每年6月舉行特色招生學科測驗，目前台東區舉辦特色招生學校尚未確定。
第一階段免試入學未錄取者，可參加7月第二階段免試入學；參加特色招生學科測驗者，可於7月填寫特色招生分發入學和免試入學餘額志願卡。
台東就學區有10所高中職，今年免試入學比例已超過78.91％，將逐年提高。
目前舉辦特色招生的高中職尚未確定，但確定的是，實施十二年國教後，台東高中、台東女中與台東高商等校，想必一如往常搶手，這幾個學校使用超額比序的機會較高。
台東縣教育處學管科科長陳家慶表示，台東區高中職招生名額，大於國中畢業生人數，因此「每位學生都有學校可以念，差別只在於有沒有念到想就讀的學校。」
免試超額比序有9大項
參加台東就學區免試入學的學生，九年級下學期（6月）線上報名。至於可以填寫多少志願，由台東區高中高職免試入學委員會訂定，屆時可詳閱招生簡章。若報名人數少於招生員額，全數錄取；反之，就要進行超額比序。
畢業資格∕取得資格就得3分
根據教育部規定，國中7項學習領域其中3項達丙等以上，即可畢業，符合畢業資格可得3分，符合「修業」資格0分。
服務表現∕6個學期都當幹部可得3分
擔任班級或學生幹部任滿1學期，經考核表現優良者得0.5分，最高分為3分，採計至申請報名作業前。也就是說，6個學期都當幹部，在此項目即滿分。
獎勵紀錄∕最高可得10分
大功每支4.5分、小功每支1.5分、嘉獎每支0.5分，最高分上限10分。
無記過紀錄∕可得6分
銷過後無任何記過紀錄，可得6分，此項和獎勵紀錄同採計至申請報名作業前。台東縣教育處處長林輝煌指出，獎勵和無記過紀錄可功過相抵，採取正向獎勵，有傑出表現可以加分，銷過後無紀錄也拿分，引導學生良好在校表現。
均衡學習∕健體、藝文、綜合活動平均60分以上可得5分
健康與體育、藝術與人文、綜合活動三領域五學期平均成績皆達60分以上者，得5分，未符合者0分。
競賽表現∕縣級以上比賽第1名可得13分
個人賽全縣第1名6分、第2名4分、第3名2分、第3名以外得獎者1分；縣級以上比賽第1名13分、第2名11分、第3名9分、第3名以外得獎者7分。團體賽積分折半，同年度同項比賽擇優1次採計，且僅限於國中階段取得，最高分上限15分。
體適能∕只要遵行「三三三」即可達到標準 柔軟度（坐姿體前彎）、肌肉適能（1分鐘屈膝仰臥起坐）、瞬發力（立定跳遠）、心肺適能（800∕1600公尺跑走）各單項達PR25以上者各得1.5分，也就是說，四項成績皆列在前75％，就可以拿到6分。
四項均標達金質者另加2分，銀質者另加1.5分，銅質者得1.2分，這個項目最高可以得8分。目前國中每個學期都會認證，共有六次機會，屆時台東縣的高中職可能以最接近高中的九年級認證成績為主，避免學生升上高年級體能衰退。
針對一些家長對於體適能比序將導致「體育補習班」的質疑，台東縣教育處處長林輝煌表示，體適能來自於日常生活的實踐，且前75％的標準並不嚴苛，只要遵行「三三三」，每個禮拜運動三次、每次運動30分鐘、每分鐘心跳達130下，達到標準就沒有太大的問題。
其他∕各校依發展重點自訂 授權學校依發展自訂項目，例如社團、志工、技藝班、族語認證等，各校的加分空間為10分。
國、英、數、自、社五科會考成績∕占30分，比重最高 每科得到「精熟」者得6分，「基礎」者得4分，「待加強」者每科得2分，最高累計30分，是比重最高的項目。
各校得依學校發展，至多擇3科加權計分，加權值分別以50%為上限，且會考績分不得超過總積分1∕3。例如，若某校想要招收具有語言專長的學生，可加權國、英兩科，若某生國文為「精熟」，英文為「基礎」，最高加權50％，各拿9分和6分。
台東區比較特別的是，允許各校依學校發展特色及科、群特性，加權採計部分比序項目。
上述9個項目須全數採計，但各校可於其中選擇至多3項加權，加權值以50％為上限。
例如，台東體中想招收體育表現較佳的學生，選擇加權體適能和競賽表現項目50％，若某生體適能拿到8分，競賽表現拿到12分，加權後變成12分、18分。
除了會考可以擇3科加權，其餘項目皆以最終分數加權。例如，若某校想招收音樂競賽成績出色學生，某生音樂和體育表現皆得到全縣比賽名次，該校不得僅在音樂比賽獎勵分數加權，而須以該生「競賽表現」項目的最終分數加權。
積分相同 採電腦隨機抽籤
當總積分仍相同時，依各校訂定優先比序項目進行逐項比較，若仍分不出高下，只好採電腦隨機抽籤。林輝煌表示，比序逐項比較就是要降低抽籤機率，最不希望看到抽籤，因此不排除以增額方式招收學生。 許多家長或許擔心，孩子要如何準備，在超額比序累積較高分數？
「超額比序並非每位學生都會遇到，」陳家慶提醒，應關注12年國教其餘配套措施，無須過於執著超額比序等入學方式，12年國教比較可能成功。
林輝煌也說，無論以免試或特色招生入學，「完全不須刻意準備，過去怎麼教學、學習，現在就怎麼做，」因為教育是落實於生活實踐，而非刻意營造。
教師提供學生生涯規劃的建言，則成為更重要的課題。「未來國中輔導室的工作量和責任會增加，這是必然趨勢，」林輝煌結論。