國家發展會議一舉做成了凍結國代、省級選舉等重大修憲共同意見，不但衝擊了由中央到地方各級政府體制，更直逼台灣省長宋楚瑜以辭職的大動作，向李登輝總統表達不滿。原本有意為台灣開創二十一世紀新局的國發會，竟可能變成一連串政治動盪的開端，實在讓人始料未及。
省長之怒，其實不是由國發會開始。早在連戰以副總統兼任閣揆組閣時，一方面受到國會抗議的牽制，一方面來自李總統在高票當選連任後，強烈期望以民選總統威望能有明顯的政局主導權，對內閣人事以強烈的個人意志來安排，讓省府有相當強烈的不安全感。當時媒體甚至傳出宋楚瑜主導國會杯葛連戰的傳聞，讓宋楚瑜勃然大怒，儘管事後證實這種說法純屬謠言，但國民黨中生代間的心結始終末除，台北政壇甚至出現所謂「防宋聯盟」的說法，讓宋楚瑜益發感到獨自一人在中興新村的孤獨。
廢省論的起源，最早來自於在野黨，但在國發會召開前夕，內政部即已傳出了相關規畫。曾經是宋楚瑜左右手的內政部長林豐正，對於決策高層的心意相當明白，透過國發會機制的運作，林豐正成為貫徹這項決策意旨的政策執行者，林豐正當然曾在決策形成過程中，與宋楚瑜交換過若干意見，但已經讓宋楚瑜感到益形尷尬。
