新詮釋定義。
一位陸委會主管透露，自此陸委會開始對海基會與中共的交涉特別敏感，要求海基會事事必報，包括發給中共的信件、涉及中共的新聞稿、與中共何時何人談什麼，幾乎可說巨細靡遺。前任秘書長陳榮傑形容陸委會是「帶著顯微鏡看問題」，其結果是「讓海基會躺在擔架上，完全無法動彈」。
以眾所矚目的辜汪會談為例，陸委會要求海基會每日回報兩次，一切細節都要瞭解後反覆推敲。細至雙方的座位安排，陸委會都推翻了海基會談判代表原先與中共代表商定的馬蹄型，因為「辜汪並坐顯得太親密，對坐才能凸顯對等的用意」。
不怕官、只怕管
「將在外君今尚且不受」，海基會一位董事觀察，陸委會監督到如此細節，「簡直是藐視海基會人員的判斷能力」。由李總統親自派任的海基會新任秘書長邱進益，上任不足三個月也萌生倦勤之意。
兩會先天失調，後天溝通也困難重重。海基會副董事長陳長文曾自我調侃，「我們是一群活生生的老百姓，對於怎樣能把事情做好，跟做官的人看法不同，」就相當程度反映出民間機構與行政機關對效率與規範的優先順序，無法取得共識。
兩會人員因行事風格而引起的衝突，最嚴重的一次發生在去年九月，時任秘書長的陳榮傑赴廈門與中共國台辦綜合局局長鄒哲開會談。陳榮傑自認己口頭提過多次，陸委會的官員卻始終以為「尚未定案」，直到陸委會主委黃昆輝堅持，海基會才在出發前一天補送公文，再由陸委會覆文，算是完成報准授權的手續。
雖然陳榮傑廈門之行取得雙方就文書查證重開談判的契機，兩會裂痕都又加深幾分。海基會方面認為此事只是行政程序的小瑕疵，無妨他突破兩岸談判困境的苦心。陸委會都基於「出了問題，責任還是我們扛」的心理，強烈譴責陳榮傑違反「兩會運作關係處理原則」，未經授權擅自與中共交涉。此番爭議，令陳榮傑「心灰意冷」，埋下他在今
年一月辭職的導火線。
海基會主管認為，該會從上到下都抱著開創歷史的使命感，只要是有益於改善兩岸關係的事，無不日夜加班拚命去做，因此才有主動派員在全省各地協助榮民解決赴大陸探親問題、贊助大陸希望工程等未經授權的行動，對陸委會屢屢以行政程序和未經授權為由「阻撓」，感到百般不解。一位政府高層官員含蓄地點出，這是典型老百姓和公務員心態的差異，而「使命感固然可愛，站在政府立場，海基會還是應該在政府整體規範下運作」。
癥結在最高當局
兩會對大大小小事件不同的看法和處理方式，不斷侵蝕著彼此的互信，甚至牽扯出派系鬥爭的猜忌，而兩會人和的問題也始終是社會大眾關注的焦點。熟知政壇運作的多位觀察者均不約而同指出，海基會秘書長任命過於政治化，人選的政治地位過於敏感，助長了兩會的競爭、猜忌心理，最高當局難辭其咎。
據一位決策人士透露，當初黃昆輝出任陸委會主委，完全是郝院長揣測李總統心意，認為總統對黃特別關愛，必須有所安排而做的政治決定，並非因才用人。這個決定不但使陸委會的決策能力不斷受到質疑，陸委會與海基會的歧見，也一再被蒙上政治色彩。有一段時間，甚至兩會內部均傳出，因為陳長文跟郝柏村的關係，陸委會非要把陳的人馬去之而後快。傳言固然無法獲得證實，二陳離職也仍未解決問題。
自總統府副秘書長調任海基會第三任秘書長的邱進益，更被外界賦予代表總統的特殊身分。曾任外交部次長的立委程建人分析，李總統對大陸政策是心理上希望開創突破，實際執行上傾向謹慎穩健，雖同屬李總統的愛將，邱、黃二人可能因瞭解的角度不同，而採取不同的做法，但是兩會主事者在社會過度期待和關注的壓力下，「心理上難免會產生化學作用」。
面對海、陸兩會先天、後天的重重矛盾，多位學者與決策官員都對兩會關係的改善，不表樂觀。學者高英茂相當坦率地指出，「兩會協調如此困難，行政院長是不是應該出面協調？總統是不是應該出面協調？」
陸委會與海基會，是政府為了現階段兩岸不宜官方接觸，而設計的雙胞胎。兩會一再演出兄弟相爭的情節，不但已引起社會大眾對我方力量自我抵消，恐不敵中共統戰攻勢的疑慮，且由於事涉敏感的兩岸關係，而往往衍生為政治風波。調整兩會制度，重塑團隊精神，不僅是兩會內部的事，更是最高當局無可旁貸的當急之務。
