事實上，比起工研院與資策會合併，吳政忠更掛念的，是加強各部會、法人間的連結，達到跨領域整合。
61歲的吳政忠，台大土木系、美國康乃爾大學理論與應用力學博士畢業，是前行政院長張善政在台大土木的學弟，經濟部長李世光讀康乃爾時的學長。
吳政忠指出，應力學是一門介於應用物理和工學間的橋樑，物理和工程都要懂，所以他一直都在做跨界整合的事情。自美國返台後，他專研物理和電機，是非破壞性檢測專家，主要確保土木工程結構材料製造加工時的品質，並評估運轉設備的使用壽命。
在陳水扁總統期間，他曾於2006到2008年擔任國科會副主委，致力推動智慧生活，他當時就強烈認識到，台灣不能一直強調代工、零組件製造，還必須往使用者終端的服務靠攏，而這得靠創新思惟和跨領域連結。
吳政忠打算如何串聯部會、法人與民間？以下是專訪精華：
協助中小企業接軌網路
台灣經濟奇蹟由代工產業創造，但最近顯現陰影。物聯網趨勢下，硬體的感應器、裝置，我們都能做，也可以培育軟體人才。但，最有價值的在應用端。
如果我們對生活沒有細膩觀察，如何想出新科技要用在哪？美國許多先進產品，都先從日常生活找需求。先有創意，再用技術實踐，還要能製造。台灣在技術和製造有經驗，就是創意難。
過去受代工思惟影響，教育沒教我們創新，現在，包括文化、社會、經濟、科技都需要翻轉，要改變架構，並加強整合。
台灣的法人不是沒有改變空間，但好的要留下，再接軌數位經濟與網路。工研院和資策會都有往未來趨勢發展的研究能量，例如工研院資通所正加強服務，資策會也有未來智慧生活應用。
但光在法人整合還不夠，還要幫助中小企業和網路介接。例如彰化鹿港的水五金很出名，全球80～90％水五金都是台灣代工，一年產值超過500億，但面臨中國的競爭，未來會有危機。若讓中小企業和電子商務接軌，並投入研發更好，像是水五金會用到電鍍，產生的廢水該如何處理？這就和工研院有關係了。
過去科專計畫強調KPI，為了完成任務，只能做有把握的技術，這個要改變。我們會先撥10％預算，做前瞻型計畫。錢不是問題，如果弄出系統，由國家啟動，民間很多資金才敢投入。
至於工研院和資策會，不可能合併。重點在於搞清楚每個單位的價值，避免資源重複。
以後會需要競爭機制，偏創新應用的資源，不只工研院、資策會，學校也能加入。但法人單位也需要投入未來五年到十年的技術，有些是基礎根基的，需要長時間耕耘。
