陳水扁在首都執政，不僅挑戰到國民黨的政權，對民進黨秉持的路線更是一大挑戰。
陳水扁的左右護法「羅馬」(羅文嘉、馬永成)曾形容，他是民進黨裡最務實的人，深知自己的目標，不被意識型態所囿。一九九四年底市長選舉，陳水扁調淡民進黨綠色色彩，強調中性的橘色、「水扁藍」，避談統獨，務實的作風和傳統民進黨就已經是兩個樣了。
以第一位民進黨員，每周出席國民黨的行政院會，成為民進黨未來執政的風向球，陳水扁和民進黨的關係，也在這一年中，呈現微妙變化。
市政府的陳家軍含蓄地暗示，在立委選舉中民進黨很反常地，並沒有大肆宣揚陳水扁的首都經驗，顯然和這位「超級從政黨員」很疏離；部分民進黨員則暗暗懷疑他晉用國民黨人、拿國旗參加總統府升旗典禮、又和李登輝在公開場合「眉來眼去」，似乎已經愈來愈「國民黨化」，有「叛黨」的嫌疑。
從陳水扁支持摹眾結構的改變，便略可窺見雙方間透著疑猜。在處理計程車司機打架、調漲費率等案，陳水扁「連情感上都很公正」的態度，和選舉的轎夫全民司機幾近決裂。而黨內台獨立場鮮明的「基本教義派」，也經常在黨部、地下電台猛烈批他「變節」。
