「設想了七十年，調查了五十年，勘探了四十年，爭論了三十年」，今年四月，中共第十三屆人大會議表決通過「三峽工程議案」，動工的腳步愈來愈近。面對這項跨世紀的大工程，歷來都有許多爭議，大致可歸納成以下七點：
投資
■贊成
按照一九九０年價格，三峽工程的靜態投資為五百七十億元(人民幣)，是全國規模最大、投資最多的水電工程；但從總體經濟考量，三峽工程的淨收益率達一四．五%，超過國家規定的評價標準，而且早建和晚建的淨收益率差一六．五%，早建比晚建有利。
三峽工程所需的資金除國家投資外，可採多方集資，包括(1)利用外資，在國外發行三峽建設債券；(2)在國內發行三峽建設債券；(3)延期償還葛洲壩的建設貸款，把該廠的利潤全部用於三峽建設；(4)三峽工程開始發電後的收益也用於三峽建設等。
■反對
三峽工程靜態投資達五百七十億元，而且工期很長，資金積壓嚴重，如果計入施工期利息，考慮動態投資，將是特大的建設項目；同時期所有能源、交通、教育、科研等各項公共建設，勢必受到影響。
國內、外發行債券的利率都很高，國外債券的外匯如何償還，葛洲壩和三峽工程的收益，是否可不歸還本息而用作建設，都是問題；因此在當前國家資金緊張，許多事業都要發展的時候，興建三峽工程，需要領重考慮。
移民
■贊成
三峽水庫的正常蓄水位為一七五公尺，據一九八五年調查，需要移民七十二萬五千五百萬人，如果考慮人口自然增長，到二００八年，最終安置移民的總數，將達到一百一十三萬人。
不過淹沒人口占各縣市的比重並不大，淹沒區人口最多的開縣，只占該縣總人口的七．六%，受淹耕地占庫區適耕地的比重也不大，庫區內適宜開發的荒山草坡，相當於淹沒耕地的二十倍，安置移民的土地綽綽有餘。
如果採用「開發性移民」的方針，對水庫移民遷建後的生產和生活安置作全面安排，統一規畫，便可創造出長治久安的環境。
■反對
過去移民較多的三門峽、新安江、丹江口水庫，只有三十多萬人，至今還有很多問題沒有解決，三峽移民一百多萬人，在國內外都是破天荒，而且三峽庫區兩岸都是山坡地，現有人口已經超載，再要安置一百多萬人，將會超出環境容許的負載能力。
現在提出「開發性移民」，給予大量移民費，可能會受歡迎，但到真正遷移時，將會困難重重，如果給的移民費不夠，可能會引發嚴重的社會問題，甚至政治問題。
航運
■贊成
三峽工程可以從根本上改善宜昌至重慶的航道條件，三峽水庫回水可達重慶，將淹沒一系列險灘，增加航道水深和航道寬度，使萬噸級船隊直達重慶。同時，經三峽水庫調節增加枯水流量，宜昌以下的航運也可以得到改善。
■反對
三峽水庫建成後，萬縣下游的永久回水區，航運可大為改善；但水庫尾部的變動回水區，當水庫水位下降時將露出天然河道，混沙大量淤積，情況會比原來壞，甚至礙航。
三峽水庫下洩清水、沖刷河床，也將引起宜昌水位下降，造成葛洲壩已建船閘門檻水深不足，影響航運暢通。
發電
■贊成
長江流域的水能資源幾乎都分布在西南，華中和華東地區的電力卻嚴重不足。三峽位於長江峽谷河段的末端，是西電東送的關鍵地點；三峽水電站建成後，年發電量八四０億度，將是目前世界上規模最大的水電站，每年可替代原煤四千萬噸到五千萬噸，相當於十座大亞灣核電站(大陸最大的核電站)。
■反對
三峽工程開工後十二年才能開始發電，二十年才能全部完工，不能解決近期的缺電問題；如果因為興建三峽工程擠掉見效較快的電站建設，將推遲電力工業近期的發展。
防洪
■贊成
三峽工程對長江中、下游的防洪，具有關鍵作用，它可以分擔長江中游九五億到二二０億立方米的分蓄洪任務，找不到等效或接近等效的替代方案。如果不建三峽工程，萬一遇到一八七０年那樣的特大洪水，荊江大堤可能決口，要死幾十萬，甚至上百萬人。
■反對
三峽工程只能控制上游川江的洪水，對長江防汛重點城市武漢，既不能降低洪水位，也不能減輕附近的分蓄洪任務；對長江下游江西、安徽的防洪更無能為力。
據調查，一八七０年的洪水首先衝開松滋口，洩入洞庭湖，監利以上的荊江大堤並未潰決。現在松滋口已有分洪道，荊江大提也已加固加高，一百多年前的洪水，沒有沖垮荊江大堤，一百多年後的今天，怎麼會造成突然幾十萬、上百萬人的死亡？
生態與環境
■贊成
三峽工程對生態與環境的影響，利多弊少。利的方面，它可以減少長江中游分蓄洪區的淹沒損失，與火電燃煤相比，也可以降低對周圍環境的污染，還可以局部改善地區氣候，減少洞庭湖區的泥沙淤積。
弊的方面，它將淹沒部分文物古蹟和耕地，在城鎮遷建及移民的過程中，也可能會產生生態和環境問題；不過如果事前做好移民安置規畫和城鄉建設規畫，就可以大幅降低負面影響。至於陸生動植物和水生植物，則因為庫區海拔兩百公尺以下，未見成片的天然森林植被，珍稀水生生物也已列管保育，影響不大。
此外，三峽水庫岸坡主要由堅硬、半堅硬岩石組成，穩定條件差的岸坡，只占庫區總長的一．二%；三峽水庫建成後，不可能會造成大量的崩塌滑坡，也不可能會引起強烈地震的大斷裂。
■反對
三峽工程對生態環境和自然資源的影響深遠；較平緩的耕地和城鎮被淹沒後，丘陵和山地的開墾，勢必破壞植被、加劇水土流失，三峽和小三峽的自然美景將受影響。
三峽庫區兩岸有兩百多處潛在的滑坡崩塌體自建壩蓄水後，因水的浸泡軟化和浮力作用，將使穩定性減弱，老滑坡復活，建高壩蓄水深達一百多公尺，也有誘發地震的可能。此外；如果遇到戰爭，三峽大壩遭核轟炸，對下游的兩湖平原將造成難以想像的毀滅性災害。
泥沙
■贊成
三峽工程的泥沙問題已基本清楚，可以解決。長江的泥沙比黃河少，八０年代初期雖有幾次特高的輸沙量，但未超出正常的變化範圍。三峽水庫是河道型水庫，水流有一定的挾沙能力，如果運用「蓄清排渾」(汛期來臨時，水庫水位控制在防洪水位，洩排淨水，汛期過後才蓄清水)，水庫運用一百年後，防洪庫容和調節庫容還可保留八六～九二%。
三峽水庫運用數十年後，庫區尾端將有一些泥沙淤積，對重慶市的洪水位會有些影響，但重慶是山城，主要市區都在洪水位上，不會因此而受到洪水威脅。至於變動回水區局部河段受泥沙淤積，出現礙航或影響港區作業，也可以藉優化水庫調度、港口改造、整治和疏濬來解決。
■反對
長江的年輸沙量已高居世界第四位，近年來更有明顯的增加趨勢，必須加強水土保持工作，控制水土流失，否則三峽工程的泥沙問題將會愈來愈嚴重。
三峽水庫有重要的防洪任務，遇大洪水年必須蓄洪，同時攔沙，這樣就不能「蓄清排渾」，庫尾淤積勢必大量增加，對航運產生不良影響。如果水庫下洩較清的水，還可能在宜昌以下發生沖刷，威脅荊江大堤的防洪安全。
