每年6月舉行第一階段免試入學，可報名高中職、五專免試入學、特色招生甄選入學，擇一校報到。
第一階段免試入學未錄取者，可參加7月第二階段免試入學；參加其他學區特色招生學科測驗者，可於7月填寫特色招生分發入學和免試入學餘額志願卡。
若就讀高中職後，確定志向不在此，可透過高中、高職互轉機制，向兩校教務處申請轉校，由校方評估。
金門就學區目前免試入學比例已達55％，明年可望達到75％，103年實施12年國教，由於完全沒有規劃特色招生，將朝向全區免試。 屆時，金門縣國中生可依性向，選擇縣內金門高中、金門農工職業學校擇一就讀。
過去有少數金門縣國中生到台灣本島就讀高中，實施12年國教後，若想就讀其他就學區高中，則可選擇特色招生的管道。
金門縣教育局局長李再杭指出，特色招生各校標準不一，多數需要術科測驗，若家長認為小孩適合特招管道，須重視才藝的培養。但他也鼓勵學生就近入學，在金門縣就讀高中職，高三時再多加利用「離島外加名額推甄」管道選擇適合大學，例如，台大某科系就釋出兩名招生名額，由全部離島學生競爭。
也就是說，就讀當地高中職，未來依然有許多可能性，機會少不了。
參加金門就學區免試入學的學生，九年級下學期（6月）上網選填志願，包括金門高中、金門農工13個類科都可選填。若報名人數少於該學校或該類科的招生員額，全數錄取；反之，就要進行超額比序。
超額比序有3大項、9子項
金門區共規劃在校表現、生涯規劃與教育會考等三大項、9個子項的超額比序條件，最高積分達46分。
在校表現∕取得資格就得3分
①畢業資格：根據教育部規定，國中7項學習領域中，3項達丙等以上，即可畢業。符合畢業資格可得3分，若無，則0分。
②均衡學習：健康與體育、藝術與人文、綜合活動等三領域，七年級至九年級上學期五個學期平均達60分以上，各得2分，未達標準0分，最高得6分。
③品德表現：無任何懲處紀錄者得5分，符合銷過後無任何紀錄者得3分，符合銷過後無小過（含）以上紀錄者得2分（3支警告等於1小過。例如，某生累積2支警告，但無小過以上記錄，仍可得2分）。
④服務表現：擔任班級或學生幹部任滿一學期，經考核表現優良者得0.5分，至多2分。因此，若5個學期都擔任幹部，最高分數也是2分。 李再杭表示，設2分的用意是鼓勵學生為班級和學校服務，但也無需斤斤計較，搶當幹部。
⑤競賽績優表現：個人賽全縣第1名1.5分、第2名1分、第3名0.5分，全國第1名3分、第2名2.5分、第3名2分，團體賽則積分折半計算，最高累積8分。
若比賽以等第制排名，則特優比照第1名分數、優等比照第2名分數計算。值得注意的是，同年度同類比賽擇優採計，例如某生參加全國游泳比賽蛙式50公尺、100公尺各得1、2名，算是同一類比賽，選擇積分較高者採計。
⑥體適能：柔軟度、肌力、肌耐力、心肺適能等單項均達標準（可詳閱較育部體育司規定）各得0.5分，4項總成績達金質另加1分、銀質0.5分、銅質0.2分，最高累積3分。 目前，全國中小學推行體適能已行之多年，每位學生也擁有體適能護照。七年級就可以開始認證，擇優採計。
生涯規劃∕共有2個子項，總分4分
①報名科群與生涯規劃建議：每位學生都擁有《生涯輔導紀錄手冊》，詳細記錄學生性向與家長、老師的升學輔導建議。報名志願與《生涯輔導紀錄手冊》中「我的志願」「家長建議」與「輔導小組建議」相符各得1分。
②就近入學：就讀國中與選填高中職校同位於金門縣，則得1分。若九年級時，遷戶籍來金門就讀國中，並選填金門區高中職，也可算為就近入學。 教育會考∕「精熟」3分，「基礎」2分，「待加強」1分 金門的國中畢業生國、英、數、自、社五科會考成積，每科得到「精熟」者得3分，「基礎」者得2分，「待加強」者每科得1分，最高累計15分，約占全部比序項目積分32.6％，也是比重最高的項目。
「如果學生填寫志願分布平均，就用不著比序，」李再杭提醒，金門縣的家長無需過於擔心。
然而，若某生一心想走普通高中、大學體系，因此將金門高中列為第一志願、金門農工電機科列為第二志願，當金門高中報名人數超過招生人數，某生因比序積分落後，最後上榜金門農工，該如何打算？
李再杭認為，條條道路通羅馬，事實上，高職畢業生也可以考上一般大學，例如，金門大學有開出額外名額，提供金門農工學生申請。
他建議，學生可以先念看看，若真的沒有興趣，再透過高中、高職互轉機制，向兩校教務處申請轉校，由校方評估，給予學生再一次選擇的機會。
「比序只是因應超額的手段，並非最重要，重要的還是多元學習，」李再杭指出。因此，金門縣持續落實已推行3年的「331」，鼓勵金門縣學生每天至少閱讀30分鐘、運動30分鐘、做一件有意義的事情。
目前每個班級書箱擁有35本圖書，每週輪流閱讀。從台灣本島來的種子教師也到金門各校巡迴，進行閱讀指導。希望國中生免去基測壓力後，能多閱讀課外書，培養自主學習的基本態度，更發現學習樂趣。
當然，並非沒有基測後，國中生就可以抱著無所謂的態度學習。金門縣教育局推出精進教學策略，一方面由輔導團辦理研習，提高老師教學成效，並鼓勵教學多元；另一方面則針對經濟弱勢或課業表現不佳的學生進行7大領域的課後學習補救教學。
「我們金門縣的學生壓力本來就不大，」李再杭笑談金門區全區免試的目標。離島對於12年國教，顯得信心十足。
