翁啟惠和李遠哲兩人的作風，在10月19日的中研院新舊院長交接儀式上表露無疑。
在原定一個小時結束的交接儀式上，前院長李遠哲從他為何決定回國談起，一談就是40分鐘。
新院長翁啟惠則是引用美國國家科學院的調查指出，留在美國、不回台灣的台灣博士達72％，高居美國外籍學生之冠，藉以凸顯出台灣博士級人才的待遇、研究環境，必須加強。整個談話不到五分鐘。
李遠哲在演講最後形容，他自己浪漫，而翁啟惠務實。確實是一針見血。
翁李兩人個性上的差異，與他們的成長背景息息相關，同時也影響到兩人的做事風格。
李遠哲的風格
使命〉全力找世界級人才
李遠哲經歷二戰末期到處躲警報的日子，體驗到亂世人生的無常。在這種戰亂的時代下，李遠哲從小就很努力念書，也順利保送高中及大學。
李遠哲談到在台灣影響他最深的人，不是老師，而是同為台大化學系的學長張昭鼎。在校時，兩人經常一起切磋學問；李遠哲出國後，更是透過張昭鼎瞭解台灣現況。李遠哲曾經說，「張昭鼎像親兄弟一樣地照顧我、保護我。」
張昭鼎後來擔任中研院原子分子研究所籌備處主任，同時也是《科學月刊》雜誌社社長。李遠哲原先只擔任原分所的諮詢主席，但當1993年4月24日，聽到張昭鼎突然過世，李遠哲當下就決定「回家鄉的時候到了。」
因此，在勸說海外學人（包括翁啟惠）回台服務時，李遠哲是「以身作則、動之以情」。
剛卸任的中研院副院長曾志朗指出，李遠哲對中研院學術最大的貢獻，就是把翁啟惠、賴明詔（中研院前副院長、現任成大校長）等國際級人才找回來。
在李遠哲主持的12年間，中研院才第一次夠資格稱得上是「世界級人才庫」，不僅符合諾貝爾獎（或諾貝爾獎級）的特聘研究員，由4位增加到50位，其中還包括發明愛滋病雞尾酒療法的何大一。
李遠哲不但面子夠大，請得動國際級的特聘研究員，定期回中研院指導專題研究；同時也到處募款，成立「傑出人才基金會」，解決待遇不足問題，吸引人才回台灣。
曾經擔任中研院植物所所長的蕭介夫指出，為了成立「傑出人才基金會」，李遠哲在回國的第一年內，就趕過200多場演講，有時連週末也不休息。
現任中研院細胞與個體生物學研究所所長游正博曾在聖地牙哥SCRIPPS研究所和翁啟惠共事過。到美國30多年，從沒想過回台灣，卻在2003年被李遠哲勸回台灣。
去年10月，游正博父親在美國過世，連最後一面也沒能見上，以前在美國時，他一直是和父親住在一起，從未分離過。
李遠哲知道後，當天就找游正博談話。李遠哲安慰說，他的父親抱怨，以前李遠哲在清華客座時，每個星期還能回家一、兩天；但是當了中研院院長後，只能在電視上看到李遠哲，而且是經常被人質疑、被人罵的鏡頭；看在李父眼裡，特別難過。
翁啟惠的風格
務實〉以公眾服務為由接任
1948年出生、比李遠哲小12歲的翁啟惠，是標準的戰後嬰兒，沒有經歷戰亂，當然改造社會的使命感也沒李遠哲那麼強烈。
而且翁啟惠出生在一個大家庭裡，高中以前住在嘉義縣義竹鄉六桂村的翁清江古宅，這個大宅院最多曾住過100多人。
翁家大宅人才輩出。不僅出過另一位名人——現任司法院長翁岳生。翁啟惠的兄弟們，包括老五翁崇惠是國際貨幣基金會研究院副院長、老八翁英惠則是樹德科技大學設計學院院長。
在一個大家庭裡，講究長幼有序，因此，翁啟惠談影響他最大的人，都是老師，像前中研院院長錢思亮、台大教授王光燦、在美國的博士指導教授白邊（George Whitesides）。
翁啟惠求學過程不順：大學成績欠佳、碩士論文口試老師是大學同學、31歲才出國。這使得翁啟惠特別珍惜自己和別人得來不易的成就。
對於回台灣這件事，翁啟惠不像李遠哲那樣會賦予太多浪漫色彩。
翁啟惠直言，2003年接首任基因體研究中心主任，是因為李遠哲端出「具體牛肉」說動了他，「中研院有經費、有設備、有優秀且有願景的研究員跟學生。」
在SCRIPPS有50個研究助手、一年研究經費高達200萬〜300萬美元，翁啟惠毫不諱言，他接任中研院院長，是與家人經過一年的長考，而且是以「public service」（為公眾服務）的心情接受新職。
有了切身經驗，翁啟惠認為，中研院在延攬重要研究人員時，都應該「設身處地」地考量對方立場。
不管中研院現在是否具有李遠哲所承諾的經費、設備、研究助理等條件，但翁啟惠決定讓自己和中研院同仁享有這些條件。
借力〉用拜杜法案解套兼職
從翁啟惠確定接掌中研院後的幾場「危機處理」表現來看，他不但能適時化解危機，甚至常借力使力，化危機為契機。
就像媒體攻擊中研院目前正在草擬「兼職辦法」和「利益衝突規劃」，是在為翁啟惠解套。
曾經在美國以在SCRIPPS的專利授權給公司、又以2億美元的高價把公司賣給杜邦的翁啟惠，可能是中研院歷來最有生意頭腦的院長，也因此，他的「兼職」遭到質疑。
翁啟惠反擊說，大學法已經有教授的兼職規範，反而是中研院這種學術單位，沒有規範，因此，他將致力推動修法，讓中研院研究人員的兼職不受公務人員相關法規的限制。
翁啟惠特別提到美國1980年的拜杜法案（Bayh-Dole Act），對於學術界和產業界有劃時代的貢獻。
1980年以前，美國聯邦政府擁有的專利所有權約2萬8000個，但授權給工業界並開發成商品的卻不到5％。新法案允許政府資助的各大學把研究成果，授權給工業界，才激勵美國學術界研究熱情，奠定國際科研地位。
面對〉化雙國籍問題為契機
翁啟惠第二個被質疑的問題是，他同時擁有台灣和美國雙重國籍。
對於「雙重國籍」質疑，翁啟惠也是採取不迴避、化危機為契機的方法，藉機讓外界正視中研院在徵才上所面臨的難題。
在全球化時代，台灣不應該用國籍問題卡住國際人才引進，翁啟惠還未上任就努力在突破這個緊箍咒。
10月，中研院研究人員權益會代表首次與翁啟惠溝通。會後，理事長張茂桂映象最深刻的是，翁啟惠在處理雙重國籍時，作法很聰明。
在中研院函請銓敘部釋法的公文上，並沒有直接問「中研院院長是否能擁有雙重國籍」，而是問「中研院是否為學術研究機構」，因為根據新修訂的國籍法，學術研究機構主管得擁有雙重國籍。
在確定中研院院長可以擁有雙重國籍後，翁啟惠接著就在10月19日就職後第一場記者會上公開宣布，只有院長有雙重國籍限制，所長可以不必有中華民國國籍，將來，不排除找沒有中華民國國籍的外國學者到中研院。
李遠哲與中研院
影響1〉政學兩棲，難以中立
明年即將退休的生物多樣性中心研究員馬堪津是中研院的「四朝元老」，歷經錢思亮、吳大猷、李遠哲、翁啟惠院長。
因為李遠哲的民間聲望，這幾年來已經讓一般民眾都認識中研院了。馬堪津笑說，多年以前出去做田野研究時，介紹自己是中研院研究員，老百姓大半會回應說：「喔！就是那個造飛彈的中科院！」現在，已經很少人會搞混了。
一位人文社會組院士指出李遠哲在「院子外」的社會能量，在歷任中研院院長中，可能僅次於胡適。
李遠哲除了是院長，還影響台灣數百萬學子的教育走向、影響2000年的政黨輪替、參與921災區重建、兩岸問題、APEC經濟會議等。
921大地震後，這位院士陪李遠哲到南投暨南大學遴選校長，並順道遊覽日月潭，一路上，都有民眾搶著和李遠哲拍照。這位院士也曾經陪過錢思亮院長到外地開過會，但是根本沒有人認出他。
也因為李遠哲與前後任總統李登輝、陳水扁關係良好，中研院的經費也是空前充裕。
中研院今年的預算，已經由李遠哲接任之初的30億不到，增為93億，增加兩倍。專任研究人員增加兩成。加上研究助理，研究人力超過3000人。
中研院還修法，成立六個跨領域的研究中心，其中，包括翁啟惠籌組的基因體中心。（見頁78表1）
由於李遠哲也經常獲邀擔任大學校長的遴選委員，在他的推薦下，台灣曾經出現一陣中研院院士出任大學校長的風潮，包括清華大學前後任校長劉炯朗、徐遐生、交大校長張俊彥、中央大學校長劉兆漢、陽明大學前後任校長曾志朗、吳妍華。
但也因為李遠哲關心時政，關心教育、關心921賑災，中研院也很難再是「政治歸政治，學術歸學術」。
影響2〉學術地位面臨挑戰
中研院一位副所長形容，李遠哲對中研院的影響，以前是「官大學問大」，政治干預學術，現在則是「學問大官大」，學術干預政治。
特別是2000年的總統選舉，李遠哲原先要求中研院保持中立，但最後，自己卻跳出來表態支持陳水扁。
撇開政治不說，如果把目光拉回中研院的學術發展。中研院也不見得做得很好。
在李遠哲任內，中研院的研究表現雖然有長足進步，但對岸的中國科學院、香港和台灣的研究型大學，同樣也飛快進步，甚至挑戰到中研院做為「全國領導學術發展」的地位。（見頁78表2）
在論文的品質上，中研院的論文平均被引用次數是8.27次，在台灣（包括大學）的研究單位中居首，但距離世界的平均水準8.79次，還有一點距離。
以物理研究領域為例，一位中研院院士即指出，物理所是中研院歷史悠久的大所，但近來研究表現卻不及兩岸三地的最佳研究型大學——香港科大。港科大物理系20多位專任教師，在《Science》上發表的論文有4篇，而中研院物理所約有200名專任及約雇研究人力，卻只有1篇論文發表。
李遠哲也曾經希望改革中研院研究人員的評鑒制度，但未竟全功。像研究人員三年一次的續聘審查，原先是由各所自行審核，後來改為送非本所學者審核。然而，在研究人員的抗爭下，外審又改為各所自行審核。外界也未聽說有中研院有人因評鑒未過而遭解聘。
相形之下，台大從1998年實施教師評鑒，最近三年已有62人未通過系所初審。
翁啟惠與中研院
挑戰1〉如何用專業貢獻社會
如何改革中研院？翁啟惠在態度上，和李遠哲有明顯的差異。翁啟惠曾公開說，自己是政治不沾鍋，而中研院如果染上了政治色彩，將是「不幸」。
翁啟惠還計畫訂立內規，規範中研院主管對外發言。
李遠哲卸任前還在中研院內部刊物《中研院週報》表示：「希望下任院長也熱心參與非營利民間社團，為社會盡心力。」
而翁啟惠認為，中研院最迫切的任務是，提升學術地位，現在他可以用專業貢獻社會的是：在國際學術研究的競爭中，找出台灣和中研院所在的地位。
翁啟惠表示，他在全球化學領域的論文被引用率排名23，也是唯一的華人。而在加州大學聖地牙哥分校所做的「H-Index」排名中，他的H-Index是72，表示他有72篇論文，每篇被引用的次數至少72次。
瞭解個人的國際學術排名，翁啟惠還要了解中研院在世界學術競技場上的排名，也唯有如此，才能找出改善的方向和方法。
因此，在今年7月院士會議，翁啟惠提議，邀集跨部會對「台灣學術研究競爭力」進行研究分析。他建議，整合行政院科技顧問小組、國科會、教育部和各大學，共同針對台灣學術研究環境，包括人才、設備、經費、待遇及研究領域、國際化等議題詳細分析，提供數據供政府參考。
挑戰2〉如何增加研究助理
儘管行動如此積極，中研院還是有一些基本的困境要克服。
1991年曾在中研院物理所客座的德州大學達拉斯分校副校長馮達旋，在香港科大校長朱經武的游說下，10月份到台灣參加成功大學的校長選舉。以數十年在美國學術界的經驗讓他深刻體認，沒有學生的國家研究機構，愈來愈難在研究上與大學競爭。
馮達旋指出，美國橡樹嶺（Oak Ridge）、洛斯阿拉莫斯（Los Alamos）、費米加速器（Fermilab）等國家級實驗室，雖然經費充裕，但美國的諾貝爾獎得主全部都是來自大學。原因在於國家研究單位缺乏學生，沒有教學相長、腦力激盪的環境。
翁啟惠深知道研究助理對於研究工作的重要性，在就職後的首場記者會，他公開為中研院的研究助理人數及待遇叫屈。
翁啟惠表示，自己在SCRIPPS有50多個研究人員，但是中研院一個研究人員只配置2.4個研究助理，未來，他希望把研究助理增加到5人以上。
挑戰3〉如何力抗學術邊緣化
過去許多人批評李遠哲在太多領域撈過界，影響中研院的獨立。現在又有人擔心處事低調、只專心學術的翁啟惠，會不會讓中研院的社會影響力大失，以致影響將來預算的爭取。
從中研院植物所所長轉任中興大學校長的蕭介夫，是翁啟惠的台大農化系同班同學。他說，翁啟惠是「黑酐仔裝醬油」（意即深藏不露）。
蕭介夫指出，翁啟惠的做事方式是先思考、觀察，並不代表沒有作為。像當年大學畢業後，翁啟惠在台灣有機化學研究先驅王光燦的實驗室，一做就是八年，直到31歲才出國，但是一出國，就不同凡響，拿到博士後的六年內，就升教授，是典型的後發先至。
台灣邊緣化讓中研院的學術地位也出現邊緣化，這也是翁啟惠要面臨的問題。
在此次中研院院長選舉中，原先經評議員推選，有10到12名院士符合提名資格，但最後只有四人願意參加選舉。
一位院士就表示，這種情形反映出台灣學術正在邊緣化，中研院院長的吸引力還不及外國名校的校長；其次，國內政治紛擾，也讓人感到中研院氣氛變得複雜，而不願淌混水。
對於中研院邊緣化的質疑，翁啟惠倒是不擔心。「中研院士來自全球，不僅限於台灣，而我是由所長、行政主管及全球院士選出來的院長，不只是台灣院士選出的中研院院長。」
