說到台灣醫療環境惡化，幾乎所有的醫護人員都把矛頭指向健保。「全民健保給付不公平，皮膚科和外科複雜度不同，門診給付卻一樣」「攸關性命的插管急救，給付只有464點，相當一場電影加爆米花的錢」「心臟按摩給付比不上腳底按摩的費用」。
醫師談起健保，總是這樣抱怨連連，直呼「血汗健保」，台大醫院院長陳明豐在6月底的「台灣生技醫療產業政策總體檢」論壇上，更指稱健保制度對不同科別的門診採取平頭式給付，是扭曲醫療生態的殺手，讓醫學教育「從根爛起」。
「健保在1995年實施，給付計點方式參考過去的勞保支付標準，是導致醫界不滿的一項原因，」亞洲大學榮譽教授吳凱勳表示。
吳凱勳當年和前衛生署長楊志良、台大公共衛生學院院長江東亮一起參與健保規劃，熟稔支付制度。他表示，當年行政院急著推行健保，情急之下，4000多項支付項目只好採用勞保標準。不過，健保實施17年來，社會變遷甚大，不僅出現新型疾病，藥物和治療技術也推陳出新。當年勞保給付依照15到64歲的疾病而訂，沒有涵蓋其他年齡層，兒童和老人的疾病治療不同於工作人口，卻一視同仁，是另一缺憾。
參與「台灣醫療勞動正義與病人安全促進聯盟」的醫師也分析，健保設計之時，並沒有考量醫師人力成本，也沒有制定合理的工時，更沒有界定醫療責任險，使得醫師缺少工作保障，對健保制度心灰意冷。
健保局：給付項目，永遠有人不滿意
這樣的聲音，健保局其實也都聽到了。「醫界拿某項給付項目和另一項比較，就像蘋果、橘子之比，永遠都有人不滿意！」健保局醫務管理組長蔡淑鈴這麼表示。
事實上，近幾年來健保局已經逐漸調高各項給付。2002、2003年間，曾經調整；2004到2006年，又調高2000項支付標準。到了2007年，健保增加腹腔、胸腔內視鏡手術給付等33項，總共2.9億元；2008年，又提高腎、心、肝、肺等器官移植的費用，是過去的二到三倍，由於外、婦、兒科醫師不足，2011年提高診察費，比率達17％，增加支出14億元。
去年8月，健保局再次對4000多項給付項目展開總體檢，邀集37個醫學會，由醫學會自行選擇給付參考項目。依據「資源耗相對值」進行評量，預計今年底完成，明、後年還將再次調整給付點數。「給付點數將以醫師每分鐘的薪資為計算單位！」蔡淑鈴說，如此精細的計算標準，是新的設計方式，比現有計算標準更公平。例如急重症給付將會提高，五官科則下降，而電腦斷層、電腦核磁共振、X光等機器操作的檢查，給付也將調降。
蔡淑鈴預期，明、後年採用新的給付點數，必定也會有人不滿，可是，健保總額不可能無限度調漲，為了顧及公平，有些項目勢必減少給付。
回顧過去10年，健保是逐年增加給付，目前一年支出5300億，幾乎是10年前的1.5倍，為什麼醫師還是覺得健保分配不均？這或許和醫師人數逐漸增加、僧多粥少有關。儘管出現五大空，實施健保至今，醫師人力每年以2％到5.43％的速度成長，從24745人增加到38849人，17年來，成長率達57％！
醫學中心過多，少數病人過度使用健保
醫療改革基金會說，支出增加醫師卻喊窮，可能與病床數增加有關。自從健保開辦，台灣病床數從11萬4000多床增加到15萬8000床，稀釋健保支出。民間監督健保聯盟發言人滕西華表示，愈來愈多醫學中心，也分食健保資源。依照法令，台灣只需要12家醫學中心，可是，衛生署不斷開放，小小的台灣竟已有22家醫學中心，健保只得增加給付，支付多餘的10家。
其實，健保制度除了給付點數備受批評，給付洗腎、使用呼吸器、葉克膜的病人，也受到質疑公平性與必要性，平均使用費用為84萬元的葉克膜，給付標準因而在今年5月修改。監察委員黃煌雄在2010年，以半年時間走訪245家醫療院所，聽取3000名醫事人員對健保的看法，他發現，洗腎、呼吸照護病人只占0.4％的人口，卻用掉12％的健保費用，而且這五年來，洗腎人口年增率為5.6％，呼吸照護病人則年增3.8％。台灣洗腎人口密度世界第一，一個人洗腎一年就用掉近60萬元，原因除了過度服藥，也可能和醫師不當鼓勵病人提早洗腎有關。
今年春天，黃煌雄再度進行訪查，提出「分配正義」主張。他建議健保局應該建立標準評估流程，如果判定為癌症末期的無效醫療、沒有意識的病人，應該轉到安寧病房，提高照護品質，或自行負擔設備費用。目前台北榮總重症醫學部依據疾病輕重，研究模型工具，可以推算病人的存活率、死亡率，或許健保局可參考。健保不能、也不該無限制擴大支出，讓全民買單、債留子孫，健保局如何顧及病人權益，公平正義，考驗官員的智慧。
