當有些人還在為念大學應選系還是選校而爭議不休時，已經有大學開始推出許多跨科系甚至跨校系的學程。
現在許多科系愈分愈細，例如過去的管理課程只有企業管理一系，後來又細分發展為工業管理、財務管理、科技管理、資訊管理等系。但是在變動快速、日益複雜的社會當中，所需要的人才卻又被要求具備更多元化的知識。為了兼顧深度與廣度，各大學開始發展更有彈性、以科際整合為目標的「學程」設計，一方面因應社會需求，也整合現有教學資源。
「學程」在各大學開始風行，最主要是拜師資培育法之賜。過去，中小學師資來源大多限於師範體系；師資培育法通過後，一般大學畢業生只要修習過教育學分、再經過甄試，都可以成為老師。普通大學在缺乏教育相關系所、新增科系不易，但學生對選修教育學分卻需求殷切的情況下，於是採開課方式，設計一套教育相關課程的「套餐」，讓學生有系統地學習，就是所謂的「教育學程」。
教育學程開放給全校學生選課，且每年至多只有一、兩百個選課名額。僧多粥少的情況下，許多學校採取各系分配幾名，或是要求選課者必須經過口試而顯得競爭激烈。教育學程成功的經驗，使得教育部以及各大學也積極鼓勵設立學程。
另一方面，也是因為近幾年高等教育經費緊縮，教育部對於大學增設系所的申請愈趨保留，一位國立科技大學校長無奈地表示，教育部對各大學新增系所的基本前提必須是學校「不加錢、不加人」。各校只好就現有課程加以整合，有些學校不但開設跨院系的學程，有些學程還是與研究所合開，供大學部高年級以及碩士班學生選修，甚至還有各大學間的校際學程。
各大學對學程的看法也不同，例如，成功大學與清華大學都開設與「半導體製造」相關的學程，不過成大將它認定為工學院學生培養第二專長，因此限定工學院學生修讀，而清大則開放各系所學生選讀。所以，學程也分成兩大類，一是專門開放給非本學院學生選修，有點像輔系；第二類是限定相關科系選修，在意義上比較傾向依學生既有專長再分組。
未來計畫授與學程正式學位
目前除了各校幾乎都有的教學學程外，其他各類學程約有十三所學校、共約六十種以上的學程。各校對於修完學程所規定課程學分的學生，都會給與「學程證明書」。
教育部也表示，目前已經和考選部協調，希望將學程等同輔系資格，讓學生能夠報考一些有資格限定的國家考試。未來教育部也計畫能夠授與學程正式學位。
正如同未來學家托佛勒（A. Toffler）所言，未來的學校教育將更傾向依個人需求而量身設計，傳統制式的所有學生用「同一張課表」的時代已經過去，學校教育的課程規劃與選擇應該更具彈性且變動快速。台灣高等教育開始走向學程化，也是反映了這個趨勢。只是值得注意的是，目前各校開設的學門多屬於理工導向，或是現實社會所需的實用導向；符合產業需求的多，純粹知識或科學的跨學門領域還是少數。這兩者的巨大落差，似乎也反映出台灣現下高等教育的迷思。
