1994年李遠哲上任後，中研院預算逐步提高，從30億元爆增至今年的154億元，研究單位也從17個翻倍至31個，正職、約聘研究人員超過5000人。
此時的中研院，已從台北郊區遺世獨立的象牙塔，膨脹成學脈、金脈匯聚的學術巨塔。
失衡1〉規模急速膨脹
人員、預算翻倍 大學不平
大學經費逐年緊縮，中研院的規模與資源卻急遽擴張。首先感受到競爭與不平等的便是大學。
首先是預算。中研院研究人員與博士生人數，僅約台灣大學的1∕7，預算卻與台大相近；與私立大學相比更判若雲泥，相當於七個高雄醫學大學的經費。
在研究經費上，中研院也較大學寬裕許多。
高雄醫學大學前副校長、立委陳宜民比較，一般大學教授，每年能拿到一個計畫、有150萬研究經費就算萬幸；但在中研院生醫領域，每個研究員配有兩個研究助理與兩個計畫，年補助至少300萬；此外，還能再向國科會申請計畫，排擠了大學教授的補助空間。
有博士生告訴陳宜民，在大學，做實驗要菌株，得發信詢問全校是否有人願意借幾CC；但在中研院研究所，助理是照著目錄，每罐一萬多元的單一菌株，一款訂一罐。
第二個不平等是博士生薪資。 2002年，中研院成立國技研究生院，招收國外博士生，解決助理不足問題；後來也與國內大學合作招收國內博士生，月津貼超過三萬，使經費拮据、只能給博士生兩萬多元的一般大學，備感壓力。
「中研院什麼都做，但又不受大學法規範，令很多大學反感，」陳宜民說。
因此翁啟惠事件後，輿論再度出現「中研院虛級化」「併入大學」的主張。
退出中研院長選舉的香港城市大學校長郭位，也在給前總統馬英九的信中指出，「中研院宜單純並虛級化，院本部當以院士為主體……研究所及中心並無專屬研究生，宜檢討，重點併入各大學以利推行教研合一的理念，兼且有助科研導入社會、遠離綑綁手腳的困境。」
這是因為，沒有研究生，研究便難以推進。根據基本科學指標資料庫（ESI）統計，2006至2015年間，中研院有18個領域論文引用次數進入全球1％排名，平均被引次數名列亞洲第五，但也有六個領域，平均論文被引次數低於台大。
其實，不少歐美國家，如美國國家科學院與英國皇家學院，都是虛級機關，院士分散全球各學術單位；而擁有83個研究單位的德國馬克斯‧普朗克科學促進協會，則有近1萬5000名研究生，諾貝爾獲獎人數排名全球第十。
相對之下，僅收少數博士生、卻有近千名研究員的中研院，顯得定位不明。
失衡2〉外部缺乏監督
科學造神 立委不敢刪預算
1980年之前的中研院，預算不到台幣兩億元；但隨著台灣經濟起飛，加上吳大猷任院長時期推動生物醫療，中研院的預算以每年10％快速成長，今年已占政府科研預算1∕12。
中研院直屬總統府，預算都是直接撥款，「是否有年度報告書和KPI？是否會給總統府備查？」陳宜民質疑，負責相關業務的總統府第一局卻迴避質詢。
立法委員蔣乃辛說，出於對學術的尊重，立法院對中研院的監督僅限一般行政，近年並未大刪預算，甚至還全力配合。2006年容許院長具有雙重國，翁啟惠就具有美國籍，2007年放寬「生技新藥產業發展條例」，鬆綁公立機構研究人員技術入股10％的限制；2011年修正「科學技術基本法」，使公立機構研究人員可合理獲利，不再受公務人員身分限制，並加入利益衝突迴避及資訊揭露的規定。
儘管給了方便，但從中研院首長們接受質詢時，對法規執行細節含糊其詞的表現，立法院的寬容，恐怕已使中研院從「學術權威」，變質為「學術威權」。
比如，當技轉案鬧得滿城風雨，評議會竟在院長選舉當天修改選舉辦法，也沒有依照法定程序公布，「這就像在選總統當天修改選罷法！」蔣乃辛對於中研院行政體系的低政治敏感度，感到不可思議。
反之，大學若是違規，隔年教育部便可能以減少補助或招生名額，做為懲罰；還得隨時面對學生、家長與校友的挑戰，戰戰兢兢。
失衡3〉行政系統失靈
檢討應付了事 輕法律規範
當中研院不斷吸納資源，行政制度卻沒跟著進化，就像大人穿小衣，一旦出事，便捉襟見肘。
2010年陳垣崇事件後，中研院成立委員會、開研討會、做調查報告；當時剛從美國返台任教的法律學者劉宏恩受邀報告，幾位一級行政主管，坐著聽了兩個小時。為向這群理工學者證明「利益揭露與利益迴避」的重要，他後續做出一系列量化研究，指出51％民眾認為，政府出錢的研究，不應該用來獲取研究者個人的利益；更有54％民眾認為，若醫學研究人員會從其研究結果獲得商業利益，便傾向不相信他的研究結論。
但六年後，事件重演。劉宏恩翻著當年的研究報告指出，翁啟惠事件暴露最嚴重的問題，並非技轉，而是中研院混亂的行政法規系統，「重科學、輕人文」的傲慢心態，導致行政體系弱化。
研究員間流傳著一個笑話：翁啟惠上任後到各所拜訪，曾多次詢問人文社會研究所研究員，「有什麼可以申請專利？」令人文學者私下哭笑不得。追根究柢，中研院雖有心檢討，但在「發展生醫」目標掛帥下，「學術公共性」「利益揭露、迴避」等議題均被視為絆腳石；參與檢討過程的人文學者，只要意見不符目標，高層就另請高明。
陳宜民在質詢時，發現中研院一連串的荒腔走板，比如：有公關部門，卻沒有法律諮詢部門；有法律所，卻聲稱「沒錢請合格律師」；而擔任中研院法律顧問20年的鄭哲民，竟沒有台灣律師證照。
法界人士也不解，為何有技轉利益迴避規定，卻漏把「子女」列為二等親；聲稱國外研究機構不需揭露成年子女財產，但哈佛大學的利益迴避規範明白要求，研究人員應揭露親近家人（immediate family）持股狀況。
沒做好行政與法律防護網就投入生醫產業的中研院，就像誤入利益叢林的小白兔。「想做入世的技轉，卻不想受世俗監督，難怪會出事，」劉宏恩感嘆。
失衡4〉生醫實用掛帥
利益包圍 失學術公共性
根據中研院史，早在1980年院士會議，吳大猷就對國內科學研究偏重應用感到憂心。他認為，中研院應重視實用研究，但不能偏廢基礎科學，尤其是理論與實務難分的生物物理與生物化學領域。否則碰到研究瓶頸，將難突破。
然而，近十年來中研院卻全力投入生醫領域。做為九成預算來自政府的公立機構，中研院原應提出有學術制高點的客觀意見，協助政府釐清生醫產業利弊；但當它「球員兼裁判」，便可能失去學術中立，辜負納稅人託付。
「學術公共性危機，才是技轉最大、最根本的問題！」中研院法律所副研究員邱文聰質疑。
邱文聰認為，翁啟惠在意的是研究成果、是諾貝爾獎，但圍繞他身邊的龐大利益團體，在意的卻是利益，「這是學術機構變成營利單位後，必然的結果。」
可惜這些警語，都掩沒在衝生醫、拚經濟的聲浪裡，使中研院折損了89年學術聲譽及一位院長。再不改，下一個被調查的會是誰？
