陳水扁在首都執政，不僅挑戰到國民黨的政權，對民進黨秉持的路線更是一大挑戰。
陳水扁的左右護法「羅馬」(羅文嘉、馬永成)曾形容，他是民進黨裡最務實的人，深知自己的目標，不被意識型態所囿。一九九四年底市長選舉，陳水扁調淡民進黨綠色色彩，強調中性的橘色、「水扁藍」，避談統獨，務實的作風和傳統民進黨就已經是兩個樣了。
以第一位民進黨員，每周出席國民黨的行政院會，成為民進黨未來執政的風向球，陳水扁和民進黨的關係，也在這一年中，呈現微妙變化。
市政府的陳家軍含蓄地暗示，在立委選舉中民進黨很反常地，並沒有大肆宣揚陳水扁的首都經驗，顯然和這位「超級從政黨員」很疏離；部分民進黨員則暗暗懷疑他晉用國民黨人、拿國旗參加總統府升旗典禮、又和李登輝在公開場合「眉來眼去」，似乎已經愈來愈「國民黨化」，有「叛黨」的嫌疑。
從陳水扁支持摹眾結構的改變，便略可窺見雙方間透著疑猜。在處理計程車司機打架、調漲費率等案，陳水扁「連情感上都很公正」的態度，和選舉的轎夫全民司機幾近決裂。而黨內台獨立場鮮明的「基本教義派」，也經常在黨部、地下電台猛烈批他「變節」。
就在和李登輝跳完舞後，陳水扁率直地比喻，彭明敏參選總統有如「阿婆生子」，讓民進黨上下愕然。據中央黨部副秘書長林萬億解讀這句「失言」，陳水扁是要展示他政壇影響力，凸顯他的存在。「他試圖告訴我們，除了民進黨，他還有多少空間，」林萬億觀察，陳水扁進入體制後的諸多舉措，都在試探既有選民對他個人的支持，考驗他有多少非民進黨空間。
但是，甩掉舊包袱，陳水扁「都會中產階級一的趨向，又為他在中間地帶開拓出新的支持系統。
新聞處長羅文嘉從內部每月所做調查推斷，一年下來，陳水扁已經開發了一塊非民進黨支持者的票源。新黨台北市議員龐建國也同意，相對於其他民進黨員，陳水扁更大膽跨出原來路線，爭得中間選民的認同，「如果民進黨想要執政，陳水扁模式是很好的參考。一儘管在議會撻伐市府施政，龐建國對陳水扁的調整也不得不讚賞。
還是要忠於民進黨品牌
阿扁市長的「非綠化」，其實是民進黨現有選民結構下必然的結果。黨副秘書受林忠正用動態平衡，來比擬陳水扁和批扁勢力的拉鋸。經濟學者出身的林忠正剖析，民進黨的行政首長本來就必須色彩較淡，光靠黨固定的三成支持者並不能贏得執政，定要開墾中間偏國民黨的區域。為避免陳水扁「走得太過頭」，打著正統綠色旗幟者的質疑，是有監督制衡的作用。
「不管他怎麼調整，品牌仍必須是民進黨。」林忠正歸結。
當然，政治嗅覺敏銳的陳水扁對此也心知肚明，他不厭其煩一再宣告他的綠色執政，偶爾還是回到光譜最左邊固本，喊喊台獨，批審郝柏村，「就是要固住獨派的票。」一位與陳水扁接近的民進黨員坦陳。
其實，陳水扁在黨內遭逢的質疑，也正是黨中央路線目前的寫照。
為擴大票源，黨中央刻意壓低意識型態的色彩，改行中道路線。近來舉辦的一連串軟性活動，主席施明德、彭明敏相繼公開「不必也不會宣布台灣獨立」的言論，一再讓黨中央蒙上「質變」的質疑。
誠如台大社會系教授林萬億研判，陳水扁執政是民眾對民進黨執政有無信心的參考座標，在黨裡自有影響力。而陳水扁在台北的執政經驗，是在實踐民進黨執政後必要的苦－－即使民進黨全面執政，還是必須沿用國民黨的人才與政策，在某種程度上，會愈來愈像國民黨。
民進黨籍文化評論者楊照更大膽預言，陳水扁對民進黨最大的挑戰，是逼黨重新定義民進黨，從反對黨到執政黨，民進黨究竟該堅持多少？容忍多少？「他是把民進黨往他的方向拉，否則民進黨會成為他的包袱。」為許信良在總統提名初選輔選的楊照評論。
學做「執政黨議員」
民國七十九年，七位民進黨、無黨籍縣市長曾組「民主縣市長聯盟」，企圖用綠色政績與國民黨執政縣市競爭，副秘書長林忠正坦言，這些縣市除能證明民進黨執政較清廉、有效率外，對於展示民進黨整體執政能力，並沒有實質成效。能扭轉民進黨形象的，只有陳水扁的台北市。
創黨九年，歷經多次路線之爭的危機，卻在離執政目標最近的這一刻，經由從政黨員的撞擊，執政不再是抽象的概念，而是很現實的行動。陳水扁執政，間接逼迫想執政、卻欠缺執政經驗的民進黨，在真正執政前，去思考該面對的調適。
以民進黨民代為例，過去都是扮演強烈批判政策的角色，但陳水扁入主市府後，這些咄咄問政的議員搖身遽變成政策捍衛者，很多議員找不到著力點，不知道怎樣做一個「執政黨議員」。而民進黨和從政黨員的黨政關係，也未建立一套運作機制，「國民黨從政黨員要去中常會做施政報告，我們的縣市長是各管各的。」林忠正一語標示出民進黨沒有執政經驗的困窘。
而做市長才一年，陳水扁之所以能挑戰有九年歷史的民進黨，就來自他已經在執政。
民進黨台北市黨部主委高志鵬指出，陳水扁在黨內聲望已達極致，比起主席、正副總統候選人更有獨特魅力。在黨內，他不過是中央執行委員，還不能列席中常會；他一手扶植的正義連線，在他當選後，恰如一位黨工形容是「土土土」，幾乎瓦解。但他超派系的立場，卻為他換來更超越的地位。，位美麗島系領導人就曾私下表露，民進黨現在都是靠陳水扁來撐，黨能否執政，全繫於他一身。
由陳水扁領銜陳家軍各地巡迴的「綠色執政品質保證」列車，每到一地就是當地最轟動的演講會。民進黨一位公職人員觀察，與其說他是為民進黨助選，不如說他在向黨展示執政實力。包括正副總統候選人都是替黨提名的候選人站台，只有陳水扁是自己搭台，讓別人來站他的台。
黨內務實派代言
「他要讓黨知道，是黨需要他，不是他需要黨。」這位和陳水扁接近的公職人員準確地說。陳水扁可支配的資源，比民進黨全部資源還要多，市府員工八萬，民進黨員也不過六萬多；黨中央一年預算兩億，陳水扁卻掌握了一千三百多億的財政預算。四年市長任期下來，「扁系」可望變成影響民進黨路線最關鍵的力量。
根據熟知黨內權力生態的楊照研究，陳水扁對民進黨政治生態最大的衝擊，是畫出基本教義派與務實派的勢力範疇。在他以前，黨內務實派沒有道德正當性；陳水扁的鵲起，除讓他變成黨內務實派的代言人，更為民進黨內台獨圖騰解套，讓民進黨更有競爭力。他儼然已是新的政治典範。
另一位務實派大將、前主席許信良曾預測，民進黨靠台灣人悲情凝塑出的能量已將用罄，日後必須打資源戰，才能和另外兩黨長足競爭。
而陳水扁的首都執政，就是為民進黨儲備資源戰的能量，開創由城市包圍中央的機會點。北市黨部主委高志鵬以親身經驗舉證，民進黨過去無緣接觸民間社團，現在獅子會、同業工會開會，都會邀請民進黨與會，而民進黨也慢慢可以開始發展組織系統。
弔詭的是，在陳水扁不那麼明顯擎舉正統民進黨大纛時，民進黨不一定能和盤接收陳水扁的資源。認同陳水扁不代表認同民進黨。
「如果多數人認為陳水扁和民進黨不同，這對民進黨不利。」市政府參事馬永成一句話，意在言外地揭示，傳統民進黨在面臨陳水扁執政的挑戰中，誰主誰從的微妙關係。
從立委選舉民進黨候選人淡化意識型態教條，黨中央舉辦軟性綠色派對活動可看出，陳水扁的橘色訴求漸次在綠色政黨中暈開。調色過後的民進黨，能不能把固定的三成支持率拉高到陳水扁的四三%選票，是陳水扁執政對民進黨最大的考驗。
