翻開稅史，土地增值稅到底應按實際交易價格還是按公告現值課稅，一直在炮火中翻騰。四十三到六十六年間，是按市價課稅，但因實價認定困難，六十六年起改按公告現值課稅；此後在六十八、六十九、七十二年都有改按實價課稅之議，但都沒有正式提上檯面討論。
土地增值稅是我國特有的租稅制度，認為土地所有權移轉時增值的部分應該繳稅，地利共享(因為增值部分是社會全體共同創造，不是個人努力的結果)。但是長久以來，由於政策偏差，使台灣成為造就土地暴利的溫床。
幾億元所得完全免稅
舉例來說，去年度台北市共有三十六件公告現值超過一億元的土地買賣，財稅單位發現，公告現值平均只有實際交易價格的三八%；其中一件成交價八億七千萬元，公告現值只有一億七千萬元，換句話說，七億元所得完全免稅。還有一案以每坪二十五萬元買進，八個月後以每坪二百五十萬元賣出，由於是在同一年度內轉移，所有的利潤都人了賣主的荷包，一毛錢稅也不必繳。
關係企業用土地買賣進行利益輸送，更讓財稅官員恨得牙癢癢的，因為這類情形往往不必繳土地增值稅，也不必繳營利事業所得稅，社會共創的地利，百分之百「合法」地歸私。
土地增值稅改按實際交易價格課稅，可說是行政部門一系列土地相關法案修法，端上桌的第一道菜。具正切斷土地暴利的殺手間還在後回。等土地法修正後，財團靠變更地目賺取暴利的手法就行不通了。
土地變更一向是財團炒作的題材，最常見的手法如低價買進農地，再透過管道變更都市計畫，合法地把地目由農地改為建地或商業用地，一夕間地價就可以翻上數十翻，而且免稅，等於漲價完全歸私。今年八月，行政院通過土地法修法原則，決定今後大面積土地一定要透過政府徵收才能辦理變更，小面積者必須有回饋當地措施才准變更。
也因此，土地增值稅課稅基準成了較勁的試金石。中華經濟研究院研究員馬凱分析，反對土地增值稅按實價課稅的人是想以此試金石，看看支持的力量有多大，挫一挫支持者的銳氣；而支持的一方也心知肚明，如果連土地增值稅的改革都行不通，未來土地法修法的阻力將更大。
實力非常不相稱的戰爭
馬凱說，這是一場雙方實力非常不相稱的戰爭。
支持土地增值稅按實價課稅的學者分析，土地增值稅改按實際成交價格課稅，可以堵住利益輸送的管道，土地價格就算不大跌，也會趨於平穩。如此一來，各財團土地加總起來的損失將是天文數字；因此，現在財團花地價的十分之一，用來為反對土改造勢，也算不了什麼。既然利益一致，整合就容易得多。
反觀一般大眾，多半搞不清楚自己是受惠還是受害者，而且力量分散，很難動員。至今唯一比較有組織的是經濟學者于宗先、王鴻楷、夏鑄九、華昌宜、張金鶚、馬凱、候家駒等人發起的學界土改建言活動，也是花了一番功夫才統合成功的。
基本上，學者都很清楚土地增值稅課稅方式改變，並不能完全解決土地投機的問題，也有很多學者主張提高土地的持有成本(即提高地價稅)、降低增值稅稅率，或是像大部分國家一樣，把土地交易納入所得稅中課稅(需要修憲，且內政部已表示不同意，但學者眼見土地改革根本跨不出第一步，才決定不再提任何「第三方案」，先支持按實價課稅，並要求政府實施第二次土改，徹底解決台灣的土地危機。
但是從動員和部署的角度來看，自動自發的學界力量還是相當薄弱。
九月十四日，學者特地趕在行政院專案小組審查條文前召開記者會，發表支持土改聲明，就曾因為原先商借的場地表示「不方便」而臨時更改地點；布置簡陋的會場裡，很多不常和媒體接觸的學者自報姓名，開始了這場說明會。
向行政院表達過土改意見後，學界打算派代表到總統府陳情，台大城鄉所教授華昌宜指出，學界將找合適的學術大老帶隊，否則「可能連秘書長都見不到。」(學界十月七日集會，決定李登輝總統既不支持土改，學界取消赴總統府的打算。)此情此景，和建築業、工總成員、議員可以隨意進出一級行政單位，和黨政決策者之間管道暢通，各地國代可以和總統把酒酬酷，直接反應意見，根本無法相提並論。
以枝節問題混淆視聽
中華經濟研究院研究員馬凱分析，基本上沒有人敢質疑土地增值應該納稅的正當性，只好提出枝節問題混淆視聽。
例如：技術困難(財政部表示沒有困難)；打擊投資意願(地價平穩才能鼓勵企業投資)；影響民眾購屋(五年內移轉的才按實際交易價格課稅，一般購屋自住的影響不大)；稅負會轉嫁，無殼者將更買不起房屋(能轉嫁，表示房屋市場不受影響，房價本來就由市場決定，但土地投機果真降溫，房價會比較合理)，說穿了，都是保障既得利益的託詞。
但是反對改革的力量實在太大，大到能在一個月內使土地增值稅改革方向完全逆轉。
台大城鄉所教授、兼澄社秘書長夏鑄九就表示，今年八月，日本和韓國的無住屋組織拜會內政部時，表示非常羨慕台灣正進行土地改革，但是也擔心平均地權條例修正案到了議會，會像日、韓一樣抵不過金權政治的力量。當時內政部地政司長王杏泉口氣滿滿地表示不可能，沒想到數日之後就變了卦。
中研院經濟研究所副所長楊重倍是行政院專案小組成員之一，也是學界力主按實價課稅，並全面進行土地改革的大將，八月份出國一個月回來，內政部已經改弦更張，讓初回國的他只能大嘆風雲變色。
東吳大學經濟系主任侯家駒坦率指出，內政部臨時推翻和財政部的協議，簡直就像表演「政治特技」。
土地增值稅政策突然生變，背後有沒有黑手？由於內政部長吳伯雄處事一向圓熟穩健，這次出人意外地突然改變立場，令各方頗為驚訝，更使得「大轉變」一事引起許多猜測。
年底的選舉更使得原本比較單純的稅制改革，有了濃厚的政治考量色彩，也增加事件的複雜性。不少地方派系和民意代表就向黨務人員表示，如果不換掉王建瑄，要拉票將很困難。
為贏選舉，毫無理念
資深的行政院官員分析，目前行政部門和黨政部門出發點不一致，往往是行政部門想多做事，願意冒些風險，黨務系統想的郡是如何贏得選舉，沒有理念可言，反而認為行政部門常常給黨務找麻煩。兩者沒有共識，碰到重大議題自然無法統一路線作戰。台大城鄉所教授華昌宜很不客氣地批評執政黨的作法，是「把風險降到最小，而不是求取最大的利益。」
更有謠言四起：土地增值稅是外省人拿走本省人土地的手段；把省籍、階級化和稅制變革扯在一起。
為了因應選舉，華昌宜估計，執政黨的策略是承認土地問題很嚴重，應該改革，但不會明說改革的原則，而且預料在年底選舉前，不會有定論。稍早，學術團體澄社曾一再呼籲，選舉前是土地改革的最後機會，等下一屆立法院為利益團體壟斷時，更沒有希望，如今這已成為泡影。
九月下旬，李登輝總統和行政院長郝柏村先後表示，沒有二次土改這回事。
十月初，李登輝總統數次發表不贊成按實價課徵土地增值稅的關鍵談話，直指黨部與行政部門確實有不同的政治考量。稍後，「一切到此為止」的說法充斥府院，王建瑄數月前就表示「有一件事將以去留相爭」，終於遞出辭呈。
行政院當初成立的是「當前土地問題專案小組」，確實沒有用「二次土改」的字眼，但是土地增值稅和土地法修法等動作，都使民眾對改革的期待相對升高。現在又在反對改革壓力下，把一切都歸咎為媒體誤導，毫不顧民間期望，到底用意何在？
華昌宜分析，一種可能是，當初就沒什麼企圖心，並不想改革；一種是想改，但是為了安撫反對者的情緒，特意低調處理以免造成刺激。
到底有決定權的人在想什麼、想做什麼？誰的詮釋才是正確的版本？土地增值稅風波的發展已經宛如又一樁政治羅生門。
事實上，上一次修改平均地權條例的經驗讓人很難樂觀。
上一次修改平均地權條例是在六十九年，一直修到七十五年才定案，當時財政部建議按實際交易價格課稅，後來縮水為只有營利事業轉移土地才按實際交易價格課稅，最後到立法院這一關，仍免不了胎死腹中。
經過這幾年的土地炒作和金錢遊戲，台灣社會會不會做出新的抉擇？
土地增值稅不但考驗執政黨改革的決心，學界視為二次土改的試金石，財團視為保護利益的角力場，對社會沈默的大多數而言，更是在檢驗台灣追求社會公平的決心和價值觀。
