中央健保局籌備處打的算盤，是以提撥每年保費收入五%的安全準備基金因應，籌備處處長葉金川估算，最壞的情況是把基金用光，「應該不至於虧損」。法中明訂前兩年盈虧由中央撥補，必要時還可以調至六%的上限，但健保規畫小組憂心的是，如果要調費率，就要相信精算數據，「不要像現在一樣，又被政治壓力壓降下來。」
費率降低雖不致帶來財務危機，保費少收卻明顯地使健保「縮水」。一位公衛學者舉例，孕婦應該做十幾次產檢，現在減成十次；三歲以下的幼兒健診從原訂的八次變成六次，都是費率減低的效應。
而定法前就爭議不休的勞工與雇主保費分擔比率，由勞工四成、雇主六成，協商為勞工二成、雇主六成、政府補助一成，多出的一成使政府一年要多支出一百七十七億元。甫落幕的省市長大選最熱時，執政黨又傳出省市補助一成保費的利多消息，決策快得連衛生署都被蒙在鼓裡。健保支票漫天飛舞，健保小組則煩惱這些支票不是開完就了事，「以後兌現的問題才大」。
複雜的部分負擔制
