有一天，如果外星人造訪地球，會找哪種生物溝通？人類？錯了！根據《相對知識與絕對知識大百科》的作者艾德蒙．威爾斯博士研究，有資格坐上談判桌的，是地球真正的主人－－螞蟻。
從未真正現身的故事主角威爾斯，畢生研究螞蟻文明。他行為怪誕，從小不肯在床上睡覺，只睡在洞裡；凡是他感興趣的科目都是滿分，其他一律鴨蛋；他要求家人死後要葬在松樹下。連他死亡的方式都很詭異：他在幫助褐蟻城邦對抗株儒蟻雄兵時，被誤將他當成褐蟻的胡蜂螫死。
威爾斯死前把公寓留給外甥喬納坦，並且在遺書上叮囑他：「絕對不要進地窖！」
地窖裡的謎團
然而，在喬納坦家的狗兇誤闖地窖之後。其他人對怪博士威爾斯的追棕、描述相繼出爐，包裹在威爾斯秘密研究的謎團，也因此被層層揭開.....。
第一隻從冬眠醒來的螞蟻三二七號（孵化編號），是來自褐蟻城邦貝洛崗、具生殖力的雄蟻。在春季狩獵的回程中，牠發現其他二十八位伙伴遭到秘密武器突襲，全數被殲滅，臨死前都還來不及發出告知死亡警報的費洛蒙（螞蟻身上的荷爾蒙，牠們藉由接收和放送這種味道分子進行溝通）。
倖存的三二七號雄蟻火速衝回城邦，並且散發城邦面臨危險的費洛蒙，可惜沒有一隻螞蟻在乎牠的警告。此後，牠遭到身上有岩石味道的不明殺手小跛子追殺，在一次次生命交關的冒險旅程中，招募到一群信任牠的同伴，組成真相調查隊，彼此相濡以「贊洛蒙」。在三二七號雄蟻殉身後，調查隊還一路追到世界盡頭。隊員五六號雌蟻最後建立了「智利甫崗」城邦（翻譯成人類的語言，就是「來自謎團的皇后之城」），並且征服了貝洛崗，取得聯邦政權。
兩條歷險路徑交錯鋪陳；在三二七號雄蟻偵探行動與螞蟻城邦的征戰如火如荼地進行之時，另一路徑上的人類也在地窖失棕記喧譁沸騰之際，悄悄探入幽微的螞蟻世界。二十一個人先後進入地窖，然後無聲無息地消失在威爾斯故布的神秘疑陣之中，最後在一座建造於十七世紀的地下花崗石教堂落腳，以螞蟻供給的蜜露、麵粉為口糧，甚至還抄襲螞蟻的農業技術，培育磨菇，過著烏托邦式的社區生活。
地球兩大文明在這個地窖中相遇相識，但卻不能相互瞭解。
雖然威爾斯發明了和螞蟻交談的方法，彼此建立共生互信的基礎；但是，人蟻世界卻因為兩個小孩的無心之炬火燒蟻窩，微脆的互信基礎毀於一旦。
螞蟻文明凸顯人類無知
相較於人類世界的貪婪（勒居教授覬覦威爾斯的發現成果）。螞蟻為挽救城邦危機鋌走天涯的心路歷程顯得異常悲壯。韋伯用○○七式的曲折布局與旁徵博引的生物知識，將螞蟻的複雜思維與人類的單純無知做了明顯對比。
用螞蟻文明來反駁人類優先的觀點，是韋伯著書的重要動機。今日人類組織的三大主流 行政者、發明家和企業家，正好與螞蟻社會裡的工蟻、兵蟻和生殖者階級相互呼應。集體意識強烈的螞蟻也能獨自過活，不需要倚賴族群，甚至會反抗族群。
有「螞蟻作家」雅稱的科技記者韋伯認為，人類對螞蟻感興趣，是因為人認為螞蟻成功地塑造出一個極權政治，而人類施行的極權體制卻徹底失敗。但是，蟻后除了生育特權外，根本不具任何權力。螞蟻政府有君主、寡頭、民主、無政府等狀態，當蟻民不滿政府施政時，也會揭竿起義反對政府，城邦因此爆發內戰。
螞蟻發明的工具與社會組織，諸如坦克、畜牧業、蓄奴、雇請傭兵等，足令萬物之靈汗顏。帶有岩石味道的螞蟻，隸屬於城邦的反顛覆性壓力部隊；螞蟻相信，正常的壓力可以讓族群進步，但顛覆性壓力卻會導致毀滅。播送所有消息不一定都有好後果。三二七號雄蟻遭到城邦秘密分子追殺，就是因為傳播了顛覆性的消息。在貝洛崗的案例中，這種顛覆性壓力的始作俑者，就是人類。
誰是籠中囚？
韋伯警告，永遠不要正面撲殺昆蟲，更別小看牠們或妄想馴服牠們。試圖用殺蟲劑消滅昆蟲，只會製造抗藥性超強的昆蟲。始終處在憂患意識中的螞蟻族群，可以歷經核子浩劫存活下來。
也不要隨手捏死螞蟻，牠會分泌痛苦的費洛蒙。在你偶然的一蹬腳，許多螞蟻城邦就遭遇「國破山河在」的劫難。當我們把螞蟻鎖在箱子裡觀察時，是否會懷疑，我們也是某巨人族研究的籠中囚；巨人任意吹一口氣，種種繁華頓時風流雲散？
在幾秒鐘之內，地球誕生了七億隻螞蟻，失去了五億隻螞蟻。螞蟻文明已傳續了億萬年，而人類不過是一場為期三百萬年的小意外。在面對外星人的時候，螞蟻觀點絕對比人類觀點權威。
