2004年秋初，清華交大的校園就流傳教育部有意讓兩校合併，然亦僅止於傳言，並無正式討論。10月22日行政院忽然召開了一個記者招待會，由院長游錫親自主持，會同兩校校長共同宣布了合併計畫，在校園引起震驚。11月5日清大五位（全部在世的）前校長和前代校長聯名致函現任校長表示關切：「對目前推動的合併持保留的態度」。此函後來載諸報章。在校內校外都產生很大的影響，原來預定12月兩校同時召開議決清交合併的校務會議，也暫停舉行。
至次年2月，閣揆易人，清大徐遐生校長也聲明不再續任，此事似乎告一段落。但5月16日，各國立大學突然收到一封教育部的公函，以「規模化」和「法人化」為條件，要大家提出申請，送上意願書和計畫書，據之以分配五年新台幣500億元（及可能的十年1200億元）的特別預算。此預算中的60％將分配給「最多兩所」學校，以打造國際一流大學。
第三波方案：逐步整併
所謂「規模化」的界限，最初還明定學生人數一萬八千五百人以上。說白了，要求規模化是教育部針對清交合併的紅蘿蔔。全國兩所學校，其中之一當然是台大；另外一所，清交合併是清交，否則就是成大。此函一來，清交校園當然又躁動起來。6月30日是遞件的截止日期，6月8日兩校同步召開相當於校務會議常委會的校務發展委員會，決定是否送件及其內容。前一天晚上李遠哲院長御駕親征，在交大召開與兩校師生的座談會，說明合併打造一流大學的構想。台上李院長居中，左右分別是兩校的校長和副校長；台下則大部分是反併派的兩校教員。
李院長一直是兩校合併的主要推手，但也一直明白此事非一蹴可幾，尤其經過近半年的溝通瞭解，逐步而行的構想與當初游揆由上而下、速戰速決的策略已大相逕庭。座談會期間台上台下攻防依然激烈，部分詢問的言詞也相當尖銳，但李院長一概以民主風度回答，會後，許多教授還圍著李院長討論了很久。
6月22日，清交同時召開校務會議，決議是否接受兩校工作小組協調出來的合併意願書草案，其要旨如下：
「兩校同申願在教育部『發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫』的十年計畫中，逐步整併並發展成國際一流大學。初期前四年兩校將加強實質合作，……到第五年時，兩校在考慮政府發展國際一流大學計畫第二期五年經費，並評估前四年校務整合之運作與成效後，合併案將交由兩校校務會議進行同意投票……。
在（第五年）兩校校務會議通過兩校合併前，兩校維持現行之運作體系，並共同成立『校務發展諮詢委員會』，聘任一執行長以督導教育部『發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫』，補助經費之運作。……」
這個意願書，至少在清華是正反雙方幾經折衝產生的結果，事實上也已得到教育部的默契同意，其與2004年秋，游內閣片面宣布清交合併的情況已大異其趣。
打個通俗的比喻，2004年的方案是不問雙方是否同意，先來個即刻拜堂成親；現在則是用一筆錢（每年100億元的60％，相當於教育部輔助兩校的正常經費）誘使雙方同意以結婚為意願目標，先相交出遊，還可以買些新衣服新首飾等，四年後再決定，若兩情相悅，則真正拜堂。
清大通過，交大否決
平心而論，這是一個相當溫和的方案，摸著石頭過河，用實踐檢驗得失。
我是堅決反對清交合併的，對此意願書有複雜的反應。雖然形式上不同意以有合併意願開頭，感情上也不願見台灣的清華就此消失；但若四年實踐證明合併可行，而且年輕一代也都接受，那至少理智上，我也必須接受。更主要的，基本上我不認為每年100億元而且將60％分配給北部兩校的方案，在當前政治環境下能維持兩三年；到了第五年，這筆錢沒有了，合併之事也自然無疾而終。
所以，假若我是校務會議代表，雖不會贊成，恐怕也不會投反對票，大部分清大教授亦同此心理，而確實，它在清大的校務會議順利以高票通過。但在同時舉行的交大校務會議卻被否決了。
否決的經過，相當戲劇化，那天下午，我正在網上與人下棋，忽然電話響了，一個女子的聲音：「我是交大的×××，正在開校務會議，合併案被我們否決了，清大趕快響應……」隨即掛斷。年紀大了，耳朵有點背，話沒有聽得很清楚，而且此事似乎不太可能，正在迷惘間，電話鈴又響起來，這回報名報姓，是某大報的記者，確切地告訴我，交大把意願書否決了。這太不可思議，一時興奮，對著電話叫了一聲：「Oh, great!」記者總是同情反方的，可能是愈鬧愈有新聞吧，就附和著說：「Great，偉大吧！」我就說偉大偉大，其實也只是有種的意思，並沒真正的說偉大，但第二天報紙將此對話稍稍誇張地報導了，又加上醒目的標題「沈君山說交大太偉大！」這下就把我定了位，策反兩校反併反體制的精神領袖，一輩子都是既不革命也不反革命的不革命，年逾古稀卻成了老革命，真是有點冤枉。
逕行合併不如實質合作
後來交大又投了次票，還是沒通過，波濤洶湧的第三波合併，就此暫時告一段落。清大的領導們也沒有不開心，因為雖未娶到新娘（其實也不真想要），但總求了婚，原來答應的陪嫁少不得，還是會有一份！
這事並沒有真正結束，清交兩校在新竹建校（老一輩的校友總說復校，新一代的則說創校；建校是中庸的說法）將近半世紀，地緣相鄰，性質相近，但都已發展出不同的風格，從這次處理合併案的經過和結果就可以看出來。現在事過境遷，回過頭來平心靜氣的檢討一下，這兩個公立學校，要想更上層樓，發展成「一流大學」，確實必須建立一種密切關係。各幹各的，老死不相往來，肯定是浪費資源。但逕行合併至少中短期（十年吧）內也必然紛擾不斷。
各自發展高度合作是中庸可行之道。這次掌握兩校資源管道的教育部，以理不足以服人的「規模化」之名來利誘合併，名不正而言不順，其敗也宜。今後推動「計畫性合作」以提升資源利用的效率，方是務實之途。
合資設施，共享資源
合作投資計畫宜以教育設施為主，大型研究設備也可包括在內，但個別研究計畫仍應通過國科會管道補助，他們已經建立了嚴謹的審查制度；而且合作不限清交。譬如李遠哲院長常用來舉例的NMR（核磁共振儀），一套頂尖的NMR要新台幣6～7億元，單一學校當然購置不起；那麼，就聯合清交甚至只有三、四十分鐘車程的中央大學一齊來申請，設置三校的貴重儀器中心，務求物盡其用。又如國際學人宿舍，中央就遠了些，那就清交合建，甚至近在咫尺的工研院也可參與。總之，許多合併想做的事，合作也一定可以做到，近期內像哈佛、麻省理工學院（MIT）合作的模式，如互相選課、互相選指導教授、實驗室各別合作等，可以參考。這兩個也不過一萬多人的學校，也鬧過合併（哈佛想買下MIT），一度搞得很緊張，現在想開了，競爭合作但不合併，反倒相得益彰。長期的話，以兩校一院（清大交大和清交研究院）做為努力的遠景也可以考慮。
中研院與教育部的責任
另外，中央研究院是國內研究的重鎮，無論人力（包括海外院士）資源和財力資源，都遠超過個別大學。全世界其他先進民主國家，都沒有類似的機構。我以為在協助台灣打造一流研究大學的努力上，中研院有不可取代的地位與不能迴避的責任。清交與之車距僅一小時許，有規劃的長期合作，對提升兩校研究水平有事半功倍之效。
至於教育部，手上有了五年500億元的經費，如何分配運用來打造國際一流大學呢？我以為把研究大學用規模化、法人化做標準，分做一、二兩級來分配如此巨額的經費，是一個政治上行不通、教育上也未必明智的作法。用學校長期發展計畫代替規模化（法人化待法源確定後再提）做為分配的標準，是較公平易接受，且亦能達到原來期望的方式。譬如台大提計畫，在計畫中需要規模化的地方，因為本身已有規模，就不必再強求合作；清交不具備此條件，就須合作才能爭取這筆額外款項。又如成大，有點規模，但尚比不上台大，中山中正就更小，因此，也必須以成大為中心合作，在南部形成一個一流大學系統。
沈君山小檔案
現任吳大猷學術基金會董事長、新台灣人基金會董事長。
歷任清華大學校長、理學院院長等。
