九年級下學期（6月）線上報名並繳交書面表件，可填4~8個志願。第一階段免試入學以及特色招生未錄取者，皆可參加7月第二階段免試入學餘額申請。第一階段免試入學未錄取者，可參加7月第二階段免試入學；參加特色招生學科測驗者，可於7月填寫特色招生分發入學和免試入學餘額志願卡。
雲林就學區的比序條件相對簡單。但雲林縣是升學外流嚴重的縣市且自成一學區，未來雲林縣國中畢業生若想就讀其他學區的高中，須尋求特色招生的管道。使得雲林區關注的問題是，如何讓雲林縣國中畢業生留在縣內升學？雲林縣教育處長邱孝文鼓勵學生就近入學，一為高中時期擁有家人陪伴，人格發展較完整；二為大學有繁星計畫入學，不必執著明星學校，念社區高中，反更有機會念理想的大學。
邱孝文樂觀期待，實施12年國教後，留在雲林縣升學的學生會比過去增加。「明星高中都是由明星學生打造出來的，如果雲林縣孩子都留在縣內升學，不去追求其他縣市的明星高中，相信不出多久，我們縣內的學校就是明星學校，」他說。
雲林就學區公私立高中職有21所，入學方式可經由免試入學和特色招生。特色招生細節尚未確定，待明年8月公布，目前全區內沒有學校規劃舉辦特色招生，可望全區免試。參加雲林就學區免試入學的學生，九年級下學期（6月）線上報名4至8個志願，職業類科以1校1科為1志願。若報名人數少於該校或該科招生員額，全數錄取；反之，就要進行超額比序。
免試超額比序有5大項
雲林區共規劃志願序、扶助弱勢、就近入學、品德服務、多元學習表現等5大項、11個子項的超額比序條件（見表），最高積分達90分
志願序∕最高得９分
第1至第4志願可分別拿到9、7、5、3分，第5個志願之後未納入計分。
扶助弱勢∕來自偏遠小校可加分
①經濟弱勢：領有中低收入戶及低收入戶證明者可得2分。
②偏遠小校：來自班級數在9班以下的國中畢業生可得2分，13班以下得1分。
在全國15個就學區中，雲林為少數採計扶助弱勢項目的就學區。邱孝文表示，雲林縣經濟弱勢的家庭為數不少，針對弱勢學童，更應該給與鼓勵和機會，因此採計扶助弱勢比序。
就近入學∕符合得4分
國中畢業學校在雲林區及共同就學區者，可得4分。九年級搬來雲林，且取得當地國中畢業資格，也可得4分；但若國中三年在其他學區就讀，打算搬家來雲林念高中，可以參加雲林區的免試入學，但就無法取得這項分數。
至於共同就學區，則是雲林區與嘉義、彰化區的鄰近範圍，例如，雲林縣北港國中，距離嘉義縣很近，即劃在共同就學區裡。
北港國中畢業生可擇一參加雲林和嘉義區高中職免試，同樣的，設籍嘉義，但在共同就學區就讀的國中畢業生也可擇一申請兩區免試。
由國中提出申請共同就學區，雲林區高中高職免試入學委員會審查。想知道自己就讀的國中是否位於共同就學區，屆時可詳閱招生簡章和相關網站。
品德服務∕最高20分
共3個子項，占20分。
①獎勵紀錄：大功每支3分小功、小功每支1分、嘉獎每支0.3分，最高上限為10分。
②出缺席：無曠課者5分、曠課1～5節者3分、曠課6～10節者1分。
③無記過紀錄：無警告以上紀錄者5分、銷過後無警告以上紀錄者3分、銷過後無累積至小過以上者1分，此項和出缺席合計最高分數為10分。
多元學習表現∕同類競賽擇優採分
4個子項，最高積分53分，是占分比例最高的一個項目。
①均衡學習：健康與體育、藝術與人文、綜合活動三領域，成績達及格者可各得3分，最高累積9分。
②競賽成績：個人賽全國第1名7分、第2名6分、第3名5分、第4名至入選者4分，全縣第1名至第3名也可以累積1到3分不等。4人以上視為團體，團體賽積分至折半，20人以上團體積分以個人賽積分1∕4計算。
值得注意的是，競賽成績和獎勵紀錄不可重複採計，且同類競賽擇優採計。例如，某生七年級拿到全縣書法比賽第1名，八年級又蟬聯冠軍，各記一支大功，擇優採計3分。邱孝文說明，希望學生多元學習，因此同一類競賽，以最好的成績計算。
③體適能：柔軟度、肌力、肌耐力、心肺適能各單項達均標各得1分，四項總成績達金質者另加3分、銀質者加2分、銅質者加1分。 至於均標比較標準為何，以及採計國中何時的體適能成績？雲林縣教育處學務管理科科長林慧蓉表示，結果尚待教育部公布，屆時體適能認證標準會全國統一。
④教育會考：國中畢業生國、英、數、自、社五科會考成積，每科得到「精熟」者得6分，「基礎」者得4分，「待加強」者每科得2分，最高累計30分，占全部比序項目積分1∕3，也是比重最高的項目。
倘若積分相同時，依上述比序項目，逐項進行排序，各校不能自訂順序；若仍比不出高下，才以電腦隨機抽籤。
多元學習表現比序項目注重競賽成績，對於社經背景弱勢的家庭來說，如何培養孩子才藝表現？邱孝文表示，雲林縣教育處推行「藝術與人文教學深耕計畫」已三年，由在地藝術家進入校園開授相關課程文化傳承，讓小朋友不用花一毛錢，就能探索教科書外的興趣。
另外，明年雲林縣可望設立藝術實驗高中附設國中部，也將持續加強國中藝術、體育班。邱孝文說，家長無須為了免試入學超額比序，把孩子送去才藝班，在學校裡就能多元學習，接觸每一個領域，開發未來的機會。
