每年6月舉行特色招生學科考試，目前台南區特色招生學校尚未確定。
7月第一階段免試入學未錄取者，可參加第二階段免試入學；參加特色招生學科測驗者，填寫分發入學和免試入學餘額志願卡。
台南就學區免試入學、特色招生管道並行，目前核定103學年度特色招生不會超過全區招生名額25％，各校特色招生不超過該校招生名額85％為原則，舉辦特色招生的學校與招生員額，將於明年8月公布。
日前已公布免試超額比序項目，相較於其他學區，台南市教育局授權各校自訂比序加權和計分的彈性空間。
參加台南就學區第一階段免試入學的學生，九年級下學期（6月）線上報名，選填2個志願，以校為主。例如，可選擇高中兩校、高中高職各一或兩所高職（高職則不限科數）。為了提高免試入學媒合成功率，各招生學校屆時將會列出備取名單。
台南市教育局中等教育科長顏妙如表示，有些就學區設定10個以上志願，可能會造成學生按照「明星高中」的排序選填，台南區僅設2個志願，希望打破傳統排名，鼓勵學生就近入學，並考量自己成績、落點與性向，慎選志願。
免試超額比序5大項
若報名人數少於該校或該科的招生員額，全數錄取；反之，就要進行超額比序。台南區共規劃志願序、多元學習表現、均衡學習、就近入學、教育會考表現等5大項、12個子項的超額比序條件（表1），最高積分達98分。
志願序∕最高可拿到11分
又分為志願序與生涯發展規劃建議二項。第一志願可得5分、第2志願得2分。 報名科群與「國中學生生涯輔導記錄手冊」中的「我的志願」「家長建議」與「輔導建議」這三項相符時，1項符合就得到2分，倘若3項全部符合，就可以拿6分。
多元學習表現∕50分
上限50分，占總積分近1∕2，是比重最高的項目。
①為競賽成績，最高20分。
②為技職證照或資格檢定，具備相關證照得2分。
③授權各校自訂「多元學習表現計分換算表」，包含獎勵紀錄、幹部任期、社團參與、服務學習與體適能等評分細項，原則上分成校內分五等級計分，最高40分（見表2）。
在競賽成績部分，國際、全國、縣市級競賽第1到8名皆可累計1到20分不等，但同類競賽，只能擇優採計一次成績。例如，某生在國中三年，得到鋼琴獨奏全國第1名、合唱比賽全縣第2名，同屬音樂類比賽，因此擇優採計鋼琴獨奏全國冠軍分數，14分入袋。
另一方面，由各校自訂「多元學習表現計分換算表」，依獎勵紀錄、幹部任期、社團參與、服務學習與體適能等細項，自訂認證標準和計分（除體適能項目依台南市教育局計分換算標準）。
學生累積積分後，依自己在該校同屆學生表現相對位置，每個細項分數換算成五級分，每等級以20％為原則，依序為五級8分、四級6.4分、三級4.8分、二級3.2分、一級1.6分。也就是說，每項分數都要跟同校學生相比，每項皆在前20％，且體適能檢測4個單項皆在PR值85，就可以拿到最高40分。
台南市教育局正在設計一套學習系統，將每位學生的學科與多元學習表現一併數位化。屆時，學生登入學習系統，就可以看到自己的多元學習累積表現、落點與百分等級。
相較於其他學區皆以單項原始積分評估多元學習表現，台南區以原始積分劃出全校等級，再換算積分的方式，加入「相對比較」的概念。顏妙如說明，如果細項成績列出分數上限，學生可能達到最高分數上限後，就不求表現，因此希望落實正常機制，讓學生多元學習。
台南市教育局督學室課程督學楊秀碧補充，有些國中生會越區就讀，一窩蜂擠進「明星國中」，但在台南市設計出來的多元學習比序標準下，明星國中競爭更激烈，對積分更不利，可能會讓過去的明星國中褪色。
均衡學習∕2分
第三項比序項目是均衡學習，包括健康與體育、藝術與人文、綜合活動等三個領域，如果五學期平均成績皆達60分（含）以上，學生就可以得到2分，反之則以0分計算。
就近入學∕10分
台南市教育局長鄭邦鎮說，規劃合理的學區鼓勵學生就近入學，社區高中職的定義及配分明年8月公布。
國中教育會考∕最高25分，但不得超過總積分1∕3 國、英、數、自、社五科會考成積，每科得到「精熟」者得5分，「基礎」者3分，「待加強」者每科1分，最高累計25分。各校至多可擇二科加權，加權值以50％為上限，但會考積分不得超過總積分1∕3。
根據台南區高中高職免試入學作業要點，比序項目除技職證照資格檢定及就近入學外，其餘每項各校皆應採計，但可至多選擇三項加權，加權值以50％為上限，訂定各校超額比序項目積分表。若積分相同，各校自訂優先比序項目逐項比較，非不得已才抽籤。
第一階段免試入學和特色招生落榜的學生，可參加第二階段免試入學（每年7月）。在這個階段，學生可選填多志願（不限2個），高職以科為志願序，高中以校為原則。超額比序則採計多元學習表現、教育會考（原始分數）及均衡學習等三項，總積分相同時，再依此三項進行逐項比較。
鄭邦鎮認為，外界皆關注入學方式，但最重要的是教學改革，許多教育問題並非依靠計畫表達成，老師在班級現場的經營才是關鍵。家長的觀念改變也很重要，「想要孩子當飛行員和太空人，不如叫他好好刷牙，只要有一顆蛀牙，他就不能當了」，「家長現在要做的是看孩子有沒有刷牙，不是一直想著讓孩子當太空人，」鄭邦鎮語重心長地說。
