21世紀初的八年，民進黨執政，高舉「台灣認同」的旗幟，儘管新的世紀到來，但兩岸關係卻烏雲罩頂，台灣的國際空間也被逼到角落，還有大陸近800枚飛彈對準台灣的威脅。
2000年總統大選，民進黨籍候選人陳水扁擊敗連戰及宋楚瑜，完成台灣第一次政黨輪替。綠營執政後，其實一開始有心與大陸交流，陳水扁在520就職典禮上便提出「四不一沒有」的保證。
「四不一沒有」未化解疑慮
「四不」指的是不宣布獨立、不更改國號、不推動兩國論入憲、不推動改變現狀的統獨公投。「一沒有」則是沒有廢除「國家統一綱領」與國家統一委員會的問題。
各界解讀，那時候的陳水扁，仍希望突破兩岸僵局，開創和平契機。
陳水扁執政時代，兩岸也有小碎步前進。包括開放金門、馬祖與廈門小三通，兩岸之間小規模的通商、通航和通郵，成了陳水扁任內最開放的風向球。
2000年12月13日，行政院根據「離島建設條例」通過「試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法」，做為小三通的管理依據。並於2001年1月1日開始實施定點定時的貨客運通航。
利用小三通，設籍金門、馬祖地區滿6個月以上居民，得申請赴對岸觀光、從事商務活動。而大陸地區人民也可經由金馬地區親友或旅行社，申請赴金馬地區旅遊、商務、探親或探病奔喪。
未經兩岸正式協商的小三通，加上限制非常嚴格，頭一年，台灣經由小三通前往大陸福建地區甚少，僅1萬1729人，平均每個月不到1000人。大陸透過小三通來到金馬地區的人更少，2001年僅1041人。
但其實，「四不一沒有」並沒有換來比較好的兩岸關係。
北京方面看待「四不一沒有」是陳水扁及民進黨在「接受一個中國原則」的關鍵問題上，採取了迴避、模糊的態度，大陸並不信任訂有「台獨黨綱」的民進黨政府。
「『四不一沒有』存在的時間也很短暫，」文化大學中山與中國大陸研究所所長趙建民指出，二年多後，2002年8月3日，陳水扁透過視訊會議，對在日本東京舉行的世界台灣同鄉會第29屆年會上向與會人士上，就提出「台灣中國，一邊一國」及「公投迫切」。等於推翻了「四不一沒有」中的「不宣布獨立」和「不推動改變現狀的統獨公投」。
陳水扁這番談話，可說是立刻撼動了兩岸與國際輿論。
激起中共敵意 美國也關切
當時有不少評論指出，李登輝的「兩國論」，是主張中華民國與中國大陸分屬不同國家，但陳水扁的「一邊一國論」，則是強調台灣是有別於中國之外的獨立性。台海這邊的「一國」，似乎也不是中華民國，而是指一個主權獨立的新國家。
「一邊一國論」令北京當局更是大吃一驚，大陸國台辦立即召開新聞發布會，駁斥這是對全體中國人民及一個中國原則的公然挑釁，必將對兩岸關係造成嚴重的破壞。國台辦嚴正警告：台灣分裂勢力懸崖勒馬，停止一切的分裂活動。
前陸委會主委蘇起在《兩岸波濤二十年紀實》書中分析，陳水扁的一邊一國言論，不僅激起中共更大的警惕與敵意，也引起美國高度重視。
「兩岸關係進入一個前所未有的複雜而危險的階段，」蘇起明言，接下來的十幾個月裡，美國、中共與台灣三方面都積極動員，從事預防性的危機處理。
北京針對台獨主張展開強烈反擊。2003年，中國國家主席胡錦濤到紐約參加聯合國成立60週年高峰會議，與美國老布希總統會晤時，突然當面提出希望「美國和中方一道，為維護台海和平穩定、反對台獨做出積極努力。」
這，堪稱是北京當局「主動」邀請美國干涉中國台海兩岸問題的頭一遭。
北京當局向美國發出的邀請，也是對台獨的一種警告。這份對美國的期待，也使得綠營執政者十分緊張，「難道台灣不只對抗北京，還要對抗美國？」趙建民分析。
中共當局認定「一邊一國」「公投迫切」為「漸進式台獨」的分裂，兩岸緊張的狀態，令美國感到相當憂心，以往維繫台中每三邊互動的安全架構，今後能否繼續順利運作？
根據新加坡《聯合早報》報導，中共中央對台工作領導小組副組長、全國政協主席賈慶林主動透露，中共國家主席胡錦濤在2003年10月19日與美國總統小布希在曼谷會談時，小布希曾對胡錦濤說：「陳水扁是麻煩製造者。」但後來遭到美方否認。
當年，台海情勢極端險峻，中國的軍事演習陸續在台灣附近進行。根據媒體推估，就在那幾年間，大陸在東南沿海部署瞄準台灣的飛彈，每年大約以60～75枚的速度增加。到了2007年，對岸隨時候命攻擊台灣本土的飛彈，評估將近800枚。
反對中國部署針對台灣的飛彈，2004年總統大選在即，為了選舉造勢，泛綠陣營發起「228手護台灣」的活動，200萬台灣民眾北起基隆市和平島，南至屏東縣鵝鑾鼻，以牽手方式排列成長約500公里的人鏈，這是台灣截至當時以來最大規模的街頭運動。
但民進黨的舉動顯然更刺激中國大陸。一方面，「愛台灣」的口號，一時風行大街小巷。陳水扁順利連任第二任總統後，中國的戰鬥機卻在同年9月下旬起，大量逼近海峽中線，9月27日更有超過30架的戰鬥機同時越海而來，甚至還有轟炸機，創下了1999年以來單日最多架次的記錄，兩岸發生軍事摩擦的機率升高。
連戰破冰 國共邁向和解
扁政府的趨獨傾向激起滔天巨浪，將兩岸幾乎推到火線上，當時美國學者還曾撰文指出台灣正「處於戰爭邊緣（on the brink of the war）」。
接下來的台灣立委選舉，綠營大敗，加上美國暗中促成，讓中斷一年的台商春節包機復航，2004年險惡的兩岸關係，終於有驚無險度過了。
2005年，大陸特別發布了「反分裂國家法」，特別之處在於，這是中國在第十屆全國人民代表大會第三次會議所通過，一部專門針對兩岸關係的「基本法律」。
其中第八條如此明文規定：「『台獨』分裂勢力以任何名義、任何方式造成台灣從中國分裂出去的事實，或者發生將會導致台灣從中國分裂出去的重大事變，或者和平統一的可能性完全喪失，國家得採取非和平方式及其他必要措施，捍衛國家主權和領土完整。」
當時各界解讀，反分裂國家法是中國國務院警告台灣不要引火自焚，極不友善。
當時的北京，一方面針對民進黨的台獨主張態度強硬，另一方面卻熱烈與在野的國民黨達成和解，催生全新的「國共平台」。
2005年4月底，國民黨主席連戰率領龐大代表團訪問中國大陸，展開「和平之旅」，先後走訪了南京、北京、西安、上海，連戰成為1949年後第一位踏上大陸的國民黨最高領導人。
西安的小學生為迎接連戰到來，特地演出節目：「連爺爺，您回來啦！您終於回來啦！」這兩句「經典名言」，頓時成為兩岸流傳最熱門的話題。
當連戰與胡錦濤在北京人民大會堂舉行正式會談，更讓兩岸破冰之旅達到最高潮。「連胡會」是自國共內戰以來，中國國民黨和中國共產黨之間首次最高層次的會晤，雙方還共同發表五點共同願景，深具象徵及實質意義。
五點共同願景包括：
一、在認同「九二共識」的基礎上促進恢復兩岸談判。
二、促進終止敵對狀態，達成和平協議。
三、促進兩岸在經貿交流和共同打擊犯罪等方面建立合作機制，推進雙向直航、三通和農業交流。
四、促進擴大台灣國際空間的談判。
五、建立國、共兩黨定期溝通平台。
五點和平願景裡，九二共識重新回到兩岸互動的視野，還建立了兩黨高層對話的平台機制。
連胡會一共見了四次，後來吳胡會（吳伯雄會見胡錦濤）、蕭習會（蕭萬長會見習近平）陸續舉行。其次，俗稱「國共論壇」的兩岸經貿文化論壇，以及博鼇論壇，皆每年舉辦一次，讓兩黨高層及幹部得以直接交換意見，也逐漸增進了兩岸的互信。
「在陳水扁執政的最後階段，它（國共平台）的存在穩定了北京焦躁的心情，也使得兩岸關係雖然受衝擊，仍能外張內馳，」蘇起評斷道。
總統第二任的第一年，扁政府就不斷爆出內線交易、官商勾結的重大弊案，聲望下滑的陳水扁，卻在兩岸及外交政策上顯得更加地冒進。
2006年一開春立即波濤洶湧，陳水扁宣布終止國家統一委員會與國家統一綱領的適用，稱為「終統」，此舉再度被視為對一個中國原則的嚴重挑釁。
「終統」令美國相當不滿，再度見識到陳水扁是「麻煩製造者」，於是拒絕當時陳水扁出訪中美洲邦交國時過境美國的需求。結果在外界都不知情的情況下，總統出訪的專機，竟違反慣例，一路向西飛，上演空中迷航記，最後才宣布在阿聯酋首都阿布達比降落加油。
當全世界都在亂猜他的下一個落腳處之際，又突然出現在荷蘭，以商務包機的名義中轉加油，荷蘭也嚇一大跳。最終繞了地球一大圈抵達中美洲，史稱「迷航之旅」。狼狽不堪的出訪，當時還被大陸官媒譏笑為東奔西突的「流竄之旅」。
衝撞紅線 錯失區域經貿整合
陳水扁一系列挑戰兩岸紅線的言行，在2007年6月再度衝撞，他利用接見美國智庫的一個場合，提出「以台灣名義加入聯合國的公投」。
這個動作一出，大陸國台辦率先批評「入聯公投」就是變相的台獨公投，不僅華府高層紛紛公開表示反對。
「入聯公投」與2008年中華民國總統選舉同日同時舉行，最後因投票率未達50％而宣告失敗。
根據《華盛頓時報》報導，2008年3月總統大選期間，美國專程派出3組航空母艦巡行台灣四周海域，大選結束後仍保留兩艘航母以確保平安無事。這就是台灣當時面臨的處境。
不過，儘管阿扁時代兩岸政治上很冷，基於實質需求的民間交流，卻很熱。
《海基會20週年專刊》披露，海基、海協兩會協商管道儘管從1999年7月到2008年5月，整整中斷近10年，但是海基會在服務兩岸人民方面卻絲毫未受影響。反而隨著兩岸人民往來的益加頻繁，服務案件與年俱增。
無論是經貿糾紛協處、文書驗證與查證、海難救助、天然災害人道協處、旅行意外協處、台商聯繫與服務等工作，皆是逐年遞增。海基會為民服務案件，從14萬3168件，成長到2008年的34萬6483件。
「顯見冷冽的兩岸政治環境，已經無法阻擋兩岸民間交流的大趨勢，」書中指出。
值得注意的是，2000年起，國際出現很大的國際貿易風潮，很多國家互簽FTA，尤其是南韓屢有斬獲，但阿扁的台獨政策使台灣完全無法參與國際上的區域經濟整合。
「這八年是自二戰以來，國際經貿發展最快的八年，台灣卻錯過了，」趙建民指出，這一段國際經貿的黃金時期，台灣政府卻在積極推動「台灣認同」，與國際潮流背道而馳。兩岸對抗，終究損害了台灣的經濟利益。
