辜汪會談落幕，兩岸之間的新局正待展開。國際間普遍認為，這是歷史性的一步。身負我方談判重任的海基會秘書長邱進益也認為，這是調整兩岸關係的一個開始。
就在國際間都樂觀預期，台海兩岸已突破敵對情勢、將邁入似友似敵新關係之際，反觀國內，負責與中共對招的兩個要角－－陸委會和海基會，成立兩年多來爭議始終不斷。海基會前任秘書長陳榮傑曾在立法院萬分痛苦地發表「輪椅、擔架說」；新任秘書長邱進益則在新加坡會談期間，公開抱怨陸委會授權不足……。雖然海基會秘書長從郝柏村院長的愛將，連番撤換成李登輝總統的重臣，在兩岸關係發展的歷史性時刻，兩會關係仍舊未能改善。
其實兩會的矛盾，早在成立之初，即已種下根苗。
形式偏離了原先設計
自民國七十九年九月國統會成立後，政府就積極籌設實際負責規畫、制訂、執行大陸政策的行政機構。根據數位當時參與規畫的決策官員透露，在原始的構想中，陸委會和海基會應組成部分類似外交部與北美事務協調會的形式獨立而實質從屬的關係。其中相當重要的一個做法，就是「兩塊招牌，一套人馬」，參考美國在台協會，自行政機構延攬離退的中壯級幹部到海基會任職，以便利兩會的運作。