每年6月舉行第一階段免試入學，可選填4個志願，可報名高中職、五專免試入學、特色招生甄選入學，擇一校報到。
每年6月舉行特色招生學科考試，目前花蓮區辦理特色招生的學校尚未確定。
第一階段免試入學未錄取者，可參加7月第二階段免試入學；參加特色招生學科測驗者，可於7月填寫特色招生分發入學和免試入學餘額志願卡。
花蓮就學區除了部分體育、音樂等藝術才能班，必須以特色招生甄選入學管道入學外，其餘近乎全面免試。
花蓮縣教育處處長賴錦昌指出，近十年花蓮縣每年國中畢業生約4000至4200人，公私立高中職共13所學校招收約5000至5400名新生，每年學生都未招滿，等於每位學生可以選擇1.2至1.5個高中職。
「我們花蓮很久以來免試（入學）就占高比例了，」面對12年國教即將到來，賴錦昌顯得老神在在。他透露，無論是縣長親民時間、縣長信箱與1999縣民熱線，針對12年國教的提問都很少，也鮮少聽到負面聲音。
唯一比較嚴重的問題是，輔導老師人力極缺乏。目前花蓮縣內，並非每個國中都具有專任輔導老師，招募師資也遇到困難。「因為偏遠，有錢都請不到啊，」賴錦昌感嘆。
教育部曾承諾會給予各縣市輔導師資人力並提高經費。花蓮縣教育處國教輔導團幹事洪以書表示，在找到專任輔導師資前，導師的培訓就變得十分重要，透過研習，讓導師學習適性輔導學生，「如果12年國教要執行成功，輔導人力是關鍵。」
另一方面，花蓮學區的公私立學校生態，也很值得關注。除了花蓮高中、花蓮女中等縣內「明星高中」，想必成為免試入學的熱門志願，四維、慈濟與海星等私立高中，近幾年招生也年年爆滿，103年全面免學費後，公私立高中職生態可能重新洗牌。
至於私立高中的直升名額是否納入免試比例？根據花蓮區高中高職免試入學作業要點，公私立高中附設國中部直升納入免試入學名額，但不得高於該校核定招生名額70％，各校可自訂比率及運作方式。
簡單來說，花蓮就學區學生的入學方式分成免試入學與特色招生。多數學生適用前者，少數具有體育、音樂等專長的學生適用後者。 若選擇免試入學管道，學生於九年級下學期（6月）線上報名並繳交書面報名表件，選填至多4個志願學校（一學校得多志願科班別）。若報名人數少於該校或該科的招生員額，全數錄取；反之，就要進行超額比序。
免試超額比序有7大項
花蓮區有7大項、10個子項的超額比序條件（見表），最高積分達100分。
畢業資格∕取得資格得6分
根據教育部規定，國中7項學習領域其中3項達丙等以上，即可畢業，符合畢業資格可得6分。
志願序∕第一志願得6分
學生可選填高中或高職，也可同一校多志願，在選填4個志願中，依志願序得6、4、2、1分。
均衡學習∕體育、藝術等最多有9分
為確保正常教學與多元學習，未納入會考的健康與體育、藝術與人文、綜合活動三領域給予積分獎勵，達丙等者各得3分，未達標準0分。這個項目最高可累積9分。
多元學習表現∕總分36分
①品德表現：符合銷過後無小過（含）以上紀錄者得6分，不符合者0分。值得注意的是，花蓮是少數未採用獎勵積分的就學區，這樣的用意是，鼓勵學生注重品德，但不以功利心態計較嘉獎、小功與大功等，且許多獲獎者已於競賽表現項目獲得積分，不應重複採計。
②服務表現：擔任班級或學生幹部任滿1學期，經考核表現優良者得2分，採計至申請報名作業前，最高分上限6分。也就是說，擔任3個學期的幹部，就可在此項目拿滿分。 洪以書表示，服務不分貴賤，無論是班長或板擦長，只要學生盡心服務，都給予同樣的肯定。
③競賽表現：個人賽獲得鄉鎮市第1名2分，全縣第1名5分、第2名4分、第3名3分；全國第1名9分、第2名8分、第3名7分、第4名至入選6分；團體賽積分折半計算，最高可至15分。
另外，花蓮是少數採計國際賽計分的學區，第1名15分、第2名12分、第3名9分。
須注意的是，國中階段同項比賽擇優1次採計，例如某生七年級、九年級皆得到全國音樂比賽鋼琴獨奏冠軍，則採計9分。
④體適能：柔軟度（坐姿體前彎）、肌肉適能（1分鐘屈膝仰臥起坐）、瞬發力（立定跳遠）與心肺適能（女學生800公尺跑走，男學生1600公尺跑走）等四項等，各單項銅質者各得2分，總成績金質、銀質者另加2、1分。
而體適能的認證，就像全民英語能力檢定一樣，可以認證多次，擇優採計。
報名科、群與生涯規劃建議∕家長、老師建議一致得9分
報名的科群與「國中學生生涯輔導記錄手冊」中的「生涯發展規劃書」相符，也就是「我的志願」「家長建議」與「老師建議」一致就得9分。
其他∕各校自訂、最多得4分 授權學校依發展自訂項目，例如普通高中也可自訂給予全民英檢初級（相關英語認證）加分、高職訂出技藝班或證照等比序條件。各校的加分空間為4分。
會考∕最高累計30分 國、英、數、自、社五科會考成積，每科得到「精熟」者得6分，「基礎」者得4分，「待加強」者每科得2分，最高累計30分，是比重最高的項目。
各校至多可擇二科加權，但會考積分不得超過總積分1∕3。
想參加特色招生 需注意學校是否辦理考試入學 洪以書指出，競賽表現、體適能、其他、會考等四個項目是關鍵積分，其他項目鑑別度不高，大部分的學生都可以拿到該項目的最高分數。
如果總積分相同，則依積分表所列項目順序進行逐項比較；若仍同分，則以抽籤方式決定錄取。賴錦昌認為，由於花蓮的國中畢業生學生數不多，公私立高中職的表現也很平均，用到抽籤的機會應該不高。
若選擇特色招生管道，須先思考清楚，參加甄選入學還是考試入學？前者和現行的藝術才能班（音樂、美術、戲劇、體育等）甄選方式相同，須參加3月的術科測驗，6月參加甄選入學報名。例如花蓮縣立體育實驗高中，就是採用甄選特色招生。
若想參加特色招生考試入學，則要注意想就讀的學校，是否辦理考試入學。花蓮區特色招生學校尚未確定，因為申辦特色招生學校須經教育部或花蓮縣教育處最近一次學校評鑑，認證為優質或評鑑優良才可辦理，評鑑結果將於102年8月公布。
根據花蓮區高中高職特色招生核定作業要點，各校特色招生所占比率，以不超過該核定招生名額的50％為原則，且未招滿的特色招生名額，不得辦理續招，也不得流入其他入學管道。據了解，花蓮高中目前規劃除音樂班之外，全面採免試招生；花蓮女中尚未確定，但今年免試入學率已近50％。賴錦昌表示，花蓮區的免試比例絕對會高於75％，特色招生不會超過25％，花中、花女的免試名額，一定讓學生與家長滿意。 第一輪免試、特色招生未考上理想學校或學科的學生，可參加第二輪的免試入學。
第二階段免試入學由入學委員會主委學校協助彙整各校未額滿名額，並公布於報名資訊平臺，後續則由未額滿之學校自行辦理招生作業。學生可登記花蓮區內尚未額滿的學校。
若仍未順利錄取理想志願，洪以書建議，可以選擇比較後面的志願入學，因為實施12年國教後，「考試的決戰點」在高中升大學，與其浪費一年時間重考，不如就近入學，累積高中3年的衝刺能量。 實施12年國教後，花蓮縣教育處有更多推動政策的空間，品格教育是持續加強的重點。賴錦昌指出，教育處推動「三品」（做人有品德、做事有品質、生活有品味）「三好」（做好事、說好話、存好心）等教育運動已兩年多，繼續鼓勵學生落實於日常生活之中。
「一校一特色，一校一才藝」，也是賴錦昌喊出的口號，他希望說服家長，條條道路通羅馬，不必要求孩子一定要走讀書、考試的道路。 洪以書是站在第一線的三民國中老師，她認為老師和家長過去過於注重考試成績，造成學科表現不佳的學生自信心低落。12年國教對教學正常化絕對有幫助，也可望解除套在國中生身上的基測魔咒。
全面免試的影響
如果花中、花女全面免試，會造成什麼改變？洪以書指出，對花蓮縣國中畢業生影響不大，因為「用特招或免試招生（比序）篩選招收的學生組成變動不大」，但對於其他學區（例如台東區）想來花蓮就讀的學生，就沒有管道入學了。因此，花蓮縣會以專案處理，其他學區學生可以提交「跨花蓮區免試入學申請書」申請學校。
