總統大選甫落幕，和江澤民多次晤談的沈君山，成為大陸媒體爭相採訪的對象。「他們以為陳水扁當選純粹是黑金的問題，人民還是希望統一的，」沈君山說。他提醒大陸方面，儘管朱鎔基明確表達大陸的立場，陳水扁得票依然衝到四○％，「你不能說台灣民眾無知到這個地步，不瞭解陳水扁是大陸不容易接受的人。台灣人民想當家作主，他們現在是在安定、安全和當家作主三者間選擇，中共一定要瞭解這點。」
對選後的兩岸局勢，沈君山的看法是「長線樂觀、短線緊張，目前重要的是防止緊張發展成為危險，」他認為陳水扁當選後的兩岸關係，不見得那麼悲觀。「他五十歲還不到，跟一個八十歲的總統（李登輝）是不一樣的。八十歲總統的路線是不會更改的，他要的是歷史定位，不管客觀形勢如何。如果陳水扁想做八年總統，而他又不把兩岸關係處理好，四年後就會被打垮，所以他一定要有宏觀、有彈性，」沈君山指出。
沈君山冀望陳水扁成為台灣的尼克森。尼克森靠反共起家，後來卻敲開大陸鐵幕，促成中美關係正常化。他也期許李遠哲成為台灣的Linus Pauling，先摘下諾貝爾化學獎，再拿諾貝爾和平獎。「兩岸關係不只是台灣問題，而且是世界問題。如果能使兩岸和解的話，拿諾貝爾和平獎絕對沒問題，」沈君山說。
但沈君山指出，「今天陳水扁面臨的處境，比李登輝當年要困難太多，」李登輝和江澤民差不多同時上台，兩人剛開始都權力不穩，所以中共對李登輝抱持相當的耐心和善意。「現在剛好相反，他們對陳水扁早就定了性，沒多少耐心，這是很麻煩的事，」沈君山說。
從國際局勢來看，李登輝就任時，蘇聯和東歐共黨政權的解體，帶給中共相大的衝擊，對台灣問題無暇他顧。隨著中共崛起於世界舞台，「現在中共面臨最大的對外問題，是中美關係的問題，而台灣問題又是中美關係『喉嚨裡的一根刺』，陳水扁這個總統非常不好做，」沈君山說。
沈君山坦率指出，尼克森和毛澤東打交道時，已經非常有國際政治經驗，這是陳水扁所不及。尼克森的特使——季辛吉的老謀深算，亦為李遠哲所不及。而美國當時的強勢地位，更是台灣難望項背。
再從對岸領導人來看，「毛澤東是非常有perspective（前瞻性）的，他自己就說喜歡和右派打交道，不喜歡和左派打交道。當時毛澤東控制一切，四人幫不願意對美國讓步，但毛決定以後，他們敢吭聲嗎？現在江澤民後面有軍隊，換成他這樣做，解放軍會同意嗎？大陸軍方的強硬派非常不安，他們的權力一路下滑，恨不得跟台灣打一仗，攘外來安內，提升自己的地位，」沈君山分析。
兩岸關係好比兩性關係
沈君山認為大陸對台灣問題，「看的是趨勢，不是現狀，」他用股票做比喻，股價指數同樣是九千點，如果是從六千點漲到九千點，股民叫好；如果從一萬兩千點掉到九千點，股民就要開罵了。
同樣的道理，「如果今天兩個中國，明天一個中國，大陸絕對可以接受。但如果今天兩個中國，明天一個獨立的台灣，後天台灣跟美日聯盟對付大陸，成為圍堵中國不沈的航空母艦，這是中共最不能容忍，台灣也要付出最大代價的，」沈君山說 。
「在中共看來，在李登輝主政下，一切都是在往獨立走，而且台灣獨立本身沒條件，所以必然要跟美日結合起來，這是他們最大的惡夢。所以兩國論的問題，不在於兩國論本身，而是一種趨勢，大陸認為『走勢看壞』，」他說。
和大陸高層廣泛接觸，沈君山的看法是「大陸現在愈來愈多元化，對台灣問題有不同的看法。就像大陸打飛彈是在幫李登輝助選，兩國論也是在幫大陸的強硬派助選。李登輝講的都是事實，但兩岸關係就像兩性關係，把話講白了是最愚蠢的。」
早在李侃如（美國國安會官員）倡議兩岸簽訂「中程協議」之前，沈君山聯合合馬英九等人便在國統會提出「中華兩岸聯合會」的類似構想，處理過渡性、階段性的的兩岸政治關係。它的基本精神是「一而不統」（一個中國而不統），把一個中國的完全實現，推到遙遠的未來，而把現狀當成「初階段的一個中國」。這個構想得到江澤民的肯定，汪道涵也有所呼應，提出「一個中國是未來式」的講法。但總統府最後否定這個構想，令沈君山感到扼腕。
新中國人Vs.新台灣人
沈君山認為，「de facto（實質的）芬蘭化模式」，是未來兩岸較理想可行的模式。也就是在「一而不統」的象徵下（例如設中華兩岸聯合會），雙方維持現有體制不變，在外交方面則步調一致，透過各種條約或協議，保證台灣不與大陸為敵，不搞聯日抗中、聯美抗中，使兩岸走向「對內競爭，對外合作」的關係。
中共趕在台灣選舉前發表的白皮書，在國際間引起緊張，所謂「統一時間表」更是呼之欲出。但沈君山提醒，鄧小平也講過，要在二十世紀九○年代解決台灣問題，「時間表他們一直在講，不是今天才開始講。中共注重的，與其說是時間，不如說是趨勢，」他再次強調。
無論如何，放眼兩岸關係的長線發展，沈君山仍然無比樂觀。他認為兩岸關係落到這般田地，是老台灣人和老中國人，台灣民族主義和中國民族主義相對抗的結果。然而不但有所謂新台灣人，大陸也開始出現新中國人，他們是文革結束後，受過完整教育和西方現代化洗禮的一代。沈君山觀察指出，新台灣人和新中國人有許多共同點，他們都比較務實，都傾向國際主義和科技主義，而「科技把許多boundary（疆界）都打破了」。兩岸終將在這些新人類手中找到交集。
沈君山把權力分成兩種：政治、軍事有組織的，這叫硬權力；文化、宗教、經濟的，叫做軟權力。「中共向來都是硬權力，從共產黨起家，就把組織的力量弄到極頂，這也包括主權的強硬態度。兩岸現在最大的問題，就是中共不肯放鬆硬權力，」但沈君山認為，未來是科技決定論的世紀，科技終將使軟權力凌駕硬權力。「兩岸沒有宗教的矛盾，沒有文化的矛盾，反而有經濟的互補，軟權力自然會把兩邊融合在一起，」沈君山說。
