當大陸、香港兩地大學正快步提升時，台灣的大學面臨不小的壓力。
2005年啟動的五年500億「邁向頂尖大學」計畫，第一年預算終於在2006年3月正式撥下。9月份，拿到預算的12所大學，就陸續由校長帶隊，向媒體報告執行情況。
記者會上，各大學都受到「拷問」。例如拿到30億預算的台大，因為花了約四成的預算整修校舍，其中包括整修24棟學生宿舍，因此遭到沒有拿到特別預算的大學批評。
多預算，聘名師、買書一起來
但對台大師生來說，這筆預算讓他們久旱逢甘霖。
台大哲學系教授林火旺形容哲學系是「貧民窟」，每逢下雨，三樓的研究室就漏雨；去年，陪女兒到外文系參加甄試，才發現，外文系連走廊都在漏雨。
由於購書經費年年刪減，文史哲期刊、書籍更是首當其衝。哲學系的期刊年年減少，有時系辦問他：「可以停購哪些不重要的期刊？」他心裡想，「現在還剩下哪些重要的期刊？」
林火旺專攻自由主義政治哲學，他現在都是自掏腰包買進專業書籍，一點都不奢望學校的圖書館。
台大校長李嗣涔承認，台大過去幾年的確很少買書，現在因為有一年30億的特別預算，圖書館從原來一年不到1.7億預算，現在增加到3億。
除了擴充圖書，台大也著手延攬一流師資。
像1998年諾貝爾物理獎得主、普林斯頓電機系主任崔琦，已經答應每年撥兩、三週時間到台大與教授們交流；另外，台大已經增聘100位博士後研究員、50位研究人員。
不只台大，交大代理校長黃威說，由於有一年8億特別預算，未來將聘請諾貝爾獎學者，年薪沒有上限。目前，則已經邀請到美國Emory大學林明璋院士、東京大學物理系教授小林孝嘉。小林孝嘉是全球知名快速雷射研究專家，將到交大停留三年、建立實驗室。
有評鑑，教師面臨解聘壓力
有獎有懲，評鑑才有意義。因為有五年500億的特別補助，納稅人要看績效、教育部要評鑑學校，學校自然也就順勢要求教師接受評鑑。
打破國立大學教師「公務員」「吃大鍋飯」的舊心態，也許是五年500億政策至今的最大收穫。
自稱是大學評鑑「始作俑者」的中國醫藥大學校長黃榮村指出，早在他擔任國科會人文處長任內，就開始著手建立研究的評量工作，首先就是建立學科的期刊評鑑。
過去很多大學教師常藉口「國際指標不能套用到台灣」，黃榮村才根據台灣情況建立「華文社會科學期刊引用文獻索引」（Chinese Social Science Citation Index），這項工作在1998年底完成，並在1999年的全國人文社會科學會議中，被廣泛討論。
在台大任教24年半的黃榮村坦率指出，「台大（老師）的太平日子過久了，是這四、五年才開始衝。」
台大人事室首次公布，在近三年內，有62位教師未通過系所評鑑的初審。
曾擔任過教務長的李嗣涔表示，1998年推動教師評鑑時，為減少反彈，只評鑑新進教師，但從2005年開始，評鑑延伸到所有教師。
隨著審查標準日趨嚴格，未通過審查的教師人數也逐年增加。例如，2003年只有14人未通過審查，2004年有21人，2005年就增加到27人。初審未過的教師在未來一年內，若未通過審查，就要面臨解聘的命運。
重研究，政府變相鼓勵
雖然，一年30億的特別預算占到台大正常預算的1∕3，但食品科技研究所教授孫璐西仍然認為，研究不是兩、三個月就能做出來的；錢可能可以買到論文的量，但不能買到論文的質。
根據香港科技大學丁學良教授的研究，想在世界一流學術期刊發表論文，已日趨困難。以經濟學的第一階期刊《美國經濟學評論》（AER）為例，從編輯接到論文、初審、通知作者接受發表，平均要83週時間。從接受發表、改稿，到實際刊出，又要44週，整個過程平均要127週。
而且，從1979年到1998年的20年間，100篇投稿到《美國經濟學評論》的論文，獲得發表比例由17％降到7～8％。
再者，世界一流大學都是研究與教學並重，但是台灣「五年500億」的執行，已經出現重研究、而輕教學的現象。
例如在教育部計畫書中的「躋身世界百大具體分年發展指標」，共有九項，但只有一項是「教學卓越措施」，定義較模糊。但是第三項指標「著名國際期刊論文發表及引用數」，卻具體指出要在哪些期刊發表論文才算數。
這也難怪多位外國學者憂心這項計畫扭曲了台灣的高教發展。
哈佛教授杜維明就表示，兩岸三地大學爭相以量化指標為目標，想藉此擠進世界百大，未來將是一場悲劇。
哈佛被認為是世界最好的大學，但卻是一個最重視大學部通識教育的大學。像杜維明這種的資深教授，在大一開的是《四書》導讀，一個班只開放12位學生上課。
台大電機系畢業的前貝爾實驗室亞太及中國區總裁許濬也表示，他一聽到五年500億，就擔心台灣老師的心會開始浮躁，只知道衝論文數量，許多老師現在連自己教的學生，名字恐怕都叫不出來。
輕教學，換來學生沒研究力
在強調研究績效的政策下，可能會讓台大輕教學的傳統更加突出。
根據台大「邁向頂尖大學」計畫的經費分配，只有10％是用來改善教學的軟硬體，75％的預算則是用來追求「研究卓越」。其中包括增加研究助理人數、添購大型基礎研究設備、資助各學院獎勵教師發表國際論文、爭取成為國際學會會士、發展10到15個重點研究領域等。
至於計畫聘請的200名特聘教授，審核資格也是極端偏重研究表現，例如一到四項的審核標準都是研究表現，加薪幅度是20％；至於第五項標準「兩次教學傑出獎」，加薪幅度只有10％。
研究犧牲教學的情形已經開始顯現了。
今年從台大化學系退休，並獲聘為台大名譽教授的劉廣定就批評：有老師為了個人的研究表現，把大一、大二學生就帶到實驗室，幫忙做實驗。
像劉廣定對學生要求嚴，每四週小考一次，其他老師就會不高興，因為這樣一來，學生得忙著準備課業考試，沒辦法幫老師做實驗。
劉廣定不擔心五年後，台大的研究比不上人，反而擔心10年後，研究會後繼無人。因為台大的基礎教育、通識教育，向來未受重視。
清大校長陳文村也指出，哈佛的生師比是八比一，每位大一新生一入學，學校就有專人教他們擬訂讀書計畫、選課。但是台大的通識教育竟然出現獸醫系開「寵物保健」，地質系開「寶石鑑定」的情形。
因此，2005年李嗣涔剛當選校長，劉廣定特地送他一本介紹北京清華大學如何輔導大一新生、如何規劃通識教育的書。
沒政策，大學行政組織僵化
台大是五年500億的投資重點大學，台大所出現的問題，當然也會出現在其他11所獲得特別預算的大學上。
拜五年500億所賜，教育部對於大學的「研究」，現在也有了更大發言權。但是沒有一流教育政策，哪來一流大學？
五年500億政策出現大轉彎，讓各大學反應不及。原先500億特別預算中的400億，是要「集中」分給兩所大學，但因為擺不平，只好「平均」分給12所大學。但是集中或平均的政策考量到底是什麼？
有時候，大學的問題，不是出現教授身上，更是來自整個行政體系的僵化，該有彈性的地方缺乏變通。
中國醫藥大學校長黃榮村在擔任教育部長時，眼見大陸大學教師的薪水可以相差10多倍，曾經希望把大學教師薪資結構與公務員脫鉤，本薪不改，拉大加給的差距，同時把學雜費用在改善教師薪資上，但是卻受到行政院人事行政局的勸阻。
8月就任的政大校長吳思華也希望拉大教師的薪資差距，以調動教師的積極性，同樣地，也得不到教育部支持。
吳思華表示，任何人去問教育部，大學薪資可以更有彈性嗎？得到的答案一定是：「可以，但要擬定一個全校都能接受的規則，送教育部備查。」換言之，就是要看校長願不願意自己承擔責任了。
吳思華說，他現在跟政大各院長說，校長只有兩件事要做，一件是找錢，一件是應付政策法規；因此，「只要你們院長敢，我校長也敢。」
只是，當「行政主導、大學自主性不足」的基本情況沒變，五年500億的特別預算，對台灣的大學教育來說，會不會變成像量販店的促銷口號：「加量（經費多）、不加價（附加價值）？」
