他們總是以上帝牧者的身份指引二十一萬教徒，站在反對言論的最尖端。
有人說他們像政黨，要推動「住民自決運動」，專門與國民黨為難；他們說自己只是教會，所作所為都為在人間實踐上帝的旨意。當別人批評他們是「台獨份子」，要否定中華民國；他們的傳道幹事羅榮光牧師卻認為：「國號這些專門問題，是政治家的事。」
但二十年來，他們幾次主要政治行動，都引起澎湃的政潮：
十六年前，當聯合國通過接納中共取代我國席位議案，美國總統尼克森將訪大陸，國內人心浮動之際，他們發表「國是聲明」，其中呼籲「在自由地區作中央民意代表的全面改選」，導致大眾傳播及政界保守勢力的猛烈抨擊。
過了六年，美國國務卿宣佈訪問大陸，與中共談判「關係正常化」。他們立即發表「人權宣言，強烈主張「台灣的將來應由台灣一千七百萬住民決定」，並促請政府「使台灣成為一個新而獨立的國家」。這次宣言的後勁，至今仍然餘波盪漾。
政治主題曖昧重疊
又十年後的今天，牧師更進一步走上街頭，抗議傳道師蔡有全被控叛亂。遊行中，林宗正、冬聰澶等牧師帶頭呼喊「台灣獨立萬歲」，使宗教、「台獨」、「自決」、「人民有主張台灣獨立的自由」等政治主題，產生若干曖昧的重疊。
身為台灣第一大基督教派，教徒身份包括鄉野小農到現任中華民國副總統，教義又肯定包括政治在內的入世參與，不僅令反對黨極力拉攏，執政黨更是又愛又恨，連其他教會也為之側目。一位研究宗教歷史的基督徒說：「我實在不懂聖經教義和台灣獨立之間有什麼必然關係。」
甚至他們的名稱－－「台灣基督長老教會」的本土屬性，有時也會挑動政治觀察家的神經末梢。在一些長老會的牧師眼裡，這名稱只是「翻譯成的北京話」。教會原名的準確書寫方式應該是台語白話字(羅馬拼音)：TAI-OAN-KITOK TIU-LO KAU HOE。
長老會本土化味道之濃厚，只要走在鳥語花香的陽明山上的台灣神學院，就可輕易聞到。路上、圖書館內、教室裡，碰到的年輕人、中年人、老年人，幾乎全用閩南語交談。
鄉土情與政治結
乍看之下，長老會像一個謎－－帶著深鎖的鄉土情與政冶結。這都要從長老會悠久的發展史、教義精神、及日據時代以來，政、教之間的恩恩怨怨去尋求謎底。
探討長老會教義，必須追溯長老會神學的祖師爺喀爾文(John Calvin)。
喀爾文是十六世紀影響歐洲宗教改革及啟蒙運動的巨擘。他強調個人因信得救，反對天主教藉教規、傳統等建立的集體宗教體制與觀念，並首創教會民主代議制度，對日後的西方個人主義、思想自由及基督新教倫理有深遠影響。
宇宙光雜誌社長林治平指出，喀爾文宗教改革的名言「萬民皆祭司」、「乞丐與皇帝一同禱告」等精神，構成長老會強調個人自由、平等、民主權的神學基礎。日後瑞士、法國、英國、美國的民主代議制，及今日台灣長老教會的政治主張，都有喀爾文神學的影子。
像長老會堅持政治民主，就和他的教會傳統組織有關。台灣長老會早在滿清時代，就已經建立選舉代議制度。現在仍採用總會、中會、堂會為主的三級代議制。總會議長每年改選，教會主要政策經常是合議甚至投票產生。牧師在會場中也會為議案爭執到面紅耳赤。教會聘用牧師，也要三分之二教徒投票認准。研究台灣宗教的學者瞿海源曾撰文指出：「這也是長老會牧師常常忙於開會的原因。」
自從政、教關係緊張以來，台灣長老會近十年更發展出一套以台南神學院為重鎮的「鄉土神學」，特別強調政府治國必須合乎上帝「公義」。
強調上帝「公義」
這套以宗教語言、神學角度談論政治的神學，可以從台南神學院學生陳清白的畢業論文看出裡面的特異性。其中一段寫著：「台灣鄉土神學強調台灣未來的「出頭天」……在那日，台灣鄉土成為政治上真正獨立自主的實體。」
台灣長老會的傳統、神學與信仰，與台灣獨特的政治環境結合，等於已播下政、教衝突的種籽。
自從長老會宣教師馬雅各、馬偕趁「天津條約」簽訂、台灣被迫開港之便到台灣傳教，一百二十多年來，大致而言除了頭幾年被清朝官民視為異教排斥，及抗戰時期與日本政府關係一度緊張之外，前一百年的政、教關係，仍然大致相安無事。正如中研院民族所研究員瞿海源所說，「只要宗教不干預政治，中國傳統都容許有宗教自由。」
但時代巨變，扭轉了這種和諧關係。近二十年台灣一方面進入快速轉型期，許多治安、公害、貪污等轉型的陣痛伴隨而生。同時，中華民國的國際地位，多次在中共圍堵下受損。加上民間政治力興起，要求改革的呼聲風起雲湧。一向鼓吹入世關懷的長老教會，也一步步踏入提倡政治與社會革新的潮流。
一九七一年，長老會的「國是聲明」，算是政教關係開始由和諧轉入緊張的序幕。
這篇聲明除了提及全面改選中央民代，效法西德模式，並徹底革新內政外，也向國際表示「我們愛這島嶼，以此為家鄉……絕不願在共產極權下度日」，「也有國家主張台北與北平地區談判……本意無異於出賣台灣地區的人民」，「人權既是上帝所賜予，人民自有權利決定他們自己的命運」。
發表第二次聲明
這篇不致溢出今天政治尺度的聲明，在十七年前卻是晴天一聲雷，涉及當時極敏感的中央民意代表改選，及人民自決等問題。「有些參與起草的牧師，事前已準備了遺囑，」羅榮光牧師回憶。
聲明發表後，大眾傳播媒體對長老會大力抨擊，指責教會干涉政治。教會從此與政府及輿論界互不信任。瞿海源教授分析：「這是長老會宗教信仰與社會現實的結合，在特殊的政治格局下，所產生的誤會。」
民國六十四年，治安人員進入正在做禮拜的長老會竹東中會禮拜堂，沒收泰雅語聖經、聖詩。緊接在一個星期內，再度沒收閩南語聖經。
政府雖然同時聲明只是執行國語政策，與宗教自由無關。但在長老會總會文獻裡，卻認定這是「宗教信仰嚴重受到壓制」。他們無法理解的是，閩南語聖經在台灣已經使用了一百年，歷經滿清、日據時代，都相安無事。
同年底，長老會發表第二次聲明－－「我們的呼籲」，呼籲教會「以愛心說誠實話，積極關心我國政治前途」，陳情政府「維護憲法所賦予人民宗教信仰之自由」，繼續鼓吹內政與外交的改革等。使原來政、教關係的裂痕繼續擴大。一些台灣長老會在美國的牧師，開始投入「台灣人民自決運動」。
在十年前長老會的「人權宣言」中，長老會更講了當時黨外及現在反對黨都不願或不敢講的話－－「使台灣成為一個新而獨立的國家」。執政黨開始言論攻擊，中央日報社論指責教會幹事是「神棍」，長老教會與政府從此走上對立的不歸路。
有理已經說不清
此後，長老會的會刊「教會公報」的政治言論，與黨外雜誌合流，連續受到警告、發生郵寄失誤；教會的傳教月刊也被查禁；教會夏令營被阻攔；較為親政府的其他教會更以個別或「反共護教聯盟」名義，批評長老會錯誤干預政治。
「以前長老會參加普世教協(全球最大的基督徒連盟，極重視對大陸傳教)，就說長老會接近親共團體，後來又說長老會是台獨，」宇宙光雜誌社長林治平語重心長的說：「對立太久，目前已經有理說不清。」
長老會牧師普遍都支持這三次宣言嗎？答案是肯定的。衝擊力最強的「人權宣言」，曾在教會總會接受教會代表秘密投票複決，結果二三五票贊成，十九票反對，廢票十張。
長老會三大宣言的重要參與者高俊明牧師，同時在三一二張選票中，得到二五五票，連任總幹事。這位曾被影射為「神棍」的牧師，曾投身建設玉山神學院，培養山地傳道人才，至今在會內仍受敬重，已連任長老會總幹事十七年。
國外教會表示關切
「人權宣言」事件發生不過二年，「美麗島事件」爆發，又有台南神學院部份師生牽涉其中。熱心政治活動的傳道師蔡有全、林弘宣先後被捕，分別判刑五及十二年。牧師許天賢則在教堂中被當眾扣押，判刑三年。長老會旋即發表「牧函」，反駁媒體對長老會參與美麗島事件的暗示。
民國六十九年，長老會多人因涉嫌藏匿叛亂犯施明德而被捕。總幹事高俊明、長老林文珍被判刑，引起長老會發動全體信徒聯合禁食聲援。教會與政府關係更為惡化，長老會的「鄉土神學」、「出頭天神學」、「自決神學」在這段日子後相繼成形，並加速發展。
而高俊明被判刑，也引起外國教會及人權組織多次表示關切。世界歸正教會聯盟(WARC)秘書長幾度到台灣訪問，對長老會表示支持。「政府形象一定有損害，」林治平說。
「美麗島事件」及牧師被判刑不單沒有平抑長老會對政治的關切，反而刺激更多牧師步上參與政治，義光教會的紀元德牧師是一種典型。
本來連「美麗島」是什麼都搞不清楚的紀元德，年輕時眼看參政的人多，唸神學傳福音的人少，因而立志專心傳道，遠離政治。直到高俊明坐牢，紀元德認為一個社會「連牧師都被捉，一定有問題」，於是開始參加黨外的遊行示威，閱讀黨外雜誌。「很多牧師都有這種經歷，」紀元德牧師說。
對媒體不信任
更因報紙長期以來對長老會的報導被牧師指為「歪曲事實」，許信良回國的「機場事件」又加深他們對報紙、電視等媒體的長期不信任，黨外雜誌便成為牧師「關懷政治」的重要消息來源。連傳道幹事羅榮光向記者分析「台獨」的可能性時，都會拿一民進報」的專論來做佐證。一位關切長老會的學者甚至說：「長老會與民進黨是被政治壓力壓在一起的。」
「美麗島政團」一度枯萎，繼之而起的新一代政治反對派，再次出現長老會的面孔。像「民進黨」籍立法委員尤清、許榮淑、張俊雄，國大代表洪奇昌、周清玉，「台灣人權促進會會長」李勝雄……等都是信徒。
台南神學院也網羅參與反對運動的學者任教師。像朱高正教哲學、「民進黨」主席姚嘉文教「社會政策」。前年台南神學院要聘在美國的心理學者林心智回國任教，但林氏因涉嫌曾參與分離主義運動，而無法獲得回台簽證。去年十一月，長老會部份牧師又發動高雄遊行，一百多名持木十字架站在前面的，便是台南神學院學生。
事情發展到今天，似乎政、教雙方都已到了必須檢討的地步。
執政黨方面，往往把長老會部份人的「台獨」傾向擴大解釋為整個教會的傾向。「教會在台灣一百多年來的鄉土意識被他們看成「台獨意識」，」一位長老會信徒說：「本來不是「台獨」的也被推向「台獨」陣營。」
難解的排外情結
溝通不良，也使積怨無處消散。加上基層人員執行公權力時不瞭解宗教，導致誤解重重。例如課征山地教會租金、起草「宗教保護法」沒有長老會參與研討等，造成台灣神學院董芳苑牧師感覺：「除了李登輝外；官員都談吐官僚，像個草包。」
「宗教的事，政府少管，那是神的事，」瞿海源教授說：「應該多溝通，加速政治革新，不要用壓的，強硬手段不會令信神的人屈服。」
長老會方面，雖然理智上認為天下人都是「弟兄姊妹」，但部份神職人員卻無法掩飾自然的「排外情糾」。
例如主要聚會都用閩南話，堅持用很少人能懂的羅馬拼音聖經等，不管在場許多是不熟悉閩南話的外省人、原住民，甚至不懂羅馬拚音的本省人。
雖然長老會原住民教徒多達七萬(五名原住民，就有一名長老會教友)，超過總信徒的三分之一，但因原住民閩南語不夠流利，打不進總會的核心。直到去年，才選出有史以來第一位原住民議長林建二，並增設了現場即時傳譯耳機。
誰是真正贏家？
此外，教會談論政治都用宗教語言，也引起誤解。像「新而獨立的國家」，普通人都會自然想起是「台獨」。但長老會為這句話所下的定義竟然是：「政治與社會不斷革新，充滿公義、和平與自由在國際上享有獨立自主國格的國家。」
加上教會披上神職的外衣，可信度與號召力增加，使這個語意不清的「台獨」在不明究裡信徒間，產生了「額外」的煽動力。一位執政黨中央黨部幹部就指出：「我們擔心的，是不知道他們心裡真正的意圖。」
台灣特殊的政治地位與格局，幾十年來已製造過許多無從避免、又躲閃不了的政治悲劇。當敵我分明的雙方在政治舞台上仇恨、廝殺，台下的觀眾、幕後導演都是不必流血的，他們才是真正收穫者。
政府、教會的衝突，收穫者又是誰呢？上帝一定知道。
