做為職業訓練所，台大人才輩出，貢獻卓著；但在本行學術研究領域，台大的成績卻有待檢驗。尤其當新興學校極力延攬年輕師資、奮起直追之際，這所「日不落大學」正面臨創校以來最大的挑戰。
過去各項大學評鑑報告，台大幾乎樣樣領先；但今年教育部公布十二所國立大學的評鑑結果，台大各項排名大約在第六名，遠遜清大、交大、中正等大學。
或許正如立法院教育委員會委員謝長廷剖析，任何組織龐大，不免會老化。過去幾年，台大增設系所、擴大招生，從六個學院，跳增為八個學院，七十多系所，學生人數達兩萬多人，比十年前多了一倍。
「台大像個大雜院。」物理系教授張國龍指出，因為發展過快，資源、規畫根本趕不上校務膨脹的速度。
光是開個校務會議，就有兩百多個人參加，比立法委員總數還多。公衛所副教授陳為堅生動地比方，台大就好像是恐龍，身軀過於龐大，發生問題要很久才會傳達到中樞神經，應變能力明顯遲緩，「再不進步，以後恐怕會滅種。」他開玩笑地說。
台大罹患的疑難雜症，也不只是組織擴張的肥胖症而已。社會多元化後，最積極參與社會運動的台大，也率先反射出現今校園普遍存在的困境。
「台大最大的危機是世俗化。」病理科教授蘇益仁一句話點出台大的基本問題。
