曾擔任「行政院教育改革審議委員會」召集人的中研院長李遠哲，10月13日在立法院接受立委李敖的質詢時，為教改認錯。他說，本來想紓解學生升學壓力，最後壓力不減反增。社會對教改會期望甚深，教改會沒有做到，他願意道歉。
老實說，台灣的教育，由升學領導教學，已非一日之事，要想改，不容易，絕不是教改會一紙建議就能生效，要政府、學校、家長和社會一起來做才行。不過沒有減輕學生的升學壓力，反而加重了壓力，也就是愈改愈壞，這是教改會應該負責的。李遠哲勇於認錯，應給予掌聲和肯定。
那天在立法院，李遠哲在立委的逼問下，還對民進黨執政成績表示失望。他認為，包括二次金改等政策制定精準度不夠，有些官員的操守也不夠好。
2000年的總統選舉，在投票前夕，李遠哲發表了演講，題為「跨越斷層——掌握台灣未來關鍵的五年」，喊出「向上提升或向下沉淪」的名句。
3月17日，李遠哲正式表態支持陳水扁，且接受陳水扁「國政顧問團」首席顧問的職務。他特別提到，只有陳水扁能掃除黑金政治，而且他可以影響陳水扁的兩岸政策。由於李遠哲的號召力，終使陳水扁當選。
在四年任期中，民進黨政府的黑金程度早已超越李登輝時代；而陳水扁的兩岸政策，更是愈走愈獨。陳水扁為李遠哲而設的「兩岸小組」，也早就無疾無終。
陳水扁以這樣的政績在2004年競選連任，李遠哲仍然為之背書，表示「民進黨及執政團隊經驗稍嫌不足，但可塑性高，理想性高，改革驅動力也較強。」有了李遠哲開的保單，再加上「兩顆子彈」的效用，陳水扁連任成功。
陳水扁八年任期已經快過去四分之三，經驗還是「稍嫌不足」嗎？「可塑性」表現在哪裡了呢？提出了並執行了什麼樣的「理想性」政策呢？什麼時候才能發動「改革驅動力」呢？
2000年大選，李遠哲支持陳水扁，這是可以理解的，因為當時的政治環境太不成樣子，誠所謂人心思變，李遠哲的行動可說是順乎天應乎人。
但是到了2004年，陳水扁團隊已把國家糟蹋得不成樣子了，李遠哲還支持他，還為他背書，其動機為何，居心為何，這就應該接受公評和檢驗了。
就像教改對學生的升學壓力未減反增，李遠哲應道歉一樣；他支持陳水扁，台灣社會未向上提升，反向下沉淪，李遠哲對社會大眾有道義責任。
李遠哲是一位知識分子，是社會清流，除了研究學術外，也應關心國事。他清楚自己的影響力，所以教改、選戰他都參與了。但是他使用自己的影響力太過輕率，未為人民造福，反使他們受害。凡有影響力的人，應引以為戒。
