一九九○年，當「人類基因組計畫」（HGP）開始時，全世界都在觀望這個美國近代由國家推動的第三個大型科學研究（第一個是導致原子彈發明的曼哈坦計畫，第二個是登月計畫）。大家心裡的疑惑是，花這麼多錢、人力和時間，究竟值不值得？
三、四年後，英、法、德、日等國由政府資助的研究團隊，紛紛加入HGP的行列，分配不同的基因序列責任額。時至今日，已經沒有人對這個計畫的重要性有任何懷疑。
HGP的公共資料庫，可不是隨便就能加入。除了必須有大規模定序基因的能力（目前全球只有包括台灣在內的七個國家在做），還必須在成本的壓力下，維持良好的品質。在美國，包括史丹佛大學在內的三個基因定序團隊，今年三月就是因為成本太高，品質又不如美國另外三個團隊，而被美國政府取消贊助資格。
令人雀躍的是，台灣人有能力參與HGP計畫，在基因定序的歷史時刻中留名。陽明大學和榮民總醫院一組人員，已經在國科會和國家衛生研究院的支持下，找出第四號染色體上，超過一百萬對鹼基的排列順序。並且向國際基因銀行註冊後，於去年十二月底公布在網站上的公共資料庫。
第四號染色體已完成的基因序列，最長的一段約為三十多萬對鹼基，而台灣榮陽團隊已做到四十五萬對鹼基，很快就能進一步達到一百萬鹼基完全相連的目標（相連片段愈長，難度愈高）。
榮陽團隊正進行一千萬對鹼基的定序，預計在今年夏天完成。如果向來壟斷第四號染色體基因定序的史丹佛大學團隊，真如外界預期不再繼續，那麼今夏台灣極有可能成為對第四號染色體基因定序，貢獻最多的國家（預估該染色體共有兩億對鹼基，目前定序完成的比率還很小）。
基因定序，裡子面子兼顧
除了在史上留名、帶來國際聲望之外，這個消息還有許多實質上的意義。
國家衛生研究院院長吳成文曾撰文指出，以基因資訊為基礎的生技產業，在先進國家已隱然成形，美、日的生技公司，申請專利的數量驚人。他舉例，美國Incyte、HGS、Celera三家公司提出基因專利的件數都已超過六千三百件；日本一家政府支持的生技公司，也已提出六千件基因的專利申請，預估二○○一年的申請數量將超過兩萬件。
替基因定出序列並不能申請專利，但是根據序列做出的衍生（如基因功能的定義、基因的運用）可以。在這方面，全世界都還在起步的階段。
台灣榮陽團隊所要定序的千萬對鹼基，國際上還沒有任何團隊認養，換句話說，我們能夠在第一時間掌握其中的資訊，優先提供台灣各單位運用。陽明大學生命科學院院長徐明達說，「如果我們等到二○○三年基因組計畫全部完成再來研究，那就太慢了。」
另一方面，台灣所掌握的基因定序技術以及實做經驗，是未來進一步解讀和運用基因資訊的基礎。「不會做（基因定序），就不曉得怎麼看（基因資料），」陽明大學遺傳研究所教授蔡世峰如此認為。
進行定序計畫，還能培養更多相關人才。榮陽團隊現有約六十位師生共同參與這個計畫，蔡世峰特別找了十二個生命科學系大學部學生，以工讀生的名義參與，讓他們有機會接觸這項全球頂尖的計畫。
從教授單打獨鬥，進展到六十人的團隊合作，是累積了好幾年才有的成果。
一趟旅行，奠定基因定序的信心
一九九三年開始，陽明大學的周成功、蔡世峰等教授，看到全世界的基因浪潮洶湧，經常一起討論台灣能做些什麼。起初，國際間對於該從何處切入基因研究，並沒有一致的說法，但到後來輪廓漸漸清晰，基因定序是現階段最主要的目標。
一九九六年，陽明大學和中研院的幾位學者，一起到美國參加「人類基因體組織」（The Human Genome Organization，簡稱HUGO）召開的國際會議。結束後，順道參觀了兩個基因定序中心，發現定序的技術並沒有原本想像中的困難，台灣應該有能力做。而且他們評估，基因定序是相當前瞻的工作，值得投注心力。
回台灣以後，蔡世峰便派人到美國受訓，同時台灣這邊也開始準備相關的儀器、設備和研究計畫。
由於台灣大學肝炎研究中心教授陳培哲，已在前人的基礎上，將第四號染色體與肝癌相關的區域縮小到一千三百萬個鹼基對，而當時世界上做第四號染色體定序的，也只有史丹佛大學，所以榮總和陽明的教授，決定以此為研究標的。
一年多以後，幾次小規模（八萬到十萬個鹼基對定序）的試驗，效果不錯，於是他們正式向國科會申請百萬對鹼基定序計畫。
計畫初始，曾在國衛院綜合業務處（負責服務和教育推廣）任職的陽明遺傳學研究所教授蕭廣仁建議，為了同步建立後段「處理、分析資訊」的能力（也就是所謂的生物資訊，Bioinformatics），要儘早採購所需的電腦硬體、軟體資料庫等。
「很多單位在產生資料以後再來想怎麼運算，結果瓶頸出現在最後處理資料的部分，」蔡世峰回憶，「我們反過來，一開始就發展生物資訊，接下來就一氣呵成了。」
跨越生物學、遺傳學和電腦應用的生物資訊領域，設備好找，人才難尋。
由於生物和資訊的門檻都不低，跨領域的人本來就少，加上基因資訊爆炸，學術界和產業界的需求極大，造成供不應求的局面。
「這樣的人都被產業界（尤其是跨國大企業）吸走了，有多少他們要多少，」蕭廣仁描述，「前兩個月的《Nature》還說，德國也覺得生物資訊很重要，但最大的困難是找不到老師，連培訓出這樣的人才都沒辦法。」
前陣子，美國杜克大學醫學院院長都來詢問陽明大學的教授，有沒有生物資訊方面的人才。
陽明大學遺傳所教授周成功指出，因為生物資訊的市場還未成形，而電腦的市場又好得不得了，所以陽明在尋訪人才時，得先找有興趣的人，再以生物資訊的遠景「引誘」他，讓他們願意投入時間和精力。
幸運的是，陽明大學在這方面現有三位老師，其中生命科學系教授趙昆茂在美國念博士時，其指導教授就是做生物資訊的研究，算是科班出身。現在基因定序常用的比對軟體中，有幾個就是他當年參與做的。
台灣政府未就基因定序表態
世界上參與HGP的團隊，除了英國之外，都是由政府主導（英國由衛爾康基金會主導，但政府大力資助）。與HGP計畫相抗衡的是許多民間資本雄厚的大企業，他們在速度上力求加快，並不斷申請專利。對以非營利、公開資訊為目標的HGP計畫（大部分研究者反對基因專利）造成極大的壓力。
九九年三月，美國私人企業Cerela Genomics宣布要在兩千年六月第一個完成全部人類基因體的初稿。這個消息再度刺激學界，也讓德、法、日本政府大幅提高研究經費，連大陸也加入了HGP，誓言在今年六月完成九○％的初稿（初稿錯誤率百分之一，榮陽團隊做的版本，錯誤率為萬分之一）。
在全球「基因先進國」拚命衝刺的此刻，台灣相對沈默。
大規模定序耗費的資源非常可觀，光靠研究單位的力量，很難突破，需要國家的後援，而台灣政府尚未就此表態。
國科會和教育部撥款一百三十億的卓越計畫，去年十二月二十一日公布結果。陽明和榮總有關基因的兩個研究都獲補助，證明基因研究的重要性。去年年底，國科會也要求榮陽團隊提案說明定序的目標（據瞭解，其目標為一億對鹼基，約占第四號染色體的五○％）。
一位研究基因的科學家比喻，政府金錢外交，國際間不一定領情，但如果能將這筆錢放在基因定序，卻能將台灣推上國際舞台，因為我們擁有獨立定序的能力，不需要靠別人。「如果省下摔一架幻象戰機的錢，可以做好多事，」他惋惜地說。
如果政府不更積極地出面參與，在二○○三年以前，終究會有其他國外的研究團隊彌補第四號染色體的空白。目前單以陽明、榮總的力量，只能做出千萬對鹼基，到基因組計畫最後完成時，所占比率將會很小。
在歷史上，台灣只有這一次參與成為新G7（G指Genome，G7是七個有能力做大規模基因定序的國家，包括美、英、日、德、法、大陸、台灣）的機會。
「如果我們不做，這七個國家就變成六個，」陽明大學校長曾志朗說，「我們已經完成科學家的努力，接下來就看政府的了。」
