8吋晶圓廠的外移爭議尚未落幕，4月初，「國家科技保護法」和「台灣地區高科技人員進入大陸地區任職許可辦法」的草案出爐，再度引起喧然大波。其中針對「台灣地區高科技人員進入大陸地區任職許可辦法」，因為牽涉到人才管制的爭議，外界的反彈聲浪最大。業者甚至以「科技鎖國」「動搖科技國本」等字眼，來形容政府限制科技人才的措施。
事前列冊改由報備制
在歷經產官學界的密集開會，和高科技業者不斷透過各種管道表達反對意見下，國科會已將業界最詬病的事前列冊，改為報備制，並於4月17日公布第一波管制的產業技術項目人員別（見頁154表一）。
報備制的執行方法就是，當特定高科技人員離職後，轉赴大陸擔任特定職務，或是特定高科技人員經由台灣公司派到大陸後，轉任大陸地區的特定職務，原公司都可向國科會報備名單，以備日後控管。此外，已獲准政府許可赴大陸投資的公司，其公司內的特定高科技人員派遣到大陸便可不受限制（不需事先申請）。
不過，特定高科技人員並非真正自由。照國科會的說法，特定高科技人員若在離職後的一年內要赴大陸任職，仍需在一個月前向國科會提出申請。