政府開放大陸探親三年來，兩岸關係經過摸索、衝突、自省、調適後，雖然仍存在意識型態的糾結、制度觀念的差異、殘存的敵意及相互的信任差距，但雙方都表示願意促進和平交流，使兩岸關係朝理性、務實、良性互動發展。未來兩岸關係愈來愈緊密，相互依存度愈來愈高，應可預期。
現在到了一個關鍵時刻，台灣究竟何去何從？是隨著探親、旅遊、投資……這一股股大陸熱，在不自覺、無規畫狀態下，把台灣艱辛四十年累積的社會資源沖進恍如深海的大陸，逐漸稀釋，終而消失？或者揮舞唐吉詞德的長矛，把台獨口號高唱入雲？或者，還有其他選擇？
開放大陸探親後，至少已有兩百多萬人次台胞踏過故國山河，大量的人員交流與資訊交換，使台灣迅速認清，「祖國既不是社會主義的天堂」，但也不能全是「萬惡共匪」。使台灣民間對大陸的敵意大為降低，態度趨於務實。
開放初期，由於對台灣民間的台獨傾向，及李登輝總統的某些「獨台」傾向心感疑慮，中共領導人及中共傳播媒體多次口誅筆伐，使兩岸關係趨於緊張。