澎湖空難發生四天後，開始有人討論賠償事宜，受難者家屬自救會公開討論，之前2002年華航澎湖空難，一般受難者家屬獲賠1500萬，但有人不服到國外提控告，獲賠3000萬云云，希望大家不要太早接受航空公司提的條件，準備與航空公司展開談判攻防。
根據台灣的國內航空客貨運損害賠償辦法，死亡不論航空公司有無過失，最低要付給300萬元，受傷150萬元。從300萬到3000萬，一差十倍。
空難賠償金額，到底多少才叫合理？國內線、國際線有差嗎？和因火車、汽車公共交通工具事故死亡，頂多數百萬的賠償金額比起來，差異為什麼這麼大？
2002年華航澎湖空難，發生在從桃園機場飛往香港的途中，屬國際線，事後調查原因是機械維修不當，每名罹難者華航一律賠償1420萬，創下台灣空難理賠金新高。
翻開過去幾次跟台灣有關的大型空難賠償金，三個國際線：1994年的華航名古屋空難賠償410萬、1998年的華航大園空難賠償990萬、2000年的新加坡桃園機場空難賠償1200萬新台幣。國內線方面，1996年國華航空馬祖空難，6名罹難者每人賠償700多萬。
而根據國際《蒙特利爾公約》規定，國際線方面，無論飛機失事的原因為何，每名旅客可獲得至少約合新台幣470萬元的賠償。具體的賠償標準還需參考三個因素，包括遇難者的年齡大小（年紀輕的賠償額高，年紀大的賠償額低）、收入的高低。受傷者一般是根據傷殘等級確定賠償額度。也就是說，每個人賠償都不同，不是統一標準。
航空公司是否有責任，也影響到賠償金額。華航大園空難賠償金額高，因事故原因是飛機在抵達目的機場的降落過程中高度過高，機長欲執行重飛時發生失誤，屬人為因素。華航名古屋空難原因部份可歸咎於飛機機械操控設計的瑕疵，空中巴士後來因此全面修正這個問題，結果賠償金額只有大園空難一半不到。
另外，空難比起一般交通事故死亡，賠償金額差很大。2011年在阿里山小火車意外事故中，不幸喪生的5名大陸觀光客，每位罹難者的火車本身（不計團體險、意外險）賠償金額是250萬台幣。
空難比起一般交通事故其實少很多。2012年，台灣道路交通事故（含汽車及機車）死亡率是萬分之0.9，也就是每萬人會有0.9人死亡；同年美國的交通事故死亡率是萬分之1.1。萬分之1是國際平均數字。而搭飛機的死亡率遠低於道路交通事故，為百萬分之0.2。
不少人會批評，同樣是交通事故，為什麼飛機空難就要賠償天價？坐火車或坐汽車的人命就不值錢嗎？其實空難賠償金額高，不只是因為媒體高度關注、航空公司有壓力，而是跟機率很有關係。另外，旅客付的錢也差很多，尤其是國際線。
同時，賠償金額高是否會引起道德風險，也值得一提。曾有人因動輒千萬的賠償金心動，曾攜帶危險物品上飛機，試圖讓飛機失事，想「留給子女足夠的生活費」，令人感到驚悚。
澎湖空難事件的原因還待查，是人為疏失、天候因素或機械問題，需要仔細釐清。罹難者家屬的處境，民眾同感哀痛，但在後續賠償的談判上，希望能符合國際的規範，不採統一賠償金額，而是依年齡、收入等做出合理決定。同時應避免向航空公司獅子大開口，以免又引發令人驚悚的道德風險問題。
