後冷戰時期，國際間武器軍備裁減，國防科技工業萎縮。為維持國防科技的能量，有的國家直接開放軍售，有的則由政府進行投資，將國防科技技術轉移至民間。
中科院一方面受軍售管道開放的擠壓，一方面則因國防預算緊縮，乃發展出「軍民通用科技」的權宜之計。
從八十二年起，中科院透過「軍民通用科技」非營業循環基金的設置，參與國防部外的計晝及接受民間委託研究，逐年將部分人力轉移至軍民通用科技計畫。
負責中科院參與科技專案的經濟部技術處處長陳昭義表示，產業升級技術是關鍵，我國連美、日、歐等國外技術都想盡辦法引進，「實在沒有放著中科院不用的道理。」
不過由於中科院長期「與世隔絕」對外界文化不了解，總以為憑著多年來累積的高科技，民間必定需求甚殷，忽略了民間產業控制成本的生意哲學。
結果第一年中科院申請經濟部科技專案，提出三十四億的計畫，只通過八億；向交通部申請四億，則通過一億。在立法院接受預算審查時，還遭立委質疑「隱藏國防預算」。
第一年業界的配合款加上權利金、技術轉移金，約三千萬，占總額三．三七%。「比例不算高，但成績尚可接受。」陳昭義認為，目前業界還不完全了解中科院的能力，但未來在科技專案中，中科院會成長最快。
中科院的確懷抱一身絕技，而不被外界發掘。在航太、精密機械、材料、特用化學、光電、大型系統整合等領域，國內少有單位能出其右。
中科院有大型的實驗設備與場地，如風洞、爆破實驗。「如果能把飛彈定點瞬間爆破技術用在汽車安全氣囊，相信國內還沒有任何單位做得出來。」陳昭義認為，中科院的能力可補其他財團法人(如工研院)的不足。
落足民間
今年四月，中科院舉辦軍民通用科技展覽，其中一項命名為「海天二號」的中型飛翼船可容納五十人，貼海七公尺飛行，時速可達三百公里。計畫主持人王政盛得意表示：「未來環島可規畫十二站，每五分鐘開一班，會是不塞車的藍色超級高速公路。」
中科院研發多年的紅外線技術，已開發出民用紅外線熱像攝影機，可用在夜間緝私、法律蒐證；無人駕駛飛機則可運用在環保監測及海岸巡防。
中科院執行長仲澤勝便表示，過去專精國防科技，現在希望將科技應用到更多的領域，「好比以前只能演軍事片，現在卻可以演各種片子。」
然而軍民通用科技終究非長久之計，未來仍要全盤規畫，清楚定位中科院的體制及方向。
行政院科技顧問室執行秘書王松茂認為，中科院仍應以國防科技為核心，另外，不涉及機密部分將逐步財團法人化，開放規劃中的龍門、龍園、青山、台中航太四個園區，與民間產業合作。
經濟部次長楊世緘相信，將來會成為「中山科學園區」，有一組織從事國防科技研究發展，也進行一部分產業技術發展，外圍則有幾十家高科技的公司，這是我國要走向科技工業很重要的一環。
儘管中科院面臨危機，若妥善規劃，仍可化為轉機。
