2000年政黨輪替之前的國民黨一黨獨大時代，教育部長牽扯的爭議，多半在政策面，少有因政黨或政治意識形態而衍生問題。
不過，從民進黨首度取得中央執政之後，開始有決定教育政策走向的發動權，教育政策本來就不是單純的教育文化，背後的文化意識形態，就是政治立場及思考的核心，也因此，2000年後的教育部長多半也會陷入政治議題或統獨爭論之中，不少教育部長也因此成為眾矢之的。
曾志朗的漢語拼音
圖／曾志朗堅持使用漢語拼音，扁政府時期當了一年多的教育部長後掛冠離去。
台灣的中文譯音過去沒有完全統一，在2000年之前的國民黨執政時期，一度宣布要採取國際間和中國大陸所普遍通行的漢語拼音系統，不過，到了民進黨政府在2000年上台後，宣布要改用台灣學者自行發展出來的通用拼音系統。
當時的教育部次長范巽綠和國語推行委員會開會討論後，於2000年十月初宣布將選用通用拼音系統，但時任教育部長的曾志朗卻表示反對，最後牽扯到當時的政治明日之星台北市長馬英九主張用漢語拼音，最後形成了一場藍綠交鋒的爭議。
圖／2000年時任教育部次長的范巽綠支持通用拼音。
主張採用漢語拼音系統的人士認為，台灣必須和國際接軌，因此應使用漢語拼音，但長期研究台語的人士主張，應使用通用拼音系統，甚至是認為，使用國語的人對漢語拼音較為熟悉，反觀使用台語及研究台語文學者認為應使用通用拼音。
曾志朗本來是2000年選上總統的陳水扁的國政顧問團成員，更是阿扁三顧茅廬請來當教育部長的人，曾志朗堅持使用漢語拼音，後來他當了一年多的教育部長後掛冠離去，中央和台北市各自為政，形成了一國兩制的景象。
到了2008年國民黨重返執政後，曾志朗出任行政院政務委員，讓漢語拼音政策起死回升，不到半年，曾藉由主持「行政院國際生活環境推動小組」會議時提案，中文譯音改採漢語拼音，並以中央對於地方政府的各項補助活動，若有涉及中文英譯的部分，都將要求採用漢語拼音，否則不予補助方式，統一了中文拼音系統。
杜正勝的同心圓理論
圖／前教育部長杜正勝2006年為陳水扁「罄竹難書」的說法下註解，他表示字面上的意思是「事情多得寫不完」。
同心圓史觀是杜正勝早年擔任學者所提出的史學觀點，即以台灣為中心，一圈圈向外認識世界、認識歷史，有如同心圓般擴散，因而得名。
在民進黨首次執政的八年，杜正勝前四年擔任故宮博物院院長，後四年擔任教育部長，杜正勝是研究中國上古史的知名學者，也是中央研究院院士，在他擔任教育部長期間，最著名不外乎是「三隻小豬」和「罄竹難書」，除此之外，就是他的「同心圓史觀」和歷史課綱修訂。
同心圓史觀顛覆了大一統史觀，被外界解讀為「台獨史觀」，藍綠對國家認同及台灣主體性看法，南轅北轍，成為當時政治攻防的焦點，同心圓史觀的想法，後來也是教育部將本土教育納為九年一貫課綱重大議題，但並非規範性的課綱。
高中歷史課綱爭議
高中歷史課綱爭議，是台灣從威權走向民主，對國家認同及定位不同而產生。簡言之就是，如何界定台灣，如何看待中國與台灣的關係，如何書寫歷史，就是課綱爭議的本質問題。
圖／前教育部長黃榮村。
在陳水扁總統主政期間，為因應因應九年一貫教育課程的實施，由時任教育部長黃榮村聘請委員重新修定課綱，台灣史首次獨立成冊，脫離中國史範圍教授，將中國明清兩朝併入世界史教授，主張學生應由本土歷史開始學習，進而學習中國史與世界史。
只不過，這份課綱公開後，飽受外界抨擊，直到杜正勝接任後重新推動，並在民國九十五年開始使用，稱為95暫綱，後來加以修訂後，於國民黨2008年上任期通過，預定於隔年實施，稱為98課綱。
馬英九執政後，教育部立刻擱置，組成專案小組進行課綱調整。98課綱先暫緩實施，改稱99課綱，後又採用95暫綱。
到了2012年，在國民黨中常委邱毅等人建議刪除所謂的皇民化、台獨化內容，獲得馬英九認同，並組成專案小組完成修改，稱為101課綱，後又在2014年再做一次微調。
圖／2015年多個民間團體在教育部外發起遊行，聲援反課綱微調學生，高喊「吳思華下台」、「撤回黑箱課綱」。
然而，由於微調的幅度不小，且將台灣史的角色、比重、用字遣詞，均做了極多的調整，引起外界不少議論，學界也有諸多批評，讓歷經兩任的教育部長鄭瑞城及蔣偉寧腹背受敵。
後來更因為太陽花學運掀起的浪潮，讓課綱爭議擴大化，在太陽花學運的隔年，更因為反課綱學生的林冠華自殺，讓課綱微調的爭議，夾雜在當時整個社會對馬政府施政的不滿，更讓後來接任教育部長的吳思華成為各界炮轟的對象，有學者抨擊有關台灣史課綱字數修改超過三成，已涉及實質修改。
課綱微調的爭議，最後在2016年5月31日，也就是民進黨政府重返執政後，教育部正式廢止103年通過的高中社會及國文課微調課綱，並依據「高級中等教育法」規定，非政府代表的審議大會委員首度納入學生代表。
卡管的獨董、赴陸兼課
圖／潘文忠（右）3月與行政院長賴清德（左）出席立法院施政報告與總質詢，回答台大校長遴選「卡管」事件。
台大校長遴選委員在今年一月五日經過遴選委員會兩輪投票選出曾任行政院政務委員、經建會及國發會主委的台大財金系管中閔教授為台大新任校長。
只不過，在管中閔當選後，外界質疑管中閔是台灣大哥大的獨立董事，而遴選委員會之一的富邦金控董事長蔡明興，在遴選期間沒有利益迴避，管中閔也沒有公開主動揭露任台哥大獨董。
後來，民進黨立委更指控管中閔有涉嫌不當引用論文，民進黨立法院黨團一度打算在教育委員會及立法院院會通過決議，暫緩管中閔的聘任，後來才急踩煞車。
教育部要求台大校長遴選委員會進行說明，而反對管中閔擔任校長的部分台大師生也連署要求召開臨時校務會議，雙方展開拉鋸，而對於管中閔適任性一再被社會質疑，教育部八次以遴選過程有瑕疵或管中閔本人的相關爭議為由發函令台大補件說明，被質疑是卡管。
校務會議落幕後，管中閔接連被陸續爆料指控在中國大陸從事學術交流、兼職等問題，教育部在月初召開跨部會專案諮詢會議，針對台大校長當選人管中閔去中國從事學術交流或兼職，教育部要處理適法性問題，從適法性監督予以檢視。
管中閔爭議，或許和遴選過程有關，但也牽扯到藍綠意識形態，隨著教育部長潘文忠辭職後，爭議是否有解，仍有待觀察。
爭議之人能否解決爭議的管案？
圖／準教長吳茂昆是否能解決卡管爭議，大家都在看。
只不過，管中閔被爆赴陸兼職的效應，一來指向了內政部長葉俊榮，二來是即將就任的吳茂昆。
吳茂昆的學術地位，無庸置疑，但發布接任教育部長後，接連遭爆赴陸開講座、曾任二個中國大陸官方研究機構顧問，被質疑收受對岸資助，吳茂昆將會是帶著爭議上台，能否解決爭議，外界都在注目著。
唯一可以確定的是，教育部長真的不是一般人可以幹的，因為過去歷任的教育部長，少有人能從爭議中脫險。
（本文轉載自2018.4.18「聯合新聞網」，僅反映作者意見，不代表本社立場）
