過去三年來，負責國防科技發展的中山科學院預算由每年一百七十億遽減為下年度的七十九億。
由於軍購管道逐步暢通，過去植基於「國防自主自立」原則的研發計畫遂受到大幅裁減。影響所及，中科院現在正進行的各項主計畫，除二代艦計畫外，均將在八三、八四年底結束。預算停頓，接下來的問題必是大幅裁員。
目前中科院員工已是人心惶惶，使得原本每年已達七%的人才流失率，近來更因有意及早另謀高就的人遽增，而使得歷經二十年才培養出的這批國防科技與系統整合人才，有加速散失之虞。
比中共還不具彈性
除了前述中科院經費受到外在軍購擠壓效應之外，中科院的問題還來自於無法自行開拓資源。受制於現行法規及政府預算公務機關，中科院過去不惜成本的研發，雖也累積了相當成果，卻不能將研發成果市場化，既不能外銷，亦無法承接國內相關產業訂單或研發計畫。比諸中共，我們機關調整的彈性太低了。
近兩年．中共不但將幾個機械工業部及航天部迅速轉變成大的國營公司，拓展海外市場，更早在八０年代中開始，將「中國科學院」施以「一院兩制」之管理，一方面保留一支班底雄厚的基礎科學研究隊伍；更同時將部分研發成果具有商品效益的科研單位，衍生出四百多家大小事業單位，與外商進行合作開發，零組件的生產及外銷。創造的財源幾為「中國科學院」預算的倍餘。中共的各武器生產單位，亦藉著外銷創造巨幅利潤。
反觀我們中科院，大量外購軍品會對中科院研發及生產計畫造成那麼大的衝擊，總其事的參謀本部於外講武器系統時，未能統籌規畫並爭取工業互惠合作方案實難辭其咎。
此外，尚涉及到「人」的因素所造或的對中科院的打壓與排擠。目前各方對中科院的國防科研人才與能量散失的危機已更為關心，立法院對於國防軍品外購需有至少一０%
工業互惠合作的決議雖有所幫助，但根本的做法還是要中科院加速改制，使之成為「財團法人國防科技研究發展中心」或分成「衍生公司」，便於企業化的經營管理。
