九年級下學期（6月）線上報名並繳交書面報名表件，選填15個志願，可報名高中職、五專免試入學、特色招生甄選入學，擇一校報到。
每年6月舉行特色招生學科考試，目前嘉義區辦理特色招生的學校尚未確定。
第一階段免試入學未錄取者，可參加7月第二階段免試入學；參加特色招生學科測驗者，可於7月填寫特色招生分發入學和免試入學餘額志願卡。
嘉義就學區橫跨嘉義縣和嘉義市，未來嘉義區學生可選擇免試入學和特色招生管道，進入該區高中高職。舉辦特色招生的學校與分配員額要到102年8月才公布，目前確定嘉義高中、嘉義女中等校一定會釋出特色招生名額，不過全區特招比例不會超過25％。嘉義就學區的招生對象為就讀該區國中畢業生。非嘉義區國中畢業生但搬家到嘉義區居住、畢業國中所在就學區未設置適性高中職科群或產業特殊需求類科者、國中跨區就讀擬返回嘉義區，或有其他特殊因素，均可透過專案審核參加嘉義區免試入學。
另外，鄰近嘉義的台南市與雲林縣部分範圍，劃為共同就學區。在共同就學區的國中畢業生，若未參加其他區免試入學時，也可報名嘉義學區。例如雲林縣北港國中、台南市白河國中等，均在共同就學區裡。
想知道自己是否就讀共同就學區的國中，屆時可詳閱招生簡章。參加嘉義區免試入學的學生，九年級下學期（6月）線上報名，選填15個志願。若報名人數少於招生員額，全數錄取；反之，就要進行超額比序。
免試超額比序有6大項 嘉義區共規劃志願序、均衡學習、適性輔導、多元學習表現、特殊加分、國中教育會考表現等6大項、10個子項的超額比序條件（見表），最高積分是88分（103學年度入學高中職學生最高分為84分）。
志願序∕最高分數5分
第1、2志願給5分，第3、4志願給4分，以此類推，但第11至15志願未得分數。
均衡學習∕最高分可拿9分
健康與體育、藝術與人文、綜合活動三領域，前五學期平均及格或達丙等以上各得3分，最高分數9分。而現在七年級的學生，僅採計八上至九上的三學期平均成績，未納入七年級成績。
適性輔導∕最高分可拿6分
報名的科群與「國中學生生涯輔導記錄手冊」中的「生涯發展規劃書」相符，也就是「我的志願」「家長建議」與「老師建議」這三個一致各得2分，最高分可拿6分。
多元學習∕涵蓋5個子項，最高累計43分
①品德表現：每學期計算獎懲統計，無任何警告以上紀錄，且記獎達1支小功以上者得2分、無任何警告以上紀錄者得1.5分、功過相抵或銷過後無記警告以上紀錄者得1分，採計6個學期，最高累計12分。例如某生國中三年沒有任何記警告與記過紀錄，八年級上學期得到1支小功，則為9.5分。
而現在七年級的學生，僅採計八上至九下共4個學期的紀錄，最高8分。
②服務學習：此項目最高分數10分，拿到分數的方式有兩種，一為擔任班級、社團或學校發展特色團隊幹部，滿1學期且表現優良者得0.5分，例如，某生6學期皆擔任班級幹部，即拿到3分。
另一個方式是參加校內外志工服務，每服務滿8小時給1分。也就是說，若某生並未擔任班級幹部，但只要在國中三年做滿80個小時志工服務，就可以拿到此項滿分。
嘉義縣教育處學務管理科科長李美華表示，因為幹部有限，不是人人皆可擔任，並不樂見學生為了比序積分搶當「板擦長」「燈光長」，因此，擔任班幹部或志願服務，皆可以拿到分數，藉此鼓勵學生學習服務。
③體適能：柔軟度（坐姿體前彎）、肌肉適能（一分鐘屈膝仰臥起坐）、瞬發力（立定跳遠）、心肺適能（800/1600公尺跑走）等4項，各單項達PR值25中等標準者各得1分。總成績達金質獎、銀質獎、銅質獎各加4、3、2分。體適能成績每年至少進行一次檢測，擇優採計。
比較特別的是，嘉義區訂出獲參與獎章也可得1分的加分規定。嘉義縣教育處學管科輔導員謝正裕解釋，標準由各校自訂，例如，每週運動3天，持續15週，經認證可得參與獎章，藉此鼓勵體適能成績並不出色的學生鍛鍊身體，還可以得分。
④競賽成績：個人賽全縣市第1名5分、第2名4分、第3名3分、第3名以外得獎者（含參賽證明）1分，全國（含國際賽）第1名10分，第2到第6名以外得獎者（含參賽證明者）也可拿4到9分不等。也就是說，只要提出參賽證明，不得名次，也有基本分數可拿。
在嘉義區列出的認證比賽清單中，限教育主管機關主辦或委辦的數理、語文、音樂、美術、運動、科（展）學競賽、資訊等七類競賽，團體賽依個人賽積分折半計算，而同年度同類競賽擇優採計。 例如，某生七年級拿到全縣和全國鋼琴獨奏第一名，以全國冠軍10分採計，已拿下此項目最高分，隔年參加的成績就不行採計，但若未達最高分上限，仍可採計。
值得注意的是，因為許多競賽得勝者，同時也獲得校方嘉獎和記功的獎勵，競賽成績若與品德表現事由重複，僅可擇一採計。謝正裕表示，計分很靈活，學生可以選擇最符合自己利益方式採計。
⑤英語能力檢定：嘉義區為全國唯一採計英檢的就學區。取得「公務人員英語檢測陞任評分計分標準對照表」達CEF語言能力參考指標A2（基礎級）以上者得3分。
採取英檢成績，是否對於偏鄉學童不利？李美華表示，不能因為偏鄉弱勢，英語成績就不注重，為了提升嘉義區學生英語程度，而納入此比序項目，不過此項目也僅占3分，不會造成學生壓力。至於大部分英檢需收取費用，張翠瑤表示，可結合學校教育儲蓄戶和尋求民間資源挹注，協助偏鄉孩童也有機會提升英語能力。
特殊加分∕總分超過88分時，以88分計算
於國小、國中階段獲頒總統教育獎、全國孝行獎者，額外加10分，這個項目也是15個學區唯一採計。若是經過特殊加分，總分超過88分時，還是以88分來計算。
國中教育會考∕最高累計25分
國中畢業生國、英、數、自、社五科會考成積，每科得到「精熟」者得5分，「基礎」者得3分，「待加強」者每科得1分，最高累計25分。
若積分同分，則按照比序項目逐一比序；若仍同分，再從第4項多元學習表現下各子項分數依序比較；最後仍同分，才以電腦隨機抽籤。
李美華強調，透過比序條件，給與學校引導學生的教育方向，不再只著重學科能力，而讓學生從品行以及德、智、體、群、美多元學習。
「12年國教的理念之一是適性揚才，找到孩子的興趣和優點，加以強化，每位父母和老師都要具備這樣的觀念，」張翠瑤補充。
